崇禎正在焦急地盼望楊嗣昌的消息，忽然接到萬元吉的飛奏，說楊嗣昌於三月丙子朔天明之前在沙市病故，敕書、印、劍均已妥封，暫存荊州府庫中。
崇禎對楊嗣昌又恨又可憐，對於以後的“剿賊”軍事，更覺束手無策。同陳新甲商量之後，他下旨命丁啓睿接任督師。他心中明白，丁啓睿是個庸才，不能同楊嗣昌相比。但是他遍觀朝中大臣，再也找不出可以代他督師的人。
在楊嗣昌的死訊到達北京之前，已經有一些朝臣上本彈劾他的罪款，多不實事求是，崇禎都不理會。楊嗣昌死的消息傳到北京以後，朝臣中攻擊楊嗣昌的人更多了，彈劾的奏本不斷地遞進宮中。
崇禎想着楊嗣昌是他力排衆議，視爲心膂的人，竟然糜餉數百萬，剿“賊”無功，失守襄陽，確實可恨。
他一時感情衝動，下了一道上諭：“輔臣楊嗣昌二載瘁勞，一朝畢命。然功不掩過，其議罪以聞！”
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許多朝臣一見這道上諭，越發對楊嗣昌猛烈攻擊，說話更不實事求是，甚至有人請求將楊嗣昌剖棺戮屍。
崇禎看了這些奏疏，反而同情楊嗣昌。他常常想起來前年九月在平臺爲楊嗣昌賜宴餞行，歷歷如在目前。那時候楊嗣昌曾說如剿賊不成，必將“繼之以死”的話，餘音猶在他的耳邊。
他最恨朝廷上門戶之爭，黨同伐異，沒有是非，這種情況如今在彈劾楊嗣昌的一陣風中又有了充分表現。他很生氣，命太監傳諭六部、九卿、科、道等官速來乾清宮中。
崇禎從文書上擡起頭來，冷眼看着六部、九卿、科、道等官分批在寶座前三尺外行了常朝禮，分班站定以後，才慢慢地說：“朕今日召你們來，是要說一說故輔臣楊嗣昌的事。在他生前，有許多朝臣攻擊他，可是沒有一個人能爲朕出一良謀，獻一善策，更無人能代朕出京督師。”
楊嗣昌死後，攻擊更烈，都不能設身處地爲楊嗣昌想想。”
他忍不住用鼻孔冷笑一聲，怒氣衝衝地接着說，“楊嗣昌系朕特簡，用兵不效，朕自鑑裁。何況楊嗣昌尚有才可取，朕所素知。你們各官見朕有議罪之旨，大肆排擊，紛壇不已，殊少平心之論。姑不深究，各疏留中，諭爾等知之！下去吧！”
衆官見皇帝震怒，個個股慄，沒人敢說二話，只好叩頭辭出。他們剛剛走下丹墀，崇禎又命太監將幾位閣臣叫回。閣臣們心中七上八下，重新行禮，俯伏地上，等候斥責。崇禎說道：“先生們起來！”
閣臣們叩頭起身，偷看崇禎，但見他神情愁慘，目有淚光。默然片刻，崇禎嘆口氣說：“朕昨夜夢見了故輔臣楊嗣昌在這裡向朕跪下叩頭，說了許多話，朕醒後都記不清了。”
“只記得他說：‘臣鞠躬盡瘁，死而後已。朝中諸臣不公不平，連章見詆，故臣今日歸訴皇上。’朕問他：‘所有的奏疏都不公平麼？某人的奏疏似乎也有些道理吧？’嗣昌搖頭說：‘亦未然。諸臣住在京城，全憑意氣，徒逞筆舌，捕風捉影，議論戎機。他們並未親歷其境，親歷其事，如何能說到實處！’朕問他：‘眼下不惟中原堪憂，遼東亦岌岌危甚，卿有何善策？’嗣昌搖頭不答。朕又問話，忽來一陣狂風，窗櫺震動，將朕驚醒。”
