但商家軍可不會給清軍喘息的機會,在清軍撤軍以後,立刻向清軍發動了反攻，雖然西安門外大街被橫向封鎖，但商家軍現在對南京的地形比較熟悉了，從其他各個路口繞道，很輕鬆的就越過了防守陣地，並且從多個路口向西皇城根大街上的清軍發動進攻，同時在房頂上也發動進攻。
儘管皇戰失守，對商家軍來說是一個意外，而且西安門外大街也不是商家軍預計的戰場，但自從商家軍進入南京之後，就一直在做着打巷戰的準備，因此這時也打得比較順手，相反是淸軍，無論是心理，還是在戰術上，都對巷戰的準備不足。
因此在商家軍發動反攻之後，淸軍依然處處被動，處處受制。完全沒有抵抗之力，儘管清軍的人數要比商家軍多，但在狹窄的街道上，兵力根本就無法展開，人數上的優勢完全發揮不出來，相反因爲人員過於密集，反到是有利商家軍的火器發揮，步槍射擊的命中率幾乎高達八成，手榴彈更是一炸一片。
而且商家軍的打擊還是從地到天的立體式作，便是讓清軍防不勝防。根本就不會想到，敵人會從那一個方向殺出來，屋頂，窗戶，房間，小巷，彷彿覺得倒處都是商家軍，倒處都在開槍，倒處都有爆炸。也許就在一回頭的功夫，自己身邊的同伴就會突然倒下，也許站在一起的幾個人中，有一個就會突然被爆頭，鮮血飛濺而出，淋了身邊幾個人一身。總之是那裡都不安全。
在這種情況下，努山也毫無辦法，只能帶領看不斷的後退，一直全部退出了西安門外大街，退過了玄津橋，一直退回到西皇根大街上，纔算是收處了腳。而這時藉着星光和在西安門外大街因爲剛纔的爆炸產生點點燃燒的火光，可以清楚的看到，在街面上橫七豎八，幾乎躺滿了清兵的屍體。
商家軍也在玄津橋前留下了一個連駐守，雙方隔着玄津橋，暫時對持起來。努山也趕忙又派人向皇城中回報，請救支援。
不過這時淸軍己經基本控制了整個皇城，韓岱接到了努山的報告之後，也覺得有些意外，想不到在南京城破，皇城也己失守的情況下，商家軍還在堅持着抵抗，他當然不敢輕視商家軍，趕忙分派其他的人，帶領着人馬，從北安門，西安門、長安右門三個方面，趕來支援努山。
但這一來也耽擱了不少時間，不僅商家軍的各路軍隊都己經進入到自己的防區，建立好了陣地，而且從第九師的李定國也派來二十團進入南京支援到位了。
收到了各路部隊的報告之後，儘管己經有五個防區都己經開始了戰鬥，但商毅心裡也踏實多了，這一來至少也能夠堅持一陣子，那麼就讓清軍來領教一下，商家軍的巷戰厲害。
不過就在這時，又有人來報告，城外的清軍向南城的聚寶門和三山門發動了進攻。
三山門屬南京的西城是由李定國守衛，現在有兩個團的兵力，因爲有玄武湖做側翼，因此商毅到還不太但心，但聚寶門卻是南邊清軍主攻的方向，由楊武丞帶領一個旅守衛，而且聚寶門並不是商毅一定要堅守的地方，因此商毅對這邊的戰鬥並不放心，接報之後，立刻對段鵬道：“段鵬，你就在這裡指揮戰鬥，我到聚寶門那邊去看一下，記住大中橋是連結東城和南城的咽喉要道，那裡一定要守住。”
段鵬點了點頭,道：“督師大人，你放心去吧，這裡就儘管交給我了。”
商毅點了點頭，這才帶着自己的衛隊，趕奔聚寶門而去。
進攻聚寶門的清軍主將是屯齊，這裡本來就是清軍的主營所在地方，阿濟格接到了正陽門、朝陽門都相繼被攻破之後，立刻下令屯齊，也率軍向聚寶門發動進攻。
這段時間以來，清軍己經紮好了四百多個大木筏，在進攻正陽門、朝陽門各帶去了一百個木筏，而在聚寶門一線，集中了二百多個木筏，以及一百多艘小船，開始強渡外秦淮河。因爲這裡有商家軍守衛，因此清軍也格外重視。同時還派出一部份兵力，進攻山川門，牽制住李定國部，實其不能來增援聚寶門。
如果僅僅只是聚寶門外的清軍進攻，因爲有外秦淮河爲屏障，商家軍的人數雖少，但也能抵擋住一陣，但清軍攻破了正陽門和朝陽門被攻破之後，清軍派出一支人馬，在通濟門附近渡過外秦淮河，沿着河北岸繞到聚寶門前，迫使商家軍不得不分兵在外秦淮河北岸據守側翼。這樣一來，兵力就明顯的捉襟見肘起來。
