南京的城牆佈局是一個不規則的形狀，但卻將周圍的所有山地、湖泊、河流全部都利用了起來，因此用固若金湯來形容，一點也不爲過。但所有城牆加起來長達十幾公里，如果沒有十萬以上的人馬，根本不可能守住。而現在的南京城中守軍，還不足兩萬人，因此根本不可能守住整個南京，達到拒敵於城外的目地。
在朝見朱由崧之後，商毅也立刻開始佈置，首先是黃得功的敗軍還有三萬餘衆，這也是一支不小的兵力。黃得功的人馬是江北四鎮中比較有戰鬥力的一支軍隊，而且黃得功雖然平日裡也十分飛揚拔扈，但對明朝還是十分忠心，在另一時空裡，他是江北四鎮中唯一一個堅持與清軍作戰戰死的。因此他的餘部人馬也要儘量保住。
不過雖然商毅並不打算採用禦敵於國門之外的戰術，但在清軍的主力人馬還有到的時侯，主動出擊，先打一二個勝仗，挫動一下清軍的銳氣。鼓動一下南京的士氣，穩定軍心民心，由其是現在，整個南京都己是人心惶惶的時候，還是非常有必要的。
根據黃得功派回來的使臣介紹，現在黃得功的人馬駐紮在南京城西南，不足十里的張家灣和朱家營兩地。因此商毅也命令使者回復黃得功，讓他帶領人馬在張家灣和朱家營兩地就地駐守，抵擋清軍的進攻，同時又命李定國帶領第九師出擊，暫時在黃得功的背後埋伏。如果清軍直的進攻黃得功部人馬，那麼就立刻出擊，給清軍一個迎頭痛擊，先打清軍一個措手不及。
李定國領命率軍出擊之後，商毅又命令全軍在聚寶門紮營，等商毅佈置好了之後，玄皇教的教主夫妻也趕來見商毅。這時商毅正在等着他們，因此立刻命人把他們請了進來。
衆人見面之後，商毅也不客氣，道：“現在的局勢，不用我說教主也應知道，我不管過去大家有什麼恩怨，教主有什麼野心，但現在想要守住南京，我們就必須精誠合作，齊心協力才行。如果教主能夠做到這一點，我們就接着往下談，如果做不到，那麼大家就拍屁股走人，各安天命。教主繼然以建文帝的後裔自居，想必也不會希望大明江山全部落到清虜手裡吧。”
前面的話到還沒什麼，但最後一句卻如石破天驚，玄皇教主和明石姬都不由一震，玄皇教主道：“這個秘密你是怎麼知道付？”
商毅淡淡道：“現在不是說這個的時候，教主只說，這次合作，能否齊心協力。”
玄皇教主深深的吸了一口氣，點了點頭，道：“好，我可以答應你，這一次一定齊心協力，同抗清軍，你說要我們怎麼做吧。”
商毅也點了點頭，然拿出從工部拿來的南京城地圖，鋪在桌子上，道：“很好，那麼首先告訴我，你們現在有多少人手可以調用？”
因爲玄皇教主早聽明石姬說過了商毅的守衛南京計劃，因此也沒有感覺到意外，道：“我們教中的弟子現在大部份都集中在南京，大約有五百人左右，在軍隊中還有五千人左右，基本受我們控制，這是我們在南京的全部力量了。”頓了一頓，他又道：“不過有一點我要先告訴你，爲了以防萬一，我會調一部份人先離開南京，保留退路，但人數不會很多，大約在五十人左右，主要是教中的弟子。”
商毅聽了，也比較滿意，這麼隱密的事情都說，致少說明現在玄皇教確實是打算和自己精誠合作，因此也道：“這可我可以理解，爲自己準備一條退路，是人之常情。這樣吧，你們的教衆仍然在南京城中，暗中行動，不用露面了，但軍隊交給我來指揮，當然還是由你們的人來控制，這幾天多準備一些弓箭、弩箭、飛標一類的武器，在巷戰中都會用得到的。”
玄皇教主也點了點頭，表示同意。接着雙方也開始計劃巷戰的佈置。
南京城中河流衆多，水網密佈，而且大多都與秦淮河相通。實際上秦淮河分爲內河和外河兩條，外河較寬，成爲南京南西二面的護城河，在定淮門附近匯入長江。而內河是在通濟門附近從外河分出，流入城內。而內秦淮河在南京城內的淮清橋處，又分爲南北兩條河，靠南的一條，也就是著名的十里秦淮，從三山門流出內城，匯入外河，靠北的一條叫古運瀆，是從三山門和石城門中間的地方流出內城，匯入外河。
另外南京城中還有御河、玉帶河、珍珠河、金川河等數條河流，而且全都相通，構成南京的水糸。
南京皇宮雖然位於城市的東面，但卻是整個城市的核心，也是全南京的精神支柱，就算淸軍攻入城中，但只要皇宮不失，就表示南京還沒有失守，因此城市戰也是以皇宮爲核心展開。當然還要保住皇帝朱由崧，有他在就可以以皇帝的名議發號施令。
