琉球使臣到達南京之後, 並未引起什麼大的轟動，在執政的東林大臣看來，這只不過是一次正常的海外藩屬國家對大明的正常朝供活動，反正這些年來琉球王朝每隔兩三年都會派遣使臣到中國來朝貢一次。
至於這時的琉球王朝實際己經被薩摩藩控制的情況，雖然明朝也有所查覺，但誰也沒放在心裡，因爲在這幾十年以來，明朝本身就自顧不瑕，連朝鮮都沒有保住，誰還在乎琉球怎麼樣了？而且這個時代缺乏海防意識的中國人，從來就沒有正確認識到琉球羣島對中國的重要性，其實並不比朝鮮差多少。
當然不管怎麼樣，有外藩到中國來朝貢，總是一件好事，由其是現在明朝只剩下半壁江山的情況下，就更是難得了。而且琉球使者的態度也十分謙恭，不僅進貢的禮物十分豐厚，對朝中的大臣們也都各有常例相贈，完全就是一付外藩小邦朝見天朝上國的樣子。不過南明的大臣們誰也不去想，琉球使臣爲什麼會右的這種態度，而是當作是理所應當的事情。
不過明朝對這種主動來朝貢的朝貢，由其是態度謙恭的外藩，還是十分照顧的，一般來說都會回贈給十分豐富的禮物，當然在眀朝的角度說，這叫賞賜。
雖然現在明朝只剩下半壁江山，但依然還是要保持着天朝上國的氣派，因此不僅給了琉球使者很高的禮節接待，就連皇帝朱由崧也被大臣們請了出來，親自招見了琉球使臣。當然也照舊賜下了相當多的禮物。價值也絕對要超過球球的進貢，那怕是加上貢禮之外的常例。
要知道把朱由崧從皇宮裡請出來可不容易，自從發生了南京事變，東林黨上臺之後，朱由崧也學起了他的爺爺萬曆皇帝不再上朝，推說自己有病，把朝政大事全都交給內閣來處理，自己卻躲在皇宮裡終日飲酒尋歡，而每天內閣送進宮來的摺子，也都由司禮監秉筆太監盧九紅上批上“準行”兩個字就可以了。雖然朱由崧的這種態度，引起了許多大臣的不滿，紛紛上書要求朱由崧出來親政，但都被史可法和吳甡等內閣大臣聯手壓了下來。
對於這個時候的明朝，有一個對權力完全放手，不理政事的皇帝，其實並不是一件壞事，因爲現在朝中基本都是東林黨一手蔽天般的控制，都是正人君子，沒有所謂奸邪之徒，而且內閣的幾位大臣也都是有想法，想幹出一點事情來的人。因此在渡過了短暫的權力整合期之後，東林黨也開始準備要拿出自己的施政綱領來。
從目前的形式來看，軍事計劃仍然是首要的。因爲儘管商毅打敗了清軍的進攻，但清廷對南明的威脅始終都沒有消除，東西兩線的兩個重要的戰略要地，襄陽和徐州者還控制在清廷手裡，而且現在和南京朝廷剛剛成立時相比，在軍事方面也發生了極大的變化，也有必要重新梳理一遍。
在南明成立之初，對南京的防衛是分東西兩線佈置，東邊是江北四鎮，西邊是左良玉，而僅僅只過去了一年時間，左良玉和江北四鎮中的高傑都己先後死去，而江北的另兩鎮，劉良佐和黃得功也都被調回來保護南京，現在東線只剩下一個劉澤清，另外劉肇基也開始自領一軍，但這兩人現在都是在商毅的指揮之下。而商毅儘管在名議上是江北督師，但實際上也只是付責防衛整個東線。
而現在看起來，東線正因爲有商毅在那裡坐鎮，基本不用但心，無論朝中官員對商毅有什麼看法，但卻沒有人懷疑他的軍事能力，而且儘管商毅己經算是割據一方的勢力，南京也不能拿他怎麼樣，但商毅對南京朝廷的態度卻遠比左良玉或江北四鎮要好得多，因此也能夠放心。
相對來說，西線就更爲複雜，左良玉死後，左夢庚率部投降了清廷，而卻是甴敗退到湖廣的李自成的大順軍接替了左良玉的位置，守衛南京的東線，另外湖廣總督何騰蛟手裡也有一些人馬，現在正駐守在長沙府。
這也是目前南明在西線的主要兵力分佈情況。儘管在清軍南侵的戰鬥中，大順軍死死守住了武昌府，保住了南京上游的安全，也算是功不可沒，但畢竟李自成的大順軍是逼死崇禎皇帝的罪魁禍首，南京朝廷仍然是無法完全信任，同時又有左良玉的前車之鑑在那裡，萬一那一天李自成突然變了掛，也舉兵東進，那可怎麼辦呢？因此對李自成也不能不防。
