猛將真柄直龍陣亡，對長州軍的士氣來說，確實是一個很大的打擊，眼看着戰局的形勢就要逆轉了，但就在危急的時刻,跟在真柄直龍身後的一隊火槍兵舉槍射擊，勾阪兄弟促不急防，結果雙雙中彈身亡，而其他的幕府軍士兵見了,也都十分震驚,並沒有乘機擴大戰果.
隨後小林瑞軒、黑阪中守等長州軍的其他大將立刻代替了真柄直龍，指揮着長州軍繼續進攻，鼓舞着長州軍拼力的戰鬥，終於穩定住了局面，而隨着戰事繼續進行，倒幕軍越戰越勇，幕府軍也己經開始呈現出了不支的局面，逐步的後退。
在幕府軍後陣中觀戰的徳川直義見了，也不由大爲着急，他也沒有想到，倒幕軍會如此勇猛，竟然以五千兵力敵住了自己的八千人馬，而且還漸漸佔據了優勢，只好又命令部將森可成率領五千士兵，支援到戰場中去。
而見幕府軍又向戰場投入兵力，毛利廣綱在益田元輝的指點下，也立刻命令下令，命自己所部的人吉藩藩主相良賴喬、柳河藩藩主立花鑑虎兩人帶領本部的人馬分別從左右兩翼向幕府軍發動進攻，而徳川直義也分派大將阪井政尚、池田幸輝分別領軍，敵住倒幕軍的進攻。
兩軍再度陷入僵持戰之中，毛利廣綱部出動了二萬五千人馬，而幕府軍卻己出動了三萬二千兵力，倒幕軍的兵力雖然少，但作戰十分勇猛，而幕府軍的士氣低落，這時己經明顯處於了下風，不過現在仍然尚可支持，而且幕府軍的預備兵力還是要比倒幕軍多，因此中路戰局的勝負，尚切難料。
就在雙方的中路發生激戰的時候，倒幕軍的左右兩翼也都分別展開了行動。
由於戰前商毅己經下達了嚴令，而且在中路毛利廣綱部表現，也相當出色，這也激起了鍋島勝茂和有馬忠賴的鬥志，因此兩人也都指揮着本部的人馬，向幕府軍的左右兩翼，發動了進攻。
幕府軍的左右翼人馬也和箭頭一樣，佈下了大量的木柵和拒馬以及鐵炮，做爲第一道防線，但倒幕軍的一方也都裝配了一定數量的中國火器，雖然在數量上不及對方，但在威力上卻強了不少，因此幕府軍在左右兩翼佈下的木柵拒馬也有很快失守，左右兩翼的主將徳川光圀、阿部正春也只得下令，命幕府軍出擊迎戰，於是雙方也立刻發生了激戰。
一時間整個關原都己被戰爭籠罩，兩軍旗幡交錯，刀光劍影，響殺聲震天，打得也十分激烈。
倒幕軍的一方都是養精畜銳多時，而且普遍士氣都很高，因此氣勢很盛，一直都處於進攻的勢頭，基本上都壓制住了幕府軍，但幕府軍到是人數衆多，儘管都一直處於守勢，但在地利上佔有一定的優勢，雖然被倒幕軍壓制住了，但仍然還能夠穩得住陣腳，倒幕軍想要取勝，還有一段相當的距離。
不過戰事進行到這一步，己經沒有什麼戰術計劃可說了，拼的就是雙方士兵的經驗、組織、戰鬥力，戰鬥意志，還有兩邊將領的臨陣指揮能力，不過在這方面，無論是倒幕軍還是幕府軍都存在相當大的不足，不僅士兵缺乏戰鬥經驗，不少軍隊的組織混亂，而且兩邊將領的臨陣指揮能力也很差，在進與退，移動、配合、變陣、換陣的時候，都出現了相當多的漏洞，只不過對方的指揮官也同樣都是萊鳥，因此才無法抓住這些漏洞，浪費了不少勝機。
這也讓在笹尾山上觀戰的商毅、亞莉桑徳拉、岡薩雷斯候爵、成進等人看得連連搖頭嘆息，心裡都在想着，如果換了自己去指揮，一定能夠抓住這些漏洞，攻擊敵軍，這一場戰鬥現在說不定就贏下來了。
畢竟曰本已經承平太久了，離島原之敵都差不多過去了十五年的時間，軍隊也就不經戰陣，而戰國時代、桃山時代的那些赫赫有名的人物，也都已經後續無人了，也淪落到了現在的樣子。
但雙方打得到是十分起勁，畢竟日本人的本性來說，都是好戰的，因此在憋了十五年之後，終於等到了出戰的機會，既使是幕府軍的士氣不高，但打了一陣之後，士兵們也都頗爲興奮起來，結果雙方從早上開戰，一直打到了下午二時左右，雖然雙方都沒有把全部兵力都投入到戰場上，但所有的士兵卻也都輪換上陣過了，但戰局仍然不明朗，雖然幕府軍的箭頭和右翼的第一道防殘都失守了，但仍然退守到第二道防線，繼續防守，倒幕軍依然還是無法將優勢轉爲勝勢，擊敗幕府軍。