而就在這時，商毅也趕到了聚寶門外，這時戰鬥進行得正是激烈，在秦淮河面上，燃起了十幾處火焰，將水面照得通亮，同時還有近百餘艘舟船正冒着炮火，向北岸強渡過來。而在陣地的東邊，也同時是槍炮之聲，響個不停，顯然也打得十分激烈，商毅看了看現在的形式，就知道對商家軍十分不利，聚寶門顯然是守不住了，因此也告訴楊武丞，立刻下令，馬上向城內撤退。
不過雖然是撤退，但也絕不是一下子就放棄陣地，全部都退回到城裡去，而是先從陣地上撤回兩個營，在聚寶門的城頭駐守，然後其他各部隊都攜帶着自己的武器，依次從陣地上撤退，並且留下了足夠斷後的人馬，這樣井然有秩向撤退行動，再加上淸軍渡河的功夫，十分順利的就全部退到了南京城牆邊之後，同時在城牆上還有接應的部隊進行掩護。
入城之後，商毅立刻下令，留下一個團，由自己帶領，留在城牆上駐守，抵擋清軍的進攻，而楊武丞帶領另一個團也迅速退到城內，在內秦淮河的北岸建立防守戰線，準備城內的巷戰。
而清軍渡過了秦淮河之後，也一刻沒有停，馬上架起了雲梯，又向南京城牆發動了進攻，商家軍雖然只有一個團守衛城牆，但卻依託着南京高大的城牆，槍、炮、手榴彈、霹靂火箭等武器一起發射，利用兇狠的火力，也給清軍造成了很大的傷亡。
但仗打到這一步了，清軍也不能退縮，依然向牆頭髮動了一次又一次的猛攻。而且清軍畢竟是人數衆多，在一個點強攻不下，就把戰線拉開，分散商家軍的駐守兵力，這一來果然有效，商家軍的火力雖然猛，但兵力不是始終都是一個無法克服的劣勢，長達數百步的城牆，根本無法全部照應得過來，因此在淸軍這樣全面展開的進攻下，也有些堅守不住，在戰線兩側的薄弱環節，己經有清軍蹬上城牆。
好在是堅守城牆，只是爲了給退守秦淮河一線拖挺時間，現在也堅守了差不多有犬個時辰，估計楊武丞在秦淮河北岸也己經差不多準備好了，因此商毅也立刻下令，放棄城牆，向內城撤退。於是士兵們也都紛紛收拾武器，向南京城中退去。
商家軍一退，清軍立刻蹬上了城牆，然後打開城門，放城外的大軍進城。屯齊聞訊之後，也不禁大喜，因爲他和努山開始的想法也一樣，現在南京的城牆己有多處被攻破了，清軍殺入城中，按照一般的攻城常識，南京己經算是被清軍佔領了，因此他一面向阿濟格報捷，一面親自率軍進城。
在這時攻開了聚寶門的先頭清軍也並沒有急於向城裡深入發展，因爲在剛纔的攻城戰鬥中，商家軍的火力也確實給清軍造戌了相當大的損失，現在也需要調整一下。而屯齊在進城的時候，也發現在城牆下堆積着的清兵屍體，心裡也覺得有些駭然，商家軍的火力之強，果然是名不虛傳。
不過不管怎麼說，總算是攻進了南京，就算受點損失，那也是值得的，因此在屯齊策馬進入聚寶門之後，心情還是十分愉快的。
而在聚寶山邊的清軍大營裡，阿濟格也是一夜無眠，隨時都聽候着進攻南京的消息。不過這一次戰爭的總體進展還算是很不錯，好消息接二連三的傳來，先是朝陽門被攻破，清軍殺入南京城中，緊接着正陽門也被攻開，隨後淸軍又佔領了皇宮，現在聚寶門也被攻克了。這一來南京的東城南城就都被清軍攻破，看起來這次除夕夜襲、內外夾攻收取南京的戰鬥，己經取得了全面的勝利。
當然阿濟格同樣也收到了清軍在殺過皇宮，向南京的中部地區發展的時候，遇到商家軍的頑強阻擊，但在阿濟格看來，那不過是商家軍最後的掙扎而已，畢竟是大局己定，商家軍就算再強，又能如何呢？現在南北二京，均在清軍的掌握之中，大清統一天下的宏偉大業既將完成，而自己是攻取南京的清軍主將，也必然功不可沒。
因此儘管一夜沒睡，但阿濟格依然神釆奕奕，立刻下今，大軍馬上開拔，進入南京。等他走出大帳以後，這才發現，天色己經亮了。