第二天，福臨在多爾袞的扶持下，在武英殿升朝議事，這時南明的北使團己經到達了北京，但被清廷軟禁在鴻臚寺裡。因此首先討論的是如何處理南京來的北使團。
其實這也用不着多討論，因爲清廷己經決意南征，收取江南之地，當然不會答應南京朝廷的求和，所謂處理，無非就是北使團的三名使臣是殺還是放而己。
在場幾位滿臣都主張：“把使臣殺了算了！”但只有洪承疇跪稟：“兩國相爭，不斬來使。如果殺了他們，下次恐怕無人敢再來了，還是留有餘地爲好。”
多爾袞聽了洪承疇的話，也覺得有道理，畢竟這幾個人殺不殺，也無關大局，放回去又能怎麼樣，說不定還能嚇唬嚇唬南京朝廷，因此也有意放回南明使臣一行人。
那知北使團中的陳洪範，在出使之前就己經與降清的明將唐虞時搭上關，並且暗與多爾袞書信往來，向清朝歸降。聽說清廷要遣使團南返，於是上奏多爾袞，請清廷截留使團中的左懋第、馬紹愉等人，只放他自己南歸。並且保證自己南歸之後，爲清朝打探南京的消息，招降江南諸將等等。
因此多爾袞也改變了主意，並且親自約見陳洪範，封官許願，勉勵他回江南後打探軍情，幫清廷策反明朝諸將。同時也下令扣押左懋第、馬紹愉等人，只許陳洪範本人帶少數人回江南。而北使團之中的另一個成員，降清明將祖大壽的兒子祖澤溥，這時早己經隨父降清，並薙髮梳辮。
南明使團的事情就這樣結束了，而接下來就是佈置下一階段的軍事目標。
這時各條戰線的消息也陸續傳到了北京，果然不出洪承疇所料，商家軍在青州擊敗了和託和李率泰之後，並沒有繼續進軍濟南，而是一直留守青州府內，雖然偶爾也會到濟南府活動，但很快也會退回青州府去。
而在另一條戰線上，李自成卻趁着清軍的主將都返回北京迎接福臨的空隙，也組織駐守山西平陽府的大順軍和河南西部的大順軍劉宗敏部配合，向河南懷慶府的清軍發動了反攻。
這一次進攻確實打了淸軍一個措手不及，大順軍首先攻克了濟源、孟縣，滿清駐守懷慶府的總兵金玉和領兵出戰，在柏香鎮遭遇李自成和劉宗敏的優勢兵力夾擊，幾乎被打得全軍覆沒，金玉和與副將常鼎、參將陳國纔等人均在這一戰中被大順軍所殺。而擊敗了金玉和之後，李自成率領大順軍乘勝進攻懷慶府的治所沁陽，滿清駐守衛輝總兵祖可法連夜帶領軍隊進入沁陽固守待援。
大順軍的這一勝利，也震動了整個河南地區，因爲河南是中原腹地，因此李自成的戰果不及青州之戰，但影響力也遠出山東的戰事更大，而滿清派出的河南巡撫羅繡錦也向北京連續發出了緊急求派援兵的奏疏。
因爲兩黃旗保護福臨到達北京之後，滿漢八旗軍幾乎己經全部聚集在北京，清軍前一階段兵力不足的局面也有所緩解。而前一階段戰事順利，也使多爾袞產生了樂觀情緒，因此多爾袞本來計劃分兵三路，分別進攻李自成、南明和山東，但現在看來，洪承疇的判斷是正確的，目前清軍的首要敵人是李自成。
於是多爾袞也立刻調整自己的目標，首先集中兵力，進攻山西，先徹底打敗李自成，並且順帶解決山東的商家軍，等這兩個目標解決之後，再集中兩路兵力南下，掃平江南。
進攻李自成的兵力將分爲兩路：一路由英親王阿濟格率領平西王吳三桂、智順王尚可喜等統兵取道山西北部和內蒙古進攻陝北，得手後向南推進，直搗以西安爲中心的大順政權中心，另一路由豫親王多鐸率領、恭順王孔有德、懷順王耿仲明等率領先進駐懷慶府，解沁陽之圍，然後西進攻取潼關，打通入陝的門戶，同阿濟格部清軍南北合擊大順軍。
這兩路兵馬各有大軍八萬餘衆，其中滿八旗軍合計再四萬以上，佔八旗總兵力的四成，可以說懷慶失利己經震動了清廷，這一次進攻李自成，清廷算是傾力出動了。
而在山東的戰役，多爾袞決定，派饒餘多羅貝勒阿巴泰爲主將，帶領貝勒博和託、博洛、貝孑嶽樂、都統準塔等人出戰，李率泰等第一批山東的人馬諸將都受他節制，率軍進攻青州，以至一直收取登萊。