同時也有不少人對李自成的戰鬥力也信心不足，認爲他未心擋住清軍，因此在南京的門戶安慶，需要一支精兵駐守，另外也要防止清軍從長江上游渡江，在江南也必須留出一部份人馬，駐守嶽州的洞庭東岸。
於是史可法針對西線的情況，也提出了一種佈防方式，一是調劉良佐和黃得功中的一部駐守在太平府，保護南京，另一路則駐守嶽州，而讓商毅從東線抽調一部份兵力，駐守安慶。這樣一來不僅可以防備李自成突然發難，而且一但李自成不敵清軍，有商家軍駐守在安慶，也能擋住清軍繼續東進。
這個方案雖然得到了吳甡的贊同，但卻遭到了內閣裡其他三位大臣的反對，甴其是黃宗羲，反對的態度也猶爲強烈，因爲現在南京以東的長江兩岸地飛基本都是商毅的勢力範圍，如果再讓商毅駐守安慶，就等於是讓商毅控制了整個南京外圍，這樣一來，商毅完全可以憑藉着軍事上的實力，控制住南京朝廷，到了那個時候，可就不是尾大難掉，而是讓商毅挾天孑以令諸候了。
而另兩位內閣大臣姜日廣和錢謙益的態度雖然沒有黃宗羲那麼激烈，但反對的理由也和黃宗羲差不多。因此儘管史可法和吳甡一個是首輔，一個是次輔，但對另三位內閣成員的意見也不能輕視，而且黃宗羲所說的，也不是一點道理都沒有，以文官節制武將，並且防範武將的權勢太重，這可是從太祖時代就傳下來的規據，儘管商毅割據的傾向越來越重，但畢竟只是在地方上，他還沒有威脅過南京朝廷的舉動，一但讓他全面控制南京，誰知道他會不會發生什麼變化。
在這種情況下，史可法也不再堅持自己的意見，而是又提出了一個修正的方案，就是東線的人馬不動，只留下黃得功保衛南京，讓劉左良駐守安慶到九江一線，讓何騰蛟駐守湖庭湖，如果何騰蛟的兵力不足，就讓他自行招籌人馬，限額爲三萬人。應該說史可法對自己這個方案還是比較滿意的，這也是在目前的情況下，最好的佈置方案了。而內閣的其他人也都基本沒有意見。
但就在史可法要以內閣的名議，以票擬的形式傳到宮中等着批紅的時候，忽然發生了變故，一個叫劉敬守的戶部主事上疏，以十分嚴厲的口氣指責內閣，降安李自成是忘記了君父之仇的行爲，痛罵五位內閣大臣不忠、不孝、不仁、不義，並且要求朝廷立刻下旨，剿滅李自成，爲崇禎皇帝報仇。寫得到是慷慨激揚、聲情並茂，很有一些煽動性。
因爲劉敬守的官職並不大，而且這段時間以來，也時常會有大臣發表這樣意見，因此史可法和吳甡都沒有太在意，在他們看來，不過又是一次重複，也還是按照以前一樣，把這份疏票擬之後，送進了皇宮裡，內閣的票擬意見自然是駁回，並且還付有一些簡單的理由，無非是什麼脣寒齒亡、事急從權之類。而很快批紅就下來了，果然也和從前一樣，同意內閣的處理方式，駁回。史可法和吳甡也認爲這一次就這樣算完了。
那知誰也沒有想到，這一次並沒有完，劉敬守的上疏被駁回之後，並沒有善罷干休,居然在第二天,邀集了十餘名與他觀點相同的中下彶官員，把自己上疏的內容寫在一張大紙上，在皇宮門前鋪開, 然後跪地哭諫，一邊哭還一邊大聲朗讀着上疏的內容。
哭諫是明朝一種特有的勸諫皇帝的方式, 起源於正德時期, 而在嘉靖、萬曆時期，也都有發生過，就是官員們認爲皇帝的行爲和施政不當，又不聽羣臣的勸阻時，而採用集體跪地痛哭的方法，一直到皇帝接受爲止。而參與哭諫的官員，一般都認爲是忠心正直之士，很受尊崇。
其實在朝中和劉敬守觀點一樣的官員並不少，見有人帶頭哭諫，馬上又加進來不少，因此在不到一個時辰的時間裡，在宮門前跪地哭讕的人數居然就增加到了二百餘人，其中約有六十多名是官員，其餘的都是平民百姓，而且基本都是讀書人，其中不乏東林、復社中的人。而朗頌的聲音之大，連皇宮裡面都能聽到了。
到了這個時候，史可法和吳甡才發現事情有些不妙了，這不就成了倒馬事件的重演了嗎？因此趕快招其他大臣，商議對策。