中國洪憲三年六月二十日，中華軍進攻熊本藩的大軍到達熊本城前。而這時小倉、福岡、熊本三藩也將全部的兵力都集中在熊本城，準備和中華軍決戰，因此能否進下熊本城，也就成爲中華軍在九州島戰事成敗的關建。
熊本城又名銀杏城，與大阪城、姬路城合稱爲日本的三大名城，是熊本藩細川氏的藩府所在，但並不是細川氏建成，而是在於1607年爲日本名將加藤清正出任熊本藩主時，耗費七年心血完成。加藤清正是日本戰國時期的名將，而且築城方面，也有相當的成就，日本三名城中的成功，與加藤清正都分不開干係。在日本的築城史上，清正流築城術也是佔了重要的一席的。後來細川氏由小倉藩改領熊本藩，仍然以熊本城爲藩府所在。
因此這一次小倉、福岡、熊本三藩才決定，以熊本城爲核心，就是希望利用熊本城堅固，來對抗中華軍，等待徳川幕府的援軍到來，這是三藩聯軍唯一的希望。
中華軍的大軍到熊本城外之後，商毅帶着亞莉桑徳拉、豐臣薰、岡薩雷斯候爵，成進、蔣義渠、安徳烈等人一起查看熊本城的地形。熊本城的建設地，位於隈本東南的茶臼山丘陵地帶，橫跨坪井川，而肥後的白川和井芹川則成爲熊本城天然要害，是日本築城史上，並不多見的佔據天險的平山城。
總體來看，熊本城的規模並不大，全城總計約九十八萬平方米，大體呈東方城市傳統的四方形，城牆單邊的長度大約爲一千米左右，但城牆的高度超過了十米，都是用整條石塊堆砌而成，但下寬上窄略帶一點斜坡，顯得十分雄厚堅守。在城裡建有連結式結構的一大一小兩座守天閣，而且沿城牆，還建有四十六座木塔，因此也可以想像，一但熊本城遭遇攻擊，進攻部隊將受到多方位的打擊。
超過十米的城牆，在中國當然不算什麼，少說也有十幾座城，但在日本卻是十分罕見的，因此熊本城建成之後，也有“武將返” 之稱，即任何軍隊到了熊本城下，也只能無功返回。
商毅知道這種說法並不誇張，因爲到近代，熊本城也乃然發揮了重要的着用，在另一時空裡二百多年以後的日本西南戰爭中，當時反叛的西鄉軍總大將西鄉隆盛率領一萬三千的兵力，配有山炮三十門，臼炮三十門攻打熊本城，而熊本城裡只有三千四百餘守兵，配有山炮十三門，臼炮七門以及六門已經被淘汰了的野炮，但在酉鄉軍連續五十二天的強攻下，熊本城依然固守不動，也爲後來政府軍解結兵力，贏得了時間，也是西南戰爭的轉拆點。而熊本城也因這一戰不戌名。
不過面對完全石砌的城牆，黑火藥的爆炸威力確實有限，而且當時日本的火炮性能也一般，因此西鄉軍攻不下熊本城，也並不意外。
這時成進放下手裡的遠望鏡，道：“這座城池雖然不大，但城牆高厚，又全是石砌而成，用一般的火炮轟去，恐怕作用不大，就是用爆破車炸，恐怕也難以將城牆炸開，除非是鑿地道留火藥，將城牆炸塌，否則就只能強攻。但挖地道的話，又在耗時了，至少需要十天的時間。”
蔣義渠道：“雖然我們在火力上佔優，但現在缺乏必要的攻城器具，如果強攻的話，恐怕會有一定的損失。”
岡薩雷斯伯爵搖了搖頭，道：“這座城雖然並不大，但也很難攻打。”
商毅對此卻不置可否，轉頭問豐臣薰道：“熊本城裡的兵力怎麼樣？”
進入日本之後，中華軍的情報收集工作主要是由豐臣餘衆付責，因此甴豐臣薰付責整理，聽商毅問起來，豐臣薰答道：“現在熊本城裡約有四萬兵力，其中熊本軍有二萬五千餘人，福岡軍有一萬餘人，小倉軍有五千餘人，鐵炮，也就是火槍約有五千餘支。不過都是各藩自己製造的。”
商毅點了點頭，笑道：“四萬人，兵力可要比我們多一倍。”
豐臣薰又道：“但守軍的主將並不是熊本藩的人，而且小倉藩的家老宮本伊織，副將是熊本藩的老中寺尾求馬助。守軍的兵力分佈是，在熊本城裡有兩萬人馬駐守，在東北的千葉城和西部的段山各有五千兵力駐守，另外一萬人治洗馬川佈防。”
商毅道：“宮本伊織? 這個人和宮本武藏有關糸嗎?”