因爲這次福臨入關，也把皇太極收集的有關商毅和商家軍的資料文件帶來了，不過這些資料只是到去年八月，離現在己一年多的時間沒有更新，而且就是去年八月以前的，也不足很全面，但也足以讓多爾袞對商毅有一個比較直觀的認識了。商毅出頭的時間並不長，能在這短短一年左右的時間裡，帶出一支頗有戰鬥力的軍隊，儘管主要是依靠火器取勝的，但也是十分難得了。因此這一次進收山東，可不能夠再大意了。
現在阿濟格和多鐸都領軍進攻李自成，現在朝中能夠獨領一軍作戰的，只有阿巴泰和豪格兩人，多爾袞當然不想讓豪格領軍立功，因此也只能派出阿巴泰。而且阿巴泰曾經領軍在山東征戰過，也和商家軍交過手，熟悉這裡的地理和商家軍的戰術，由他出戰山東，也確實比豪格合適一些。
其實自從回到盛京之後，儘管皇太極把這一次出兵定義爲獲勝，並重賞了阿巴泰，但阿巴泰一直爲自己在穆陵關的敗仗耿耿於懷，並且在家裡和兒子博和託、博洛、嶽樂等人一起都認真研究去商家軍的戰術，以及破解的辦法，同時也憋着一口氣，想找機會報這一箭之仇。
可以說阿巴泰是清廷除了皇太極之外，對商毅最重視，也是研究得最多的人，而且從一定程度上來說，他的研究比皇太極更有針對性，因爲他倒底是和商毅交戰過，親自會過商家軍的戰術。
因此多爾袞指派由他領軍再次進攻山東時，阿巴泰也十分高興，認爲自己終於有機會報仇了。不過阿巴泰爲人雖然粗魯，但打起仗來可一點也不含糊，雖然十分願意領軍出戰山東，但也向多爾袞提出了自己的條件，畢竟商毅也不是好對付的人，別到時候羊打不着還落得一身騷。
不過阿巴泰到也沒有多要滿八旗兵，只要有萬人左右就夠了，但卻提出，需要火銃手萬人，其中鳥銃要有五千杆，魯密銃最好也能有五百杆，另外還要各種火炮二百門，其中紅夷火炮要佔到七十到八十門。
原來經過和兩個兒子的反覆研宄，並且又到漢軍八旗中去詢問了清軍火器的性能特點，終於也得出結論，對付商家軍的火力，拿八旗兵去硬填是不行的，唯有以火器制火器，才能夠擊敗商家軍。而來到北京之後，阿巴泰又專程找李率泰細問了青州一戰的經過，也知道一年多以後，商家軍的火器似乎比過去又厲害了一些，因此想要擊敗商家軍，必須要在火器的數量上壓倒他們。
但聽了阿巴泰的要求之後，多尓袞卻有些爲難，因爲阿巴泰所需要的火炮、火銃數量太大，由其是火炮，一時跟本湊不了這麼多。當然這也是因爲商毅在從北京撤離時，把帶不走的火炮全都給炸燬了，沒有留給清軍，要知道在另一時空裡，清軍在南下之後圍攻揚州和江陰都聚集了數百門火炮，大部份都是原本北京城裡明軍留下來的。而且多鐸和阿濟格兩路，也帶走了不少火炮，火銃的數量到是差不多了，但大半都是三眼銃，五千支鳥銃也湊不齊。
因爲關外風大，火繩槍容易息滅，因此清軍的火銃兵大多喜歡用點引線的三眼銃，而不是用火繩的鳥銃，而且用三眼銃放完了還可以當長矛使，當大棍輪，也比鳥銃好用。而魯密銃因爲工藝複雜，製做麻煩，清軍中也不多，而且人人都喜歡用魯密銃，因此輪到阿巴泰頭上，也沒有多少。
最後多爾袞東拼西湊，左挪右補，總算是給阿巴泰備齊了火門一百二十餘門，其中紅夷大炮三十四門，分別爲一千斤十八門，二千斤十三門，三千斤三門，而火銃兵八千，其中鳥銃兩千五百杆，魯密銃一百杆。
另外多尓袞分配給阿巴泰的兵力五萬，其中滿八旗兵爲一個固山，另加二個甲刺，共計有三十五個牛錄，共有旗兵近萬人，漢軍八旗也派出兩個固山的人馬，共計一萬五千，還有明朝的降軍八千餘人。而現在清軍在山東還有千的兵力，也全歸阿巴泰節制，因此清軍在山東的實際兵力，基本到了六萬，這樣的兵力，也不能不說不算雄厚了。
而阿巴泰也知道，多爾袞能夠給自巳拔調出這麼多的火炮火銃也己經足夠，畢竟火器只有那麼多, 而多鐸和阿濟格兩路也需要一部份火器，而且阿巴泰也覺得，有這麼多火器，也足夠擊敗商家軍了。因此也不多做強求。今了命令之後，立刻整軍出發，直奔山東而去。
這時商家軍在北京也己經建立起一個初步的情報網絡，淸廷的大軍調動情況，也很快被情報人員查到，傳回浙江。