不過滿清的山東巡撫方大猷到是比王鰲永機靈得多，在準備守濟南的同時，也做好了逃跑的準備，他不僅派出心腹家人，在濟南城的四門關注守城的情況，隨時向自己報告戰事的進展，同時也早己命人備下了十幾匹快馬，還有短身緊衣，乾糧水壺，以便隨時都可以跑路。
因此商家軍攻開城門的消息也在第一時間傳到了知府衙門，方大猷二話不說，立刻換上了緊襯衣服，帶着十幾名心腹家人出府上馬，棄城而逃，速度之快，令搏爾特也望塵莫及。等童大勇帶領着人馬殺到府衙的時候，這裡早己是人去屋空了。
方大猷逃出了濟南之後，一刻也不敢停留，一路上打馬狂奔，一口氣跑出了一百餘里，一直跑到了德州，纔算收住了腳，趕忙又寫了一份告急文書送到北京，同時又命人去打探商家軍的動靜，準備着如果商家軍繼續追擊過來，就再向倉州跑路。
其實童大勇這次只帶來了三千多人馬，攻下濟南就是十分免強了，根本無力再追擊方大猷，而且商家軍的目地也不是要佔領濟南府，只是打一場振奮人心的勝仗，這個戰略目地顯然是己經達到了，因此童大勇也不打算追擊，只是在濟南城中曉諭城中的百姓，清軍還會再打過來，自己的防區並不在濟南，也不可能在濟南久留，如果不想被清軍所掠，最好是遷到登萊地區去定居。
因爲商家軍在濟南的名聲很好，因此有不少百姓都願意到商家軍的管轄區裡去安居，於是都紛紛遷移。當然也有少數人不願離開家園，商家軍也不做強求。
而在另一方面，啇家軍撫平青萊地方的工作也進行的十分順利，付責平定萊州叛亂的第二師第二團，團長叫滕胤玉，他本來是青州的一個百戶，在二年前清軍入關奔襲時加入的商家軍，因爲表現出色，現在己經晉升爲團長，並也掛了遊擊將軍銜。
這一次萊州的叛亂主要發生在南部的膠州灣沿岸一帶，其中又己靈山衛的情況最爲嚴重，聚衆鬧事的張大雅、張千出等人本是靈山衛的軍戶，頗有勇力，平時也聚集了一幫兄弟，趁着現在天下大亂，扯旗舉事，不僅攻佔了靈山衛，而且聯合膠州地區的韓繼本，單之賞等人，進攻膠州。
滕胤玉得知了這些情況之後，立刻作出決定，派出一個營的兵力，去駐守膠州，自己則帶着剩下的三個營，直撲靈山衛。
這時張大雅、張千出等人正在攻打膠州，忽然得知靈山衛告急，張大雅和張千出那裡還顧得上攻打膠州，急忙回兵救援靈山衛。而二張的人馬一撒，只剩下韓繼本和單之賞也是孤掌難鳴，又知道商家軍派兵來增援膠州，因此只好也撤軍回鄉裡，膠州之圍遂解。
而還沒等張大雅、張千出回兵趕到靈山衛，滕胤玉就己經趁着這時靈山衛空虛，一舉攻下了靈山衛城。並且又在從膠州到靈山衛的必由之路埋伏，伏擊張大雅、張千出的人馬，並且在伏擊戰中擊斃二張。
這一戰既解了膠州之圍，又收象了靈山衛，同時斬殺了張大雅和張千出，頓時也震懾住了萊州府的其他鬧事人等，商家軍在這一帶本來就有威名，現在衆人也知道這威名決不是誇大其辭，因此也都紛紛向滕胤玉請降，不幾天的功夫，膠州的韓繼本，單之賞、即墨的黃宗賢、週六、丘尚佐、王爾璽，平度的翟五和尚、張廣等人都率衆投降商家軍，有人表示願意接受商家軍的改編，也有人打算回鄉務。
而在青州，還不等商家軍出兵，就有不少叛亂人員都主動投降，到了六月底的時候，青州府、萊州府二地的叛亂，也就基本被平息了下來。
周少桓一面對投降的叛軍也按照商家軍的標準，進行考覈訓練；一面安撫地方百姓，安置近移的居民；同時還要積極準備，迎戰清軍的進攻，也是忙得昏頭轉向，這才知道一方大員可不是那麼好當的。因此在給商毅的彙報公文中，也請商毅儘快派遣一些文職官員來，幫自己處理政務。
商毅在杭州接到了周少桓的告捷之後，也十分高興，一面派人對周少桓等人嘉獎，並表示自己會盡快派來文職官員幫他；一面也將捷報傳到南京。
這個時候的杭州，可以說是喜事不斷，連續舉行了幾場婚禮，不過商毅和林鳳舞雖然訂了婚，但到是還沒有急於完婚，成親是商家軍的另外三員大將，第一師長成進、海軍指揮使成鋼、騎兵旅旅長楊武丞三人。其中成進和成鋼兄弟娶的是一對姐妹，就是當初田國丈田弘遇送給商毅的一對雙胞待女，田珍和田珠，而楊武丞娶的是原山東布政司孟宏恭的女兒。
