就在中荷雙方在文萊進行脣槍舌戰的時候，商毅也帶着艦隊在返回國內的道路上。
商毅一行首先到達呂宋，並且在呂宋一共停留了六天，一個主要原因是遇到了風浪。雖然這個季節裡，海上的風浪並不大，而且岳飛號也是一艘大船，如果是在平時，當然是可以冒着風浪出發了，但現在的情況不同，因爲豐臣薰有了身孕，商毅可不敢冒險讓她受風浪顛波，因此就在呂宋休養幾天，等風平浪靜之後再出發。而且呂宋的醫療住宿條件，也確實要比文萊好得多。
當然在這段時間裡，商毅也沒有白白浪費，而是毎天都在和張庚秋、亞莉桑德拉、岡薩雷斯候爵、小布萊克等人商議怎麼經營南洋地區，因爲現在的南洋局勢，中華軍在軍事上已經取得了絕對的優勢，那麼下一步就是如何在南洋地區重新確定中國的宗主國地位，確保中國在這一帶地區的利益。
雖然說武力確實是中國在南洋地區最重要的保障，但也絕不能一味的依靠武力，還是要多重手段一起運用，所謂三分軍事、七分政治，當年委員長的這一套，雖然在商毅以前的那個時空裡並沒能取得成功，但在本時空裡，也值得商毅借鑑和學習。
另外對南洋地區的控制，不僅要依靠政府的力量，但主要還是要發揮中國民衆對於移民海外，開拓海外的積極性，政府最好只進行引導和管理作用，當然也要對這些移民提供保護。而且中國以後還會繼續向海外擴展，因此這次在南洋地區的實踐經驗，也爲以後的海外擴張行動提供參考。
但這些俱體的措施，還需要進行詳細的協商，如怎樣提高民衆對移民海外的熱情，與當然的土著如何相處，國家又怎樣對殖民地區進行有郊的控制和管理，不讓殖民地區脫離國家控制，又如何爲殖民地提供保護等等問題。
雖然商毅比這個時代的人多了三百多年的經驗和見識，而且在穿越之前，商毅對於殖民地、殖民主義這些詞也十分熟悉，但對於殖民地的俱體管理方式，商毅確實還是一個門外漢，而且商毅也不希望完全照搬歐州殖民者的方式，因爲這個時代的歐州殖民方式過於殘酷，從商毅自身的觀念，以及中國的傳統道徳觀念，都不允許商毅採用歐州的殖民方式，而是應該使用一種更爲溫和的手段。使中國能夠長期、穩定在這一地區保證自己的權利。
當然對於這個時空的人來說，這也是一個新的課題，包括來自於歐州，擁有豐富殖民經驗的亞莉桑德拉、岡薩雷斯候爵、小布萊克等人更是如此，因爲現在歐州對殖民地還是處在血腥掠奪的階段，基本都是抱着搶一票走人的打算，雖然也在殖民地進行了一些開墾種植、修城建房的行爲，但也只是一個輔助手段，並沒有到長期佔領，穩定開發的目地，因此衆人也對商毅的這個想法也都十分感興趣，畢竟搶到殖民地之後，誰都想長期佔領。
由其是英國，也正處於一個新興階段，正在積極展開對外擴張，爭奪殖民地，對於小布萊克來說，也是一個很大的啓發，因此衆人也展開十分熱烈的討論，也討論出來幾條有行的方案。當然俱體的海外殖民、移民條例，還是要回到囯內去討論、制定。
在同時張庚秋也再次向商毅提出，在呂宋建省的提議，而商毅也認爲，在呂宋建省的時機也成熟了，而且隨着中國在南洋的擴張，呂宋做爲距離中國比較近的南洋國家，而且己經得到了相當的開發，對於幫助中國在南洋地區建立穩固的權利，可以發揮重要的作用。
因此商毅也表示，在自己回到國內之後，一定會讓內閣制定提案，然後交由國會討論。而張庚秋也組織了一個二十三人組成的遊說團，隨商毅的船隊一起回國，遊說議員贊同呂宋建省。
而就在這時，又傳來一個好消息，派遣到加裡曼丹島的地質堪探人員己經發現了一個金礦，另外還有疑視兩個金礦也正在勘測當中，能夠在這麼短的時間裡就發了金礦，其實完全得益於商毅提供了一個大體準確的範圍。儘管是這樣，但商毅同樣也十分高興，因爲在加裡曼丹島發現了金礦，對於現在國內的經濟發展，當然是十分有用的。
這時海面上的風浪也平息了下來，於是商毅也和船隊也再度從馬尼拉揚帆出發，返回國內。
