???聯合艦隊返航之後，先在登州靠岸，第二分艦隊仍然留在登州，並且不時在渤海灣內巡視，給清廷施加壓力，迫使清廷在渤海灣沿岸駐紮足夠的兵力駐守。《》?隨後成鋼才帶領着剩餘的艦隊以及鄭成功的艦隊返回杭州的海軍基地。然後成鋼又和鄭成功押運着俘虜，來到南京，面見商毅。
這一次海軍出擊，取得十分完美的勝利，也確實爲這次進攻清廷開了一個好頭，因此商毅也對成鋼的表現十分滿意，不過成鋼的軍銜是中將，在中華軍裡，己算最高級別，而目前戰事纔剛剛開始，不宜馬上就晉升，商毅也決定，獎勵給他一枚黃龍雙龍寶星勳章。作爲對這一次勝利嘉獎。
黃龍雙龍寶星勳章是南京政府的九種勳章中最高級的一種，只有軍人才能獲得，而且這也是設立九種勳章以來，第一次有軍人獲得這種勳章，也是一份意義非常重大的榮謄。
同時商毅也按照成鋼所報的戰功，對海軍的官兵們也進行了嘉獎，有一大批軍官士兵都得以晉升，各種勳章就派發了一百多枚。
成鋼心滿意足的離開南京，返回杭州駐守。而商毅又接見了鄭成功。在這一次戰鬥中，鄭成功的艦隊也表現得相當出色，戰死的人數甚致還在伏波軍之上，只是他們是客軍的身份，並不是商毅的部下，因此沒有得到勳章一類的獎勵。
不過能夠和中華軍一起，取得這一戰的勝利，走出了自己報仇的第一步，鄭成功也十分滿意了。見了商毅之後，也拜謝不己。
商毅擺了擺手，道：“明儼，你也不用謝我了，這一次出戰，你們也出力了不少。不過有一件事情我必須告訴你，我剛剛收到清廷的消息，令尊大人已被清廷削去官職，降爲平民，並限足北京城內，無令不得外出。”
鄭成功聽了，心裡也不禁默然起來，雖然對父親的勸降信，他都是義正詞嚴的回覆，甚致在信中對鄭芝龍大加指責，但這有一大半是做給清廷看得，畢竟是骨肉致親，在鄭成功心裡，對父親和幾個弟弟都是十分牽掛。而這次鄭芝龍被罷官，不用說也是受了自己的連累。因此沉默了好一會兒，鄭成功才道：“父親若是早聽我言，又何至如此。現在能夠得以苟延到今日，亦不幸之幸也！但成功唯有先國而後家。”
商毅拍了拍鄭成功的肩膀，道：“明儼，令尊的事情，我也深爲遺憾，如果機會巧合，我必然盡力解救令尊，脫離虎口。”
鄭成功聽了，心裡也十分感激，道：“王爺待我之恩，成功必當永記於心，父親之事只能聽憑天意，如令成功別無他意，只願能隨王爺一起，繼續與清虜作戰。”
商毅點了點頭，道：“我在下一步，將在山東向清廷動進攻，你能夠繼續出兵相助，當然很好，不過你的人馬現在遠在泉州，兵馬調動來往不便，因此我打算將海州暫讓給你，駐紮人馬，停泊船隻，這樣日後出兵，也更爲方便了，你看怎麼樣。”
鄭成功不禁大喜，又向商毅拜首道：“多謝王爺，我立刻就安排人馬，在海州駐守。”
商毅道：“不過泉州是你的基業所在，而且廣東的尚可喜，本是降清之將，仍不可輕信，因此你也不可放鬆泉州的守備，使其有機可趁。”
鄭成功也點頭道：“王爺所言極是，成功定會安排妥當。”
海州就是後世的連雲港，位於江蘇北部與山東南部交界的海邊，對於以水軍見長的鄭成功來說，確實是一個在靠近清廷前線駐紮陸軍的好位置，可以在這裡建港停船，利用海路，給自己的陸軍運送糧草物資。另外在這個時候，海州的東部的鬱州山地區，並沒有和大陸相連，而是被一道很窄的海峽分隔出去，成爲一個大島，不僅可以駐紮足夠人馬，而且位置相對獨立，中華軍和鄭軍畢竟是兩方不同的人馬，如果駐紮在一起，難免會有矛盾發生，這樣雙方分離開，對各自也都好一些。
而商毅讓鄭成功在海州駐軍，不僅是將鄭成功徹底拉上自己的戰車，還可以藉助鄭成功在泉州的兵力，牽制住尚可喜，減少自己的後顧之憂。
當下商毅立刻命令李巖安排鄭成功的軍隊在海州駐紮的事項，而鄭成功也讓鄭鴻逵先帶一部份水軍戰船，接收海州地區，自己帶領另一部份戰船返回泉州，安排泉州、彰州的佈置，然後調集一部份陸軍到海州來駐紮。
