經過了千辛萬苦，終於把村民們都遷移到了穆陵關。商毅首先下令，讓所有參加了出征救援兗州的士兵們都休息三天。而關城的防務暫時仍由留守的人馬駐守。並且又派出偵察隊的士兵，到附近四外去打探清軍的動態。
士兵雖然都休息了，但商毅還不能停下來，因爲馬上就要給遷進關內的村民安排住所。
商毅離開穆陵關之後，關內的建設施亠並沒有停止，在唐鎮的安排下，依然按原來的施工計劃進行。城內的四條主幹道以經全部建成，四個分區中，東南區的千總衙門和倉庫都以經全部完工，千總衙門裡的擺設傢俱，也都安排了大部份，以經可以入住了。西南區的兵營和各個工匠作坊及操場的工程也臨近尾聲，可以交付使用。
而西南、西北兩個居民區，以及東南區的民宅工程，僅僅只完成了臨街的一排兩層樓，其他的民宅還沒有來得及動工，只是暫時在西南區的空地搭建了六百多個窩棚，這些窩棚雖然比不上房屋，但也能遮風擋雨，比住帳蓬還是強得多。
不過一大部份的窩棚都以經分給了先期搬進穆陵關的村民居住。而在西北區也還有數百個窩棚正在搭建中。因此這一次到達穆陵關的村民們，暫時都只能在操場和東南區的的空餘地區扎帳蓬安居。
商毅決定，將千總衙門作爲穆陵關的總指揮部，各級將領毎天都在這裡聚集，商議軍事。而周世奇和唐鎮一家，都被商毅請到千總衙門裡的後宅居住，因爲後宅的位置不小，還是三層樓，商毅暫時也用不了這麼多房間。
接着商毅將各區臨街的那一排兩層樓，優先分配給軍隊的將領，哨長家庭，以及工匠們居住，也給孫家兄弟的家屬還有洋和尚阿科尼亞，都安排住在這裡。而空餘出來的其他房間也都用作醫院、伙房、庫房和備用房間。
隨後就是安置村民，先前以經入住的就不動了，將剩餘的窩棚全都分配給村民。當然現在也只有一小部份村民能夠分到離棚，優先照顧最初三個村子的村民，而其餘的暫時還是扎帳蓬安居。等新窩棚修好之後，再逐一分配。當然商毅也讓工匠加緊修建，力爭早曰讓所有村民都搬進窩棚。
而在商毅出征之前，購買的糧食和各種物資也都到位，因此商毅也馬上開始統計城裡的居民、物資。纔好做到心裡有數，同時也是便於管理。
經過了三天的忙碌，各項數據也都被逐一統計出來。
加上從箕屋村遷移過來的人口，現在穆陵關中一共有一千八百八十三戶，人口八千五百七十七人。以經大大超過了穆陵關原先設計容納的人口數量。不過現在是非常時期，也只能儘量擠壓地方。好在現在是隆冬季節，不易滋生疾病。同時山東的冬季，雨雪也不多，因此還是能度過去的。
於是商毅將人口進行了一次整理，按四十戶爲一個小組，以一戶爲小組長，付責管理整個小組；又以五個小組爲一個大組，指定五個小組長中的一個爲大組長，付責管理整個大組，分別登記造冊。於是全城的居民共分爲四十七個小組，九個大組，以後無論是分配食物、物資、住所，還是調動勞力，都將以小大組爲單位。不僅方便，也便提高效率。
而現在穆陵關儲備的物資有：糧食一萬兩千五百八十石，麪粉一千七百五十石。白銀有六萬二千四百兩，黃金一千三百六十兩，其他的布料、木材、牛皮、棉花、食鹽等物資，牛、豬、羊、狗、雞、鴨等牲蓄家禽也都各有若干。
現在最重要的物資就是糧食，商毅估計了一下，目前關裡的糧食差不多能夠支付五到六個月，應該夠堅持到這一次清軍撤軍。由於現在穆陵關的糧食是執行統一分配製，因此商毅也制定出毎人毎天的口糧標準，在正常情況下：士兵一天的口糧爲一斤，青壯年婦女的口糧爲十二兩，老人爲和十至十四的少年均爲十兩，十歲以下的兒童爲八兩。而到了戰爭的時候，則根據實際情況，另行補助。
同時商毅又對居民做出了三點規定，一、嚴禁打架鬥毆，偷盜搶劫，一經發現，立刻逐出關去，決不輕饒。二、每天的飯食和飲用熱水都由各組組長帶領人手，統一到夥堂領取，各窩棚的居民的用火必須在露天指定地點進行，絕對嚴禁在家中點火，以防造成火災，一但發現，處罰當天的飯食減半。三、禁止隨地大小便，毎戶都發給一個便桶，並指定位置傾倒，如果發現有人隨地大小便，處罰每天收集便桶，清理糞便的工作。