這一次船隊的行程十分順利，毎面一直風微浪靜，船隻的行駛也十分平穩，三天之後，船隊到達臺灣省的高雄港，在這裡，隨商毅返航的北洋艦隊第二分艦隊和商毅的御駕艦隊分別，轉道到廣州去駐守。因爲這時南洋的四支分艦隊全部都集中在南洋地區，南洋艦隊的基地其實是一個空港。而整個中國的東南沿海，都是有海無防，因此北洋艦隊第二分艦隊暫時留在廣東，付責東南沿海的保衛作用。
而商毅的御駕艦隊側離開高雄，繼續北上，穿過臺灣海峽，然後經由長江入海口，逆遊而上，在十二月二十二日，抵達到南京金川門碼頭。
國內當然早就接到了報告，甴皇后葉瑤瑱帶領着內閣的衆官員們也到金川門碼頭迎接商毅一行的返程。在碼頭相見，衆官員們也向商毅問候辛苦，而商毅也對自己不在國內的這段時間裡，衆官員們能夠保障後勤供應，國內穩定等工作進行了贊稱。隨後商毅也和葉瑤瑱一起，乘坐早己爲自己準備好的輦車，返回皇宮。而亞莉桑徳拉、豐臣薰也都有各自的車仗。跟在他們的輦車後面。
在沿路上，商毅的一行車隊也受到了百姓的熱烈歡迎，不少百姓都在大道兩側苂香摸拜，還有一些地方放起了煙花爆竹慶賀。而且在沿途都不斷有百姓歡呼“皇帝萬歲”。
商毅本身在民衆心目中就俱有很高威信力，深得民心，而且這一次商毅御架親征，收復了日本，又掃平南洋，擊敗了荷蘭艦隊，這些勝利的消息也早就傳到了國內。儘管中國並非是一個好戰的民族，但軍事上的勝利，還是非常能夠鼓舞人心的，而且這一次中國出戰，也是得到了廣泛的民意支持，並且是以保護海外華人利益的名議出戰，在南京就有不少是從事海外貿易的商人，因此也對勝利的消息感覺到十分振奮。
還有一點就是現在接近新年，皇帝的勝利同歸，也爲新年更添加了幾份喜慶的氣氛。而且商毅也不時打開車廂的窗戶，對大道兩側的百姓揮手致意。
在這一片熱熱鬧鬧的氣氛中，一行車隊也從洪武門進入皇城，經由午門進入紫禁城，穿過了三大殿，來到乾清宮裡。
而這時商毅其他的嬪妃，孑女也都聚集在乾清宮裡，迎候商毅迴歸。因爲現在是在皇宮裡面，用不着那麼拘謹了，而且六七個月不見，衆人對商毅也確實都十分想念，因此還不等商毅進殿，就都紛紛衝出殿外，圍隴上來，有說有笑，有哭有鬧的。而商毅當然也是一一安慰，由其是幾個孩子，紛紛都要商毅抱，商毅也只好一個個的輪流抱起。當然還不忘在每個孩子臉上親親。
也讓周圍侍候的經歷過前明的幾個老太監看得搖頭，這都成何提統了，也太沒禮儀了。不過他們也知道，商毅一向不太在意禮儀，而且現在的世道也變了，商毅廢除太監製的可不是說着玩的，因爲自從商毅稱帝之後，宮裡也確實再沒有進新太監了，留着自己幾個，不過是在宮裡養老，再過個幾年，太監這個行業，說不定就真的要徹底消失了。
在商毅出征期間，葉瑤瑱和紫玲瓏兩人都生了一個男孩，這時也都過了百日，當然也都抱出來和商毅相見。這己經是商毅的第七、第八個孑女，如果是在皇子中，這是三皇孑和四皇子，而且兩個小傢伙都長得白白嫩嫩，十分朝人喜歡，商毅當然也十分高興。
到是葉瑤瑱最爲持重，因爲在此之前宮裡就己經知道豐臣薰有了身孕的消息，葉瑤瑱也早安排了御醫，爲豐臣薰把脈，以防一路上的顛沛辛苦，動了胎氣。同時也安排下了專門的人手，伺候豐臣薰，並且專程安排御膳房，每天都爲她單獨準備膳食。而且一到乾清宮，其他人都在和商毅卿卿我我，述說離別之情，葉瑤瑱去把豐臣薰帶到在內室裡休息，並要御醫給她把脈診看。也充份顯示出皇后的風範。
其實豐臣薰也並不弱不禁風的女孑，而且在回程的一路上，也受到很好的照顧，因此經過了御醫的診脈之後，也認爲雖然是有些疲勞，但一切也算安好，只需要靜休調養就可以了。然後又開了幾付安胎的藥方，開始去熬藥去了。而葉瑤瑱才帶着豐臣薰來到外室。
其他衆人見了，也都紛紛過來，向豐臣薰道喜。而商毅也下令御膳房裡開飯，和衆嬪妃們一起歡慶。