不過這時雙方都已經損失了不少的士兵，在戰場上也躺滿於許多士兵的屍體，但雙方仍然各不相讓，依就在拼力的撕殺搏鬥着。
這時成進實在有些忍不住了，道：“皇上，如果現在就讓中華軍出擊，臣有把握在天黑之前就擊敗幕府軍，佔領南宮山。”頓了一頓，道：“就是隻讓十一軍一個軍出擊也行！”
商毅笑了笑，道：“成進，耐心一點，現在還不是我們上場的時候，主角一般都是在壓臺的時候纔出場，先讓他們在臺上演一演吧！”
商毅等人是輕鬆觀戰，談笑風生，而這時在南宮山上觀戰指揮的酒井忠勝和中路軍的衆將們也都十分緊張，因爲這一場戰鬥就是在南宮山的周邊進行，因此在南宮山上可以看得十分清楚，事實上幕府軍的衆將也對倒幕軍昂揚的鬥志和奮戰的作風都感覺到十分不解，大家都是曰本人，有必要拼得這麼兇嗎。
但現在的局勢是倒募軍壓着幕府軍在打，雖然說幕府軍一時半會還不會失敗，但只有招架之功，並無還手之力是誰都看得出來的，由其是箭頭和在翼的第一道防線都被中華軍突破了，也使有不少人的心裡都十分緊張，因此鬆平賴常對酒井忠勝道：“大老大人，現在的局勢對我軍太不利了，是不是出動中軍的大軍支援一下各路的人馬！”
酒井忠勝到底是帶兵參加過中原大戰的，見過了大世面，因此和其他人不同，聽了鬆平賴常的話之後，搖了搖頭，道：“現在還不是出動中陊軍的時候。”說着指了指對面的笹尾山和鬆尾山，道：“現在中華軍也沒有出動，他們正是希望利用這些叛軍來消耗我們的力量，因此我們的中路人馬也不能輕易出動！”
稻葉正則道：“但是家老大人，現在山下的各路人馬都己經十分危險了！”
酒井忠勝搖了搖頭，道：“你們放心吧，現在山下的各路人馬還能夠堅持得住，一個是我們的兵力比叛軍要多，二來現在也只是第一道防線失守了，還有第二道防線，還有本陣都在，完全還能夠抵擋得住，而且叛軍的進攻雖然猛勇，但兵力不足，而且又是進攻的一方，現在只是靠一股銳氣支撐，等到這股銳氣耗盡之後，也就是我們展開反擊的時候了！”
衆人聽了，也都半信半疑，但主將這祥說了，其他人也就不好再堅持，只好靜觀其變。
果然後來的戰局和酒井忠勝預計得差不多，戰鬥又進行了兩個多小時，倒幕軍儘管又發動了好幾次錳攻，但都被幕府軍擋住，沒有能夠在擴大優勢，到下午五時左右，商毅在笹尾山上見倒幕軍今天的銳氣己盡，再打下去也無法擴大戰果，因此也下令收兵，而幕府軍方面也終於鬆了一口氣。
等倒幕軍撤軍之後，留下了滿地的屍身，幾乎覆蓋了整個南宮山的周圍。
儘管這一戰中，雙方都出現了有不少失誤的地方，但打得確實十分激烈，雙方的傷亡都很大，倒幕軍一方陣亡了六千八百餘人，另有四千多人受傷，減員人數超過了一萬，而幕府軍一方陣亡八千三百餘人，有近五千人受傷，減員人數更是達到了一萬三千餘人。
不過對於今天這一戰的結果，雙方都還覺得比較滿意，因爲全天的戰鬥，倒幕軍一直都是壓着幕府軍在打，從場面上看確實是佔了很大的優勢，因此倒幕軍的兵將們也都覺得揚眉吐氣，而且自己傷亡的人數也比幕府軍要少，對於進攻的一方來說，能夠做到這一步，也是很不容易了，如果只是從雙方的傷亡數字對比來看，今天的戰鬥當然是倒幕軍贏了。
但幕府軍一方也並不認爲自己輸了，因爲在開戰之後，幕府軍的戰略目地就是守住陣地，而戰鬥結束之後，這個目地也達到了，而且幕府軍也並沒有出動中軍，只是依靠山下的各路人馬就達到了這個戰略目地，因此幕府軍也沒有理由不滿意，雖然幕府軍的傷亡要大於倒幕軍，但這種損失，幕府軍還是承受的起的。
因此也可以說，經過了一天的戰鬥之後，倒幕軍的士氣並未減落，而幕府軍的心氣和信心也有一定的提升，而就在當天晚上，雙方的主要將領也都聚集在各自的主營中，一方面總結今天的戰鬥得失，一方面也是商議佈置明天的戰鬥計劃，