這三對夫妻都是早己訂下親事，至少都有一年以上的時間，因爲各種原因，一直拖到了現在，商毅也終於趁着目前的一點空閒時間，爲他們舉行婚禮。而且正好現在盂宏恭也賦閒在杭州，也能參加女兒的婚事，也算是了卻了幾件大事。
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杭州這邊是喜事不斷，而這時的南京只能用一個字來形容：亂。
自從商毅離開南京，史可法去江北督戰開始，南京就一直沒有消停過，首先是東林黨人大造“秦檜在內，李綱在外” 的輿論，影射是馬士英將史可法排擠出了南京，但大局己定，於實事無補。
而馬士英把持了朝中大權，自然首先想到安插自己的人，於是說服朱由崧任命阮大鋮爲兵部右侍郎。
阮大鋮其實是東林出身，而且本身也頗有文釆，但後來依附於魏忠賢，並且在崇禎初年，因爲在政治投機中站錯了隊，結果被劃爲魏忠賢一黨，雖然在當年淸剿閹黨的時候，逃出了一命，但卻己被列入《逆案》之中，即爲永不錄用之意。不過阮大鋮於馬士英有恩，同時馬士英也希望通過引阮大英入朝，爲自己加個幫手。
但閹黨和東林黨本來就是勢同水火，不能共存的，雖然過去了十幾年，但東林黨依然對當年的事情耿耿於懷，因此這一下自然是一石激起千層浪，劉宗周、黃宗羲等人爲代表的東林黨立刻羣起而攻之，不斷上書，不僅指斥阮大鋮是奸邪之輩，同時還指桑罵槐，責斥馬士英不顧先帝屍骨未寒，就欲翻逆案，是濁亂朝政的大惡之事等等。
而阮大鋮的事情還沒有結果，在左良玉軍中當監軍的巡按御史黃澍，受左良玉所託，入朝拜見朱甴崧謝恩。黃澍也是東林黨人，同時又仗着自己有左良玉在背後撐腰，於是拜見完朱由崧之後，就在朝堂上當殿指責馬士英爲奸臣，力數馬士英的罪行。不僅邊罵邊哭，而且還上前大搧馬士英耳光。使在場羣臣，無不動容。就連朱由崧也被驚得目瞪口呆。
馬士英當然也不甘示弱，捱打之後，就在當場向朱由崧叩頭，請求辭職。雖然在當殿得到了朱由崧的允許，但回家後，馬士英又立刻上書，嚇唬朱由崧說：“爲臣一旦離京而去，四鎮皆失勢，朝中大臣們肯定擁立潞王爲帝”。
同時和馬士英一起擁立朱由崧的秉筆太監盧九徳，也在宮中痛哭流涕的勸說朱由崧：“皇上您如無馬公，不可能正大位。如果逐出馬公，天下人皆會認定皇上是忘恩負義。而且，馬公在內閣，萬事擔當，皇上可以整日悠閒自在。如無馬公，朝臣有誰肯顧惜皇上？”
朱由崧在別的事情上雖然糊途，但牽扯到皇位，智商也立刻能提升幾個檔次，一想也確實是這麼回事，因此立刻又重新召馬士英回朝，並委以內閣首輔之職。同時又下旨封馬士英推薦的阮大鋮爲兵部左侍郎兼右僉都御史。
與此同時高弘圖、呂大器、姜曰廣、劉宗周等人，也都不安於位，紛紛離職而去。從此之後朝政大多都被馬士英和阮大鋮把持。
公正一點的說，雖然在擁立福王這件事情上，馬士英確實是耍了東林黨一把，但在擁立這個問題上，東林黨本身做的事情也不地道，甚致可以說是把擁立大功拱手讓給了馬士英。
而且馬士英並非是一無事處的人，在許多方面的能力還強不少東林黨人，在南明成立的早期，也未必沒有一些振作的想法，如果東林黨能夠接現實，承認馬士英的執政權力，雙方精誠合作，到也不是不可能把南明的局面維持下去，只可惜東林黨並不甘心接受失敗的局面，一心只想鬥倒馬士英，根本就不顧大局。而且過去了十幾年，東林黨的鬥爭手段仍然一點長進都沒有，一如當年與魏忠賢相鬥時那樣拙劣，還是隻會上書，也不想想，在東林黨和馬士英之間，皇帝會支持那一方。
雖然有吳甡在其中盡力周旋，希望能夠保持朝廷的和平局面，可惜他一個人的力量實在有限，而東林黨內部其實也是一片散沙，吳甡根本就控制不住，結果終於成了現在的局面。