衆閣臣說一些勸慰的話，因皇上並無別事，也就退出。崇禎只留下兵部尚書陳新甲一人。
崇禎坐在武英殿的東暖閣中，看見陳新甲躬身進來，等陳新甲跪下叩頭以後，他憂慮地說道：“丁啓睿升任督師，遺缺尚無人補。朕想了數日，苦於朝中缺少知兵大臣。傅宗龍雖有罪下在獄中，似乎尚可一用。卿看如何？”
其實丁啓睿本來就是代替三邊總督鄭崇儉暫時理事，最好的人選就是讓鄭崇儉恢復秦督之位。可是鄭崇儉被罷免，本來就是因爲瑪瑙山之戰後官軍搜剿張獻忠時，楊嗣昌推鍋說鄭崇儉撤兵太早，導致賊兵猖獗。
如今楊嗣昌病死，崇禎對楊嗣昌是又恨又憐又愛，對鄭崇儉則只有仇恨和憤怒了。他痛恨鄭崇儉沒有給楊嗣昌充當犄角，助兵平寇，就把他逮捕入獄，責備他“唆使士兵擅自返回”，“無視軍規”，已經將鄭崇儉下獄，只好再找人選擔任秦督。
“宗龍有帶兵閱歷，前蒙陛下識拔，授任本兵。偶因小過，蒙譴下獄，頗知悔罪。今值朝廷急需用人之際，宗龍倘荷聖眷，重被簡用，必能竭力盡心，上報皇恩。宗龍爲人樸實忠誠，素爲同僚所知，亦爲陛下所洞鑑。”
崇禎點頭說：“朕就是要用他的朴忠。”
陳新甲跪在地上略等片刻，見皇帝沒有別事“垂問”，便叩頭辭去。
崇禎就在武英殿暖閣中立即下了一道手諭，釋放傅宗龍即日出獄，等候召見，隨即又下旨爲楊嗣昌死後所受的攻擊昭雪，稱讚他“臨戎二載，屢著捷功；盡瘁殞身，勤勞難泯。”
在手諭中命湖廣巡撫宋一鳥派員護送楊嗣昌的靈柩回籍，賜祭一罈。他又命禮部代他擬祭文一道，明日呈閱。
第二天，崇禎在文華殿召見陳新甲和傅宗龍。當他們奉召來到時候，崇禎正在用硃筆修改禮部代擬的祭文。將祭文改完放下，他對身邊的太監說：“叫他們進來吧。”
等陳新甲和傅宗龍叩頭以後，崇禎命他們起來，仔細向傅宗龍打量一眼，看見他入獄後雖然兩鬢和鬍鬚白了許多，但精神還很健旺，對他說道：“朕前者因你有罪，將你下獄，以示薄懲。目今國家多故，將你放出，要你任陝西、三邊總督。這是朕的特恩，你應該知道感激，好生出力剿賊，以補前愆。成功之後，朕當不吝重賞。”
傅宗龍重新跪下叩頭，含着熱淚說：“嚴霜雨露，莫非皇恩。臣到軍中，誓必鼓勵將士，剿滅流賊，上慰宸衷，下安百姓；甘願粉身碎骨，不負皇上知遇！”
崇禎點頭說：“很好。很好。你到西安之後，估量何時可以帶兵入豫，剿滅闖賊？”
“俟臣到西安以後，斟酌實情，條奏方略。”
崇禎心中急躁，下意識地將兩手搓了搓，說道：“如今是四月上旬。朕望你趕快馳赴西安，稍事料理，限於兩個月之內率兵入豫，與保督楊文嶽合力剿闖。切勿在關中逗留過久，貽誤戎機。”
傅宗龍怕皇帝突然震怒，將他重新下獄，但又切知兩月內決難出兵，只得仗着膽子說：“陝西有現成的兵馬。各鎮兵馬，難道平時就不操練麼？你不要等李自成在河南站穩腳跟，方纔出兵！”
傅宗龍明知各鎮練兵多是有名無實，數額也都不足，但看見皇上大有不耐煩神色，只好跪地上低着頭不再說話。