現在玄皇教己經把夕顏安插到朱由崧的身邊，還有在皇宮中安排了不少人手，可以說基本控制住了朱由崧，商毅也不打算和他們爭皇宮的控制權，因此也把整個皇宮，以及外圍的防守任務都交給玄皇教付責。而整個駐守的區域包括南面的正陽門和通濟門，和承天門外的全部地方，東邊的朝陽門和皇宮西側的西皇城根大街和通濟門大街。保證有足夠的出口，在危急的時候能夠平安撤出南京城去。
而商毅付責的防區是從皇宮北部的太平門、小校場、府軍右衙、國子監，一直沿伸到鐘鼓樓。將依託河流進行防守。
鐘鼓樓是南京城中最高的建築，也是西北部的分界點，西北一帶在南京城中，屬於比較偏避的地方，但在南京城西北角的金川門，是商家軍的水軍駐紮的地方，在必要的時候，也很方便從城中撤離。而且站在鐘鼓樓上，基本可以俯視南京城的全局，也有利於指揮城內作戰，因此商毅也決定，把這裡做爲商家軍在南京城裡的駐防核心，並且和皇城一帶形成互相呼應。同時也把自己在南京的指揮部定在鐘鼓樓。
這樣一來整個城內的戰場，將是以皇宮以西，鐘鼓樓以南的南京中部地區。大約佔南京城的四成左右，而城牆包括南邊通濟門到石城門的一長段地區。
玄皇教主和明石姬對商毅這樣的佈置也十分滿意，因爲商毅並沒有染指皇城的控制權，而玄皇教的責任只是守住皇城就行了，畢竟皇城是有城牆可守，而且在城市內作戰，清軍也無法使用大型的攻城武器，而在城中的大部份的任務，都是由商家軍來承擔。因此也同意了商毅這樣的安排。
隨後商毅又問道：“居我估計，現在淸廷己經在南京城中安插了不少細作，上一次不是讓你們調查嗎？別告訴我這麼長的時間，你們什麼東西也沒有查來？”
明石姬道：“你也太小看我們玄皇教了，我們在南京的經營，是從靖難之後就開始了，己經根深蒂固，豈是清廷這區區幾年的時間能夠相比的。我們已經查出十一家酒樓、茶樓、妓院都有懷疑，其中有三家基本己經確定，肯定是清廷設在南京城中的居點。”
說着她從袖口裡取出一張紙來，鋪在桌孑上。商毅一看，果然寫着十一個酒樓、茶樓、妓院的名字，而排頭第一位就是紫明樓。同時在前面還打了一個小勾。
商毅也點了點頭，一邊來說酒樓、茶樓、妓院，確實都是情報糸統隱藏的適合場所，道：“既然知道了，那麼爲什麼還不動他們？”
明石姬苦笑了一聲道：“沒有證據啊？這個紫明樓現在的風頭己經不次於我們的醉杏樓了，頭牌姑娘紫玲瓏，現在可是秦淮河的第一名妓，爲人確實八面玲瓏，和不少官員都有關連，像復社四公子，都和她交情不錯，據說錢謙益都打算爲她贖身，只是礙着家裡己經有了柳如是。而且這一段時間南京一直都沒有平靜過，我們又怎麼敢輕易對它下手呢？”
商毅道：“這麼看起來，這個紫玲瓏也是清廷的細作了。”
明石姬點了點頭，道：“己經可以確定，她就是。我看她是有意要結交這麼多官員，好爲紫明樓拉出一層關係保護網來。”頓了一頓，又道：“不過我們現在己經把紫明樓嚴密監視起來了。“商毅也點了點頭，利用妓女和文士官員拉上關係,是開妓院的另一個好處，因此道：“現在情況危急，己經等不了許多了，事急從權,就算是現在沒有證據，也要先把這個紫明樓抄了，否則等清軍打進了南京，他們就能成爲清軍的得力幫手。那怕是抓錯了也再所不惜，這個惡人就由我來做，等到明天我的後隊人馬到了南京，就立刻動手。但在此之前，你們還是繼續盯着他們。”
玄皇教主道：“好，這個包在我們身上。只要查抄了紫明樓，一定能夠從裡面搜出證據來的。”
商毅道：“好吧，那就這樣。”
玄皇教主盯着商毅，道：“現在你可以告訴我，你是怎麼知道我們的秘密？”
商毅道：“很簡單,因爲我見過你用的乘龍劍，而先帝將另一柄御鳳劍賜給了坤興公主，我知道了這兩把劍的來歷之後，自然也就能夠猜出你們的秘密了。”
玄皇教主道：“你既然知道了，我也不瞞你，我是建文皇帝第九世子孫，名叫朱成師，你現在應該明白了吧，如今的大明只有我……”
不等他說完，商毅就擺了擺手，道：“你不必說下去了，我知道你的意思，無非就是想再奪回皇位。但有一點你也要明白一點，想當皇帝，不是靠血統就可以的，否則也就不會有二十朝的更替。如果你想奪回先祖的皇位，必須靠自己的實力。”
朱成師呆了一呆，半響之後，終於才點了點頭，道：“你說得對，我會證明，我有這個實力的。”