雖然商毅最初的想法，是弄成一場新舊思想正面碰撞、交流、溝通的辯論，但這一次辯論最終持續的時間之長、影響的範圍之深遠，參與的人員之多，在中國思想發展歷史上的地位，對中國傳統思想造成的決突之大，都遠遠超出了商毅的預期目標。
按照內閣的計劃，這一場辯論是在四月十日，定在南京師範大學進行。辯論的題目就是請願的第一條：施行古制，以仁義禮信治國；雙方各出五名代表出場辯論，而傍聽的人員約有八百餘人，除了請願人員全部出席之外，其餘的都是南京師範大學的學生，和南京學術屇的人員。
內閣方面對第一場辯論是做了充份的準備，在辯論的一開始，就緊緊抓住“施行古制”這一點中的“古制”兩個字，到是那一段時間纔算“古代”，是不是隻要以前的朝代都算古代，還是以傳說中的“上三代”纔算古代。
而請願代表只能回答是上三代的制度纔算古制，但內閣一方馬上就抓住了這個口實，質問請願代表，上三代到是推行的什麼制度，中央機構是怎麼設制，地方行政又是怎樣安排，權力怎樣分配，怎樣監督，怎樣制定的稅賦制度，結果問得請願代表啞口無言，根本就答不上來。
言必稱上三代，是中國古代學術文章的一個特點，因爲按中國傳統思想的觀念，上三代就是中囯的黃金時代，大同社會，反正就是上三代什麼都好。
但只要不是書呆子，其實誰都知道，所謂“上三代”到底是怎麼一回事，一千個人有一千種說法。一是時代久遠，二是史料缺乏。但也正因爲如此，在爲了證明自己的觀點正確，因此就全部推到“上三代”上面去，“上三代”就是這樣做的。就連黃宗羲的［明夷待訪錄］裡，也是假借託上三代。說白了就是把上三代當做任人打扮的小姑娘，根據自己的需要，想怎麼說都行。
而請願者將“施行古制”列爲第一條，也是沒有辦法的事情，因爲帝國是剛剛建立的新朝，百廢待新，沒法用祖制來壓服新朝的制度，只好推到古制上面，但卻又被內閣的代表緊緊抓住，結果弄得十分難甚，最後沒有辦法，只好避開了這個話題，把目標集中在後一句“以仁義禮信治國”上。說上三代的精神就是以仁義禮信治國。
但對這一點，內閣一方同樣也作好了準備，立刻列舉出種種例子，證明帝國確實是在推行仁義禮信，並沒有疲棄上三代的精神。而這時請願者一方纔算是緩過一口氣來，於是也引經居典，開始了辯論。
不過在辯論之前，內閣一方就做好了每一場辯論的基調，就是決不和請願者提出的這十二條要求搞對立，而是儘量證明帝國的政策當中己經包括了這十二條，只不過除了這十二條之外，還有其他的政策。在這方面，內閣顯然就有很大的優勢，可以找出多的實例證據來。而請願者一方則是絕對的對立，就是一付有你無我的架式，另外也只能照讀經典，舉不出多少實例來，面對面的辯論，也沒法使用大扣帽子，強詞奪理之類的手段，這樣一來內閣一方自然就在辯論中大佔上風。
結果雙方經過了兩個多小時的脣槍舌戰才結束，儘管最終並沒有宣佈誰勝誰負，但在辯論時過程中，請願的一方多次被內閣問得答不上來，而內閣一方一直都振振有辭，有理有論，因此結果也自然分曉。請願方垂頭喪氣的離開了辯論會場。但關於這次辯論話題的議論，卻一直在隨後的幾天時間裡，成爲南京學術屆議論的焦點話題。
隨後在四月份裡，南京師範大學又繼續舉行了兩場辯論，由於有第一場打底，而且各家報紙也都大加宣傳，因此傍聽的人員也大大增加，在第三場辯論的時候，傍聽的人數達到了二千三百餘人，有一半都在會場以外傍聽。其他學校，包括在南京周邊地區的許多學者也都趕來傍聽，而且每一場辯論之後整理出來的文字稿，都會被搶購一空，一時也是萬人空巷，洛陽紙貴。
不過由於請願一方在大道理上確實是佔不住腳，而且辯論的經驗和技巧也都不如內閣一方，結果這三場辯論中，儘管請願的一方每一次都更換了參與辯論的人員，但都明顯處於下風，因此請願的一方也有些着急了，於是也向內閣提出要求，停一段時間，好讓自己一方有足夠的時間來準備，收集足夠的資料。而內閣一方也表示了理解，給了他們足夠的時間。
