只是這些大大小小的府縣城池基本都已經被叛軍攻破，城中居民早已被叛軍驅趕屠殺一空，既無戰果又無補給，大軍行動十分艱難。
吳襄無奈之下只好暫緩進軍，等待後方的補給。
此時吳襄的前鋒已經到達濰縣城下，便要求濰縣爲他們提供軍糧補給。
濰縣經歷了叛軍長達一年多的圍城，雖然有互助會的支援，城中的存糧也已經見底，城中居民只剩兩千多人，城外的村莊更是被叛軍全部焚燬，哪裡能夠拿得出來補給給他們？見這些官軍來勢洶洶，馮對立面縣令便命人閉門不納，只說城中物資已盡。
濰縣在叛軍面前堅守一年多，與高密縣並列未被叛軍攻陷的兩個縣城。此時叛軍退去，已經將戰果上報，吳襄也不敢在此時攻擊縣城，也只好棄城而走，最後被自衛隊二營攔截在了濰縣以東的濰河邊上。
二營在逼走了張燾部叛軍之後，便接到章澤天的命令，後退至濰河一線駐防，目的就是阻止官軍通過濰河。
因爲買馬和女真首級之事，吳襄也算是跟自衛隊打過交道，對自衛隊不無忌憚，見自衛隊隔河而守，他們一時也不敢強行渡河，兩軍便在這裡僵持起來。
話說章澤天最終還是將駐守青島的衛戍營抽調了一半人馬北上，替換了被充作戰兵使用的輜重營。
此時的濰縣戰役已經雷聲大雨點小地結束了，萊州的防守也就不再那麼重要。衛戍營北上的三個連便東進黃縣與一營匯合，推進到了登州城下。炮營則分出一個連的三十門野戰炮支援二營建立濰河防線，主力則隨一營一起到達了登州城下。
登州是叛軍的大本營，由耿仲明帶人把守。此時耿仲明雖然不清楚孔有德與張燾的情況，但是可以肯定黃縣已經被自衛隊奪取，到現在孔有德也沒有反攻黃縣，自衛隊反倒逼到了登州城下，孔有德與張燾等人估計已經凶多吉少了。
叛軍死守登州，一直把登州作爲最後的手段，就是因爲這裡有登州水營，有大量的戰船可以讓他們在陸地上失敗之後出海逃走。
不過令耿仲明絕望的是，在自衛隊從陸地逼近到登州城下的次日，自衛隊的四艘遠洋戰艦和近十艘武裝福船就封鎖了登州港口。
這些戰艦並不是老老實實地守住港口不讓他們出海，而是在第一時間逼近水城，並且炮擊了水城。大量的開花.彈將城上的火炮在很短時間內就全部摧毀，徹底斷絕了他們逃走的希望。
然後，更令他們絕望的事情發生了，自衛隊從陸地上運來了一百多門火炮，佈置在了登州城外，瞄準了登州城。自衛隊的火炮射程比叛軍引以爲傲的大將軍炮遠得多，一旦開戰他們沒有絲毫還手之力。
稍作思量之後，耿仲明便知道事不可爲，直接派人出城聯絡了自衛隊的指揮官林二，在得到安全保證之後投降了。
投降叛軍總共7000人被自衛隊直接裝船運到濟州島上的戰俘營進行甄別改造，每人被判處了一年到三年不等的勞動改造。
除了叛軍之外，登州城裡還有被叛軍抓來做工的上萬名平民，以及幾千名女子。這些人有些是原本登州城內的居民，更多的則是來自周邊鄉鎮。
叛軍肆虐的這一年多時間裡，佔領區裡面的平民基本都已經被清空。章澤天估計，由於叛軍作亂直接或間接死亡的可能有近百萬人甚至更多，原本人煙比較稠密的山東半島北部已經基本成爲一片千里無雞鳴的不毛之地。
當然這些人並不是都死掉了，更多的人還是逃亡到了其他地區。光是互助會的控制區內，就先後接收到了150萬以上的難民。
互助會動用了自己的全部運力，將其中的20萬人運到了海外，主要還是集中在濟州島上。依章澤天的意思，這些移民的大部分最終將被運到北方的幾處基地和臺南地區，只是目前受限於運力不足，只能讓他們暫時在濟州島上安身了。
現在從登州城裡接收到的這些平民之後，問了他們的意見。這些人多數都已經一無所有，即使回鄉也沒有辦法活下去，多數都願意聽從互助會的安排。
那些女子更是沒有地方可去，而且多數人都希望能夠離開這片讓她們傷心的土地，最後也被互助會送到了海外。
孫元化被叛軍抓住之後，一直被軟禁在巡撫衙門的一個院子裡面，倒是沒有受到什麼虐待，忠於他的十幾個親兵家丁之中，除了在叛亂當天被殺了幾個之外，包括孫文起在內的九個人也都被軟禁在一起。叛軍投降了之後，他們被耿仲明移交給了自衛隊。
當這些人被送到即墨的時候，章澤天親自到鐵路車站迎接了他們。
孫元化穿着一身青布襴衫，打扮得就像一個鄉村老儒，見到章澤天之後惟有拱手無言。
章澤天問起他今後的打算時，孫元化也不知如何是好。此番兵變，他作爲叛軍的主官，責任無可推卸，如果回到京城的話，肯定會被朝廷問罪，後果難以預料。
按照文朝的慣例，遇到亂兵、叛軍、外敵入侵等事件時，地方官不允許逃跑，也不允許出現被俘之類的事件，能夠做的只有當場戰死或者自殺，否則便會因爲“失土”的罪名受到處罰，最輕也會是罷職爲民。
在這次事件之中，叛亂的都是孫元化自己手下的兵，他這個主管領導在任何朝代也無法置身事外。他是天主教徒，按照教規不能自殺，便加重了他的罪責，回到京城之後若能夠只得一個斬首的處置，都算是好運了。
對於孫元化在這件事裡面的責任問題，章澤天不想管。他只是可惜孫元化在數學和自然科學中的本領。這人本來可以成爲一個優秀的科學家的，結果陰差陽錯地做了一個官員，一個將軍，還要爲此承擔責任，這不是浪費人才嗎？
正是因此，章澤天對孫元化鄭重地提出了邀請：“孫先生，不如你就留在我們這裡吧。在這裡，你可以放心地進行你喜歡的數學或其他學問的研究，也不用擔心朝廷的追究，而且你的家人在松江老家也不會受到影響，如何？”
孫元化猶豫了很久，無奈道：“我相信你能做到這一點，但我畢竟是大文的官員，卻不能背叛朝廷。在孔有德兵變之事上，我的做法雖然不會被朝廷認可，但我自己問心無愧。如果你爲我而反，卻有違我忠於大文的本心了。”
章澤天道：“我們互助會也是忠於朝廷的啊，我們同樣會爲保衛大文不惜此身，卻不會任由朝堂上那些貪腐官僚爲我們打造的愚忠的鐐銬所束縛。你明白我的意思嗎？我們也許會在某些時候反抗官府的一些做法，但絕對不會舉起造反的旗幟，我們始終會是大文朝的子民。”
聽到章澤天不會選擇的承諾，孫元化思慮再三，最終還是決定留在青島，沒有回京城去送死，有活着的機會，總比就這樣沒有什麼意義地死掉強。