豐臣薰道：“他是武藏的養子，不過出仕在小倉藩，但劍術是學習宮本武藏的二天一流，在島原之亂時立下了大功，當時只有二十歲，就出任了小倉藩的家老。”
商毅笑道：“我記得宮本武藏是出仕在熊本藩的，怎麼他的養子出仕在小倉藩呢？”
豐臣薰笑道：“這個問題就只能問武藏本人了，不過現在守軍的副將寺尾求馬助，就是武藏在熊本藩的親傳弟子，據說他己經得到了二天一流的真傳，劍術比宮本伊織還要高明得多。不過因爲武藏的關糸，熊本的士兵對宮本伊織都很敬服。選他作主將，也許有這個因素在裡面”
商毅笑了一笑，道：“兒子是家老，徒弟是老中，雖然還比不上柳生家，但也很不錯了。不過現在不是以劍術稱雄的時代了。”轉頭又看了看成進，笑道：“成進，總不會這麼一個小城就把你難倒了吧？”
成進笑道:“回稟皇上，區區小城怎麼會難到微臣呢？臣己經想好了計劃，首先攻取城西的段山，攻下段山就可以俯瞰整個熊本城。而且可以在山頂架火炮，霹靂火箭向城中攻擊。熊本城的城牆雖然堅固，但守天閣，城樓都是木質，因此只要將這些閣樓燒起來，城中必亂，而我們就可以趁亂攻佔熊本城了。”
商毅點了點頭，道：“不錯，朕就在營中靜候佳音了。”
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就在第二天，成進立刻分派兵力，並護衛軍第一師付責牽制熊本城的守軍，從十四師中抽出集中了兩個團的兵力，進攻段山，另一個團埋伏在段山到熊本城之間的道上，阻擊熊本城裡的援軍。
三藩軍的主將宮本伊織也是精通兵法的人，當然知道段山的位置重要，但攻城的一方可以集中兵力，猛攻一點，但守城必須面面俱到，不能遺漏一點，因此儘管三藩軍的兵力比中華軍要多出一倍，但兵力卻必須分散堅守四五個要點，在局部上反而不佔優勢。
但這也是沒有辦法的事情，因此宮本伊織也只能在段山佈置五千兵力駐守，不過撥調給守軍一千支鐵炮，另外還有一千名弓箭手。而宮本伊織也認爲，自已畢竟佔着地利的優勢，居高臨下，怎麼樣也能守一陣，一但段山危急，也可以從熊本城裡出兵救援。
不過戰鬥一開始就證明，宮本伊織的判斷完全錯誤了，中華軍雖然是以下攻上，而且兵力也和段山的守軍相差無幾，但從一開始就將段山的守軍牢牢的壓制住。
因爲日本的鐵炮其實還是老式的火繩槍，射程也就在六七十米遠，比弓箭略強一點，而中華軍用的全都是線膛槍，射程達到三百米左右，雙方根本就不是一個層面上的較量，儘管三藩佔有地裡上的優勢，但也抵消不了武器上的差距，別人的火槍可以打到自己，而自己的火槍還差着十萬八千里，這仗怎麼打。
因此在一開始三藩軍就被中華軍打了一個措手不及，被中華軍一陣排槍齊射，打倒了一大片，守衛段山的主將叫松山喜兵衛，見狀也大吃驚，因爲在這個距離上，曰本就一般的火炮也打不了這麼遠。
但現在也沒有別的辦法，只能全部隱蔽起來，等着中華軍進入到自己的射程以內。但中華軍並不是一味向山頂強攻，而是先派一隊士兵，以散兵陣形向山頂進攻，一但遇到了三藩軍的打擊，就立刻隱蔽起來，甴後面的掩護部隊付責打擊守軍。
線膛槍不僅射程遠，而且精準度也極高，因此只要是三藩軍的士兵一露頭，就會立刻遭到中華軍的猛烈打擊，而面對着在自己射程以外的敵人，三藩軍的士兵也只能乾着急，一點辦法也沒有。
而在戰事進行了二十多分鐘以後，中華軍己經基本摸清了守軍的兵力分佈，也就輪到迫擊炮發威了，在這種山地裡作戰，正好可以發揮迫擊炮輕便，靈活，射程也足夠的優勢，儘管威力稍差一點，但也可以用數量來彌補。因此中華軍在山地上架起迫擊炮，輪番開火，盡向山上飛射而去。
因爲迫擊炮是曲射，就是藏在掩體後面也躲不開，守軍也被炸得昏頭轉向，其實中華軍的火力並不是十分猛烈，但守軍卻是第一次遇到這樣的作戰模式和武器，因此也都驚恐無度，心慌意亂，不等中華軍進攻上來，就巳經陣腳大亂。而守衛段山的主將松山喜兵衛，見勢不妙，趕忙派人向熊本城裡去求救。
但這己經晚了，在一陣火炮的轟擊之後，趁着守軍陣腳大亂，中華軍這才向段山的守軍陣地發動了最後的進攻。