而這時有一些傾向於請願一方的國會議員也來拜訪請願者，教了他們一些辯論的技巧，並且制定了辯論的基調，首先就要儘量放棄那種絕對對立的態度，儘可能模糊自己的觀點，尋找對方的弱點。同時也有支持請願方的學者也紛紛爲他們出謀劃策。
第四場辯論在五月五日舉行，而應各方的要求，這一場辯論設在南京工程大學舉行，並且隨後的辯論，將輪流在南京、杭州的大學中循環舉行。而每一場辯論的謗聽人數不能超過八百人，而請願一方只能出席二百人。但在每次辨論之後，將在第一時間將辯論內容張貼出來。
因爲做足了充份的準備，因此請願一方的表現就好多了，至少己經可以和內閣一方有來有往，爭上幾個回合，不致於全無還手之力。但在無形中，請願一方的所持的觀點已經緩和了許多，至少不和朝廷針鋒相對，同時在辯論的話題上，也更多的偏向於學術思想方面，而減少了許多政治方面的味道。
而這次辯論的影響力也越來越廣泛，由南京一直影響到周邊地區，由其是那些請願者來自的地方，對這次辯論猶爲關注，因爲這關係到這一次請願行動的成敗。另外不僅僅是在南京，在許多地方，也針對這一次辯論的內容，展開了討論，並也進行了不少的辯論，儘管在規模和影響力方面，不能與南京辮論相比，但對於擴大這次新舊思想的影響力，起到了不少的推動作用。而且還有衆多的學者也在報紙上發表文章、著書表達自己的觀點，因此一場新舊思想的大爭論，也在中國展開。
在南京的辯論一直到十一月十日才結束，其中一共進行了二十三場辯論，有七場在杭州的大學裡舉行，並且還有兩場應商毅的邀請，在皇宮裡舉行。
但最終的結果還是以請願者的全面失敗而告終，畢竟現在中國的社會經濟結構己經開始發生了明顯的變化，儘管還沒有達到質變的地步，但己對中國的傳統社會經濟造成了相當的衝擊，而經濟的發展，也就需要新的思想基礎，傳統思想的主導地位己經發生了動搖，因此新思想的發展也是不可阻擋。而且商毅需要沒有利用政治權力強行推進新思想，但卻進行了十分積極的引導。更爲重要的是，新思想並不是要徹底放棄舊思想，只是拋棄舊思想中一些保守、落後、迂腐的東西，加入一些開放、積極、先進的觀念。因此這場辯論的成敗，其實是早就註定下來的。
而在辯論的同時，［中華時報］也不忘利用這次辯論，爲商毅造勢，稱讚商毅的胸襟開闊，能廣開言路，察納善言，並不獨斷專行等等，因爲有事實爲證，因此對商毅的聲望，也確實是一個很大的提高，對於安撫地方的反對情緒，也起了不少作用。
最終請願者雖然還有所不甘心，但還是隻能老老實實的各自返回地方，畢竟辯不過內閣，留在南京也沒多大的意思。而內閣也好說好散，還給每人返回的路費，一切也都做到仁至義盡，也讓這些請願者沒話說。
但等請願者各自回到地方之後，才發現今年的省試早己經結束了。但這一次，民間的情緒也明顯平穩了許多，畢竟誰都知道了這個大勢己經不可改變，因此也有不少學子終於開始認真的學習自然科學，以便在下一輪科舉中有所表現。畢竟十年寒窗苦溪，不就爲了一朝蟒袍玉帶，出人頭地嗎？既然科舉要考自然科學，那麼就好好的學習吧。
而請願者雖然離開了南京，但這次新舊思想的辯論卻並沒有結來，而是從南京一直髮展到了各地方，新舊思想的碰撞，也一直就沒有停止過，有時激化、有時緩和，其中也幾經起伏反覆，前前後後一共進行了七十餘年，一直到中華帝國的第四任皇帝繼位期間，新舊思想的爭論才基本結束，新的思想體系才基本形成，從而中國也正式進入到近代國家時期。
在後世研究中國歷史的專家們都一致認爲，將這一段時期確定爲中國的近代思想啓蒙運動，而這一次南京的辯論，也被認爲是中國的近代思想啓蒙運動的開始。