同時商毅又組織了一支監察隊，由少年隊的士兵組成，每天就在城裡巡察，抓到違返規定的人，立即進行處罰，並向全城公佈。
另外穆陵關裡的軍用物資有：馬三百二十七匹，生鐵五千三百斤，配置好的火藥一千四百斤，另有三千五百斤木炭，八百斤硝和一千三百斤硫磺。
軍器方面，有鐵甲兩千八百四十五套，皮甲一千三百七十四套，綿甲八百七十八套，長弓四百三十八把，短弓二百一十六把，箭三萬五千支，盾牌一千二百面，刀槍器械六千七面餘件。
火器方面，有虎蹲炮八門，小型佛郎機炮四門，中型佛郎機炮三門。鳥銃三百0二支，其中有一百四十四支需要改造，魯密銃一百支，其中有三十九支需要維修。
在工匠方面，穆陵關內現在有泥水匠六十二人，鐵匠四十二人、木匠四十五人，火藥匠十二人，郎中九人。
商毅將各工匠按自己的作坊分配，開始工作。泥水匠和木匠現先抓緊搶工，搭建窩棚，力爭儘快讓所有居民都搬離帳蓬。人手不夠，就從居民中抽調人手幫忙。鐵匠也都停下其他的工作，在孫和鼎的指導下，全力搶修需要改造修善的火銃。而火藥匠一方面要將現在配料調配成火藥，另一方面還要把以經調配成功的火藥定各種火炮火銃的定量包裝，以方便使用。郎中則是配製各種刀傷藥，準備醫治傷兵。洋和尚阿科尼亞現在被分到跟着郎中們一起幹活。
等士兵們的假期都結束之後，商毅也在操場上招集全集士兵，爲在求援兗州的戰鬥中戰死的士兵們舉行了一個盛大的葬禮，並且在城外的山上找了一塊向陽的地方，統一掩埋。而且商毅親自在墳前祭奠，給毎個死者都敬上三柱香。又在墳前重申，對死者家庭的撫卹標準不會改變。隨後士兵們也集體對墳墓叩拜。表示對死者的尊崇。
洋和尚還在墳墓前唸了一段禱告。雖然沒有人聽得懂他念的是什麼玩意，但他虔誠認真的樣子，還是讓不少死者的家屬感動。
回到城中，商毅又下令，在城裡的社廟裡，爲這些士兵，以及先前爲保護村子而戰死的團兵，全部都供上靈牌，每天都有專人供上香火，每逢年節，只要商毅在穆陵關裡，都要親自來廟裡上香。如果商毅有事外出，也會委派他人代替自己來上香。這一來不是死者的家屬也十分感激，就連士兵們也都受感觸，不少人在葬禮都淚流滿面。就連剛到穆陵關來的箕屋村的楊武丞等人也都激動異常，覺得商毅真是一個好人。
葬禮舉行完畢之後，接下來就是對這次救援兗州的戰鬥中，有功的將士進行表彰和獎勵。功賞過罰，這都是提升士氣的重要方法。
根據在戰場上的表示，商毅也將功勞定爲一、二、三這三個等級，以後的評功，也全都按這個標準進行評比。
只要是參加過救援兗州戰鬥的士兵，都能評上三等戰功，得到五兩紋銀的獎勵。二等戰功是授於那些在戰場上作戰積極勇敢，帶奮力殺敵的將士，一共有九十二人，毎人可以獲得十兩紋銀的獎勵。三等戰功是授於那些在戰場上做出突出戰績，供獻出重要策略或者是成功斬殺敵軍大將的將士，這一次一共有十三人授獎，獲得三十兩紋銀的獎勵。同時還放放給他們一張簡單記載所立的俱體戰功的獎狀。
其實按商毅的想法，還打算給每名士兵授於一枚勳章，刻上每人的名字，參加的戰役名稱和所立的戰功等級，可以永久的保存，充份激發士兵的榮謄感。但現在條件和技術都達不到。因此只能暫時做罷，等以後有機會再給毎人補發。但儘管如此，表彰的效果也出奇的好。
人都是有爭強好勝的心裡，聽到自己名字的士兵一個個都興高采烈的走到商毅的面前，領取自己的獎勵，而其他的士兵，還有不少圍觀的百姓都對他們報以熱烈的掌聲。還沒叫到的士兵則在下面躍躍欲試，一臉興奮的表情等待着叫到自己。
而那些沒有參加救援兗州戰鬥的士兵們則是一臉羨慕的看着他們上前領獎，同時在心裡也暗暗下定決心，下一次戰鬥中，一定要爭取得到出戰的機會，好好表現，也爲爭能夠立功授獎。
最後商毅又宣佈, 羅遠斌和他們兄弟們也正式加入了穆陵軍的行列中。而穆陵軍中，也增加了一個全新的兵種——火槍兵。
等表彰大會開完之後，全軍的士氣也得到了一次極大的激發。於是商毅也趁熱打鐵，馬上又開始對軍隊進行新的整編佈置。