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商毅對鄭成功所說，準備進攻山東，其實戰鬥早己經開始了。
就在成鋼帶領艦隊出發的幾天之後，商毅接到山東軍區司令員周少桓發回的報告，原來在山東濟南府地區發生了農民起義。
這一次農民起義，仍然是北京暴動事件的一次餘波。北京暴動發生之後，在清廷各地也產生了不小的震動，各地的滿漢矛盾也都引起了不同程度的激化。清軍駐守山東的主將是饒餘郡王阿巴泰，本身是一個勇武有餘，懷柔不足的人。在得知北京暴動，連禮親王代善也在這次暴亂中身亡，阿巴泰也不禁非常憤怒，因此下令山東各地，對漢族百姓要嚴加看管，並收繳各家的鐵具，編戶造冊，以防山東境內的漢人也來一次類似的暴動。
而在管制的過程中，清軍和一批與清軍勾結的當地豪族則趁機巧立名目，強佔田地財產，從中聚斂無厭，山東的百姓在清廷的統治下，本來就十分不滿，而現在又進行壓制，因此在順治六年（1649年）二月，高苑人謝遷匯聚鄉親趙束鄉、丁可澤等人，率千餘人在山東高苑一帶發起反清起義。
這時清廷在山東約有十萬左右的兵力，人馬到是不少，但阿巴泰深知中華軍最善於在局部集中兵力，逐個擊破，因此也不敢輕易分散兵力，將主要的兵力都集中，沿大清河北岸，駐守在濟南到兗州一線，在濟南府的中東部地區雖然青州府交界，但山地衆多，並不是防守的要點，因此駐守的兵力並不多，這也給了起義軍以可趁之機。
而且由於山東百姓對清廷的不滿情緒己經發展了極限，因此也都紛紛投靠謝遷，因此起義軍的勢力發展很快，到三月份時，就擴大到了一萬餘人，轉戰濟南府東中部地區，相繼攻克了高苑、新城、長山、淄川等地，殺死了清廷的高苑知縣武振華，長山知縣周懋臣等人。
在順治六年三月，起義軍攻克淄川城之後，抓獲了在城裡居住的，被革職居家的鄉紳孫之獬。
在三年以前，孫之獬曾向清廷上言，建議清廷治下的所有漢族百姓皆從滿俗，易服剃髮，從而也引發了清廷下達剃髮令，而孫之獬也因此得到了清廷的賞識，一度官運亨通，出任都察院右副都御史兼兵部尚書，招撫江西提督軍務。但商毅收復南京之後，清廷在江南的官員紛紛北逃，孫之獬到也機靈，當然也在其列。但逃回了北京之後，清廷的漢官也都恨其無恥，因此藉機紛紛彈亥孫之獬棄職之罪，結果清廷將孫之獬革職，只好回到老家安居。
在起義軍圍攻淄川縣的時候，淄川知縣劉修己認爲孫之獬做過兵部尚書，又招撫過江西，有軍事才能，又經過實戰鍛鍊，於是邀請孫之獬幫助自己守城。
而被清廷罷職之後，孫之獬一直都不甘心，盼着能夠有機會再被清廷啓用，而在他看來，農民起義軍不過是一批烏合之衆，而且淄川離濟南不足三百里，最多五六日，淸廷的援軍就可以趕到，因此正是一個向清廷表示自己忠心的大好機會。於是不僅應劉修己所請，招集家人，幫助清軍守城，而且還傾盡家財，設立重獎守城的清兵，滿以爲可以守住淄川，等着援軍來到。
那知在謝遷率領起義軍進攻到淄川縣城的時候，城裡的百姓自發組織暴亂，打開城門，放起義軍入城，孫之獬聽到城破之後，退入自己的住宅。穿上官服，向北遙拜後，欲懸樑自盡。但這時，義軍己蜂擁而至，闖入內宅，將孫之獬救下，捆綁起來，押解到縣衙。
雖然說清廷下達剃髮令，實際是勢在必，孫之獬的上言，不過只是一個導火索，但當上了出頭鳥，自然也就成爲了衆矢之的。因此抓住了孫之獬，當然不會放過。於是就在縣衙，甴謝遷當衆宣佈其罪狀，用錐子遍刺其身，插上頭髮，恨聲不絕地罵道：“我爲汝種發！”
孫之獬自知自己衆怒難犯，已無活理，於是破口大罵，只求速死。被他激動的起義軍將其口縫上，凌遲而死，還把他在城中的孫子、曾孫殺了個乾淨。孫之獬一家八口人，全部死在淄川城中。