崇禎也沉默片刻，想着傅宗龍已被他說服，轉用溫和的口氣說：“汝系知兵大臣，朕所素知。目前東虜圍困錦州很久，朕不得不將重兵派出關外。是否能早日解錦州之危，尚不得知。河南、湖廣、山東等省局勢都很不好，尤以河南、湖廣爲甚，連失名城，親藩殉國。卿有何善策，爲朕紓憂？”
傅宗龍叩頭說：“微臣在獄中時也常常爲國家深憂。雖然也有一得愚見，但不敢說出。”
崇禎的眼珠轉動一下，說：“苟利國家，不妨對朕直說。”
傅宗龍說：“目前內剿流賊，外御強虜，兩面用兵，實非國家之福。朝中文臣多逞空言高論，不務實效，致有今日內外交困局面。如此下去，再過數年，國家局勢將不堪設想。今日不是無策，惟無人敢對陛下言之耳。”
崇禎心動，已經猜中，趕快說：“卿只管說出，勿庸避諱。”
“陛下爲千古英主，請鑑臣一腔愚忠，臣方敢說出來救國愚見。”
“卿今日已出獄任事，便是朕股肱大臣。倘有善策，朕當虛懷以聽。倘若說錯，朕亦決不罪汝。”
傅宗龍又叩了頭，低聲說：“以臣愚見，對東虜倘能暫時議撫，撫爲上策。只有東事稍緩，方可集國家之兵力財力痛剿流賊。”
崇禎輕輕地啊了一聲，彷彿這意見並不投合他的心意。他疑惑是陳新甲向傅宗龍泄露了消息或暗囑他作此建議，不由得向站在旁邊的陳新甲望了一眼。沉默片刻，崇禎問道：“你怎麼說對東虜撫爲上策？不妨詳陳所見，由朕斟酌。”
傅宗龍說：“十餘年來，內外用兵，國家精疲力竭，苦於支撐，幾乎成爲不治之症。目今欲同時安內攘外，縱然有諸葛孔明之智，怕也無從措手。故以微臣愚昧之見，不如趕快從關外抽出手來，全力剿賊。俟中原大局戡定，再向東虜大張撻伐不遲。”
“朕已命洪承疇率大軍出關，馳援錦州。目前對東虜行款，示弱於敵，殊非朕衷。你出去後，這‘議撫’二字休對人提起。下去吧！”
等傅宗龍叩頭退出以後，崇禎向陳新甲問道：“傅宗龍也建議對東虜以暫撫爲上策，他事前同卿商量過麼？”
陳新甲跪下說：“傅宗龍今日才從獄中蒙恩釋放，臣並未同他談及關外之事。”
崇禎點點頭，說：“可見凡略明軍事的人均知兩面作戰，內外交困，非國家長久之計。目前應催促洪承疇所率大軍火速出關，馳救錦州。不挫東虜銳氣，如何可以言撫？必須催承疇速解錦州之圍！”
陳新甲點點頭，連連稱是，說道：“陛下所見極是。倘能使錦州解圍，縱然行款，話也好說。臣所慮者，遷延日久，勞師糜餉，錦州不能解圍，反受挫折，行款更不容易。何況國家人力物力有限，今後朝廷再想向關外調集那麼多人馬，那麼多糧餉，不可得矣。”
崇禎臉色沉重地說：“朕也是頗爲此憂。眼下料理關外軍事，看來比豫、楚還要緊迫。”
“對闖、獻如何進剿，卿下去與博宗龍仔細商議，務要他今夜出京。”
“遵旨！”
陳新甲退出後，崇禎覺得對關內外軍事前途，兩無把握，不禁長嘆一聲。
他隨即將禮部代擬而經他略加修改的祭文拿起來，小聲讀道：
“維大明崇禎辛巳十四年四月某日，皇帝遣官賜祭故督師輔臣楊嗣昌而告以文曰：
嗚呼！惟卿志切匡時，心存報國；入參密勿，出典甲兵。方期奏凱還朝，圖麟銘鼎。詎料謝世，齎志淵深。功未遂而勞可嘉，人云亡而瘁堪憫。爰頒諭祭，特沛彝章。英魂有知，尚其祇服！”