屯田促進了西域的農業開發，推動了民治機構的建立。西域東西七千餘里，南北六千餘里，周兩萬餘里，大順統一西域之後，戶政府就提出移民開發的計劃。
戶政府方面主張遷移“甘肅等處無業貧民前赴營生耕作”，認爲這樣既有利於開發西域，又可以緩和內地人口矛盾，可以一舉兩利。
李來亨多次指示西北經略使周祚鼎和安西大都督李懋亨招募甘肅百姓到西域種地。
世祖朝中期，甘肅省連年受旱災之苦，李來亨不能不考慮解決西北龍興之地的窮困問題。
他注意到“邊陲生計艱難，尤當急爲籌畫以裕久長”，使甘肅災區人民改善困境。李來亨認爲，西域統一以後，大興屯田已成樂土，“商民輻輳，風景不殊內地”，但沒有出現內地百姓踊躍前往的局面，是因爲他們缺乏對西域開發情況的具體瞭解，所以裹足不前。
他要求地方官員設法勸導甘肅百姓商戶出嘉峪關種地，“將來關外生聚滋蕃，兼可酌添郡縣，而此等待食之民向外多移一人，即少耗內地一日之粟，可使蓋藏漸裕，化瘠爲腴”。半年後，甘肅又遇大旱，到處都是流民，朝廷撥銀二百萬元、糧二十萬石賑濟災民，並指示長安方面，令其設法勸諭流民赴西域種地，“使共知邊外謀生之實利，自必熙攘趨赴，不特目前之嗷嗷者，不至漂泊無依；即將來或遇欠收，而瘠土貧民，亦可免坐守睏乏，實爲籌備邊氓生計之長策”。
甘肅百姓商戶不斷進入西域，爲加強對他們的管理，朝廷又逐漸設立起民治機構，在巴里坤設鎮西府，烏魯木齊設迪化州，其他地方分別設阜康、昌吉、綏來、宜禾、奇台等縣。這些州縣機構都設在北疆，是屯田制的進一步發展。
儘管李來亨把西域屯田視爲造福於子孫後代之舉，但此舉並非是朝廷全體成員的共識，朝野內外分歧較大。
在平定準噶爾後的第三年進行廷試時，新科進士的條奏中有人就說“古之屯田爲勞民”的不同看法，變相地指責伊犁屯田與西漢輪臺屯田同樣勞民傷財。
李來亨抓住這個機會宣傳西域屯田的深遠用意，他說，現在伊犁屯田，完全是依靠回部土著種地，回部本以種地爲業，準噶爾部控制西域時就是如此。伊犁地區原有大面積耕地，朝廷統一西域後，令回人照舊種地，“不過是還其所固有，而都督等循行勸墾，亦惟用其人以墾其地。曾有一內地百姓抑之負耒而往者乎”。
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針對遣犯種地一事解釋說，這些罪犯都是惡貫滿盈、本該處死之人，現在讓他們前往西域種地，“以減死之人而予以謀生之路，伊等即不得謂之民，又安得謂之勞也”。他特別強調西域屯田，不單單爲守土軍隊解決糧食問題，“國家生齒繁庶，滋生民數，歲不下億萬，而提封止有此數，餘利頗艱。沿邊內地民人前往種植，成家室而長子孫，其利甚溥。設從而禁之，是厲民矣。今烏魯木齊、闢展各處，知屯政方興，客民已源源前往貿易，茆檐土銼，各成聚落。將來阡陌日增，樹藝日廣，則甘肅等處無業貧民前赴營生耕作，汙萊闢而就食多，於國家牧民本圖，大有裨益”。
他最後表示：“今辦理屯種，亦只因地制宜之舉。而無識者又疑勞民，朕實不解，且付之不必解，而天下後世自有公論耳。”
李來亨本來就善於言辭，又是無人敢於直接反駁的九五至尊，在廷試上將新科進士們說得啞口無言，事後又囑咐吏政府，將那些反對西域屯田政策的士人打入另冊，全部送去進士館多讀個五六年書再說。
烏魯木齊位於北疆中部，氣候條件適宜農耕，土壤肥沃，水源充足。經過大順組織的屯田開發以後，經濟迅速繁榮了起來，逐步被改製爲由大都督府流官直接管轄的迪化州，其人口稠密甚至逐漸超過了伊犁。
西域地域遼闊，漫長的邊境線長達數千裡，當時需要防範的首先是哈薩克。哈薩克和衛拉特蒙古同屬遊牧民族，過着逐水草而居的生活。準噶爾政權控制西域地區時，哈薩克人懼怕準噶爾騎兵的搶掠，曾躲避到很遠的地方。
大順恢復西域後，北疆衛拉特因戰爭人口銳減，哈薩克乘虛而入，哈薩克人竟派使者向順朝駐軍說：“衛拉特之地現俱閒曠，我哈薩克人有在塔爾巴哈臺、庫克烏蘇、綽爾渾巴爾魯克、阿勒坦額默勒等處遊牧者。我等皆天朝臣僕，懇準至伊犁遊牧。”
對於這種無理要求，安西大都督府方面嚴詞拒絕，明確要求哈薩克部衆：伊犁絕不允許哈薩克人進入，塔爾巴哈臺等處遊牧之人必須遷出。
李來亨也明確指示長期駐節伊犁的安西大都督李懋亨，不惜動用武力，務將越界遊牧哈薩克驅逐出境，如其抵抗，則舉兵攻伐，盡數奪取其牛羊。
順朝對哈薩克人越界遊牧，始終保持着高度的警惕性後來哈薩克牧民因貪圖伊犁地區水草繁茂的自然條件，常在冬季偷越邊界，攜帶大批牲畜在伊犁過冬。
雙方因此頻頻發生衝突，只是由於蔥嶺橫絕，順朝又還未消化廣袤的西域土地，大量軍隊又深陷在南洋和緬甸同已經中興的後西明——呆迷兒帝國進行曠日持久的爭霸戰爭，這才稍緩武力政策，直到日後哈薩克三玉茲部落內亂時，方纔出兵平定了哈薩克。
此外，大順在經略西域的過程中，也同沙皇俄國逐漸建立了外交關係。到世祖朝中期以後，順俄兩國的邊境線，已經在中亞、漠北一帶貼合，實際接觸增多。
俄國人數次想要越過貝加爾湖，繼續向黑龍江一帶佔領土地。然而這時候的黑龍江邊界一帶，在安東大都督府的管理下，已經長期駐紮有巡視軍隊三千人之多，俄國人抵達黑龍江一帶的數百哥薩克探險者，在軍事技術上對順軍全無優勢，人數更遠遠不如，很快就被驅逐出境。
此後又經過了幾次試探以後，沙皇俄國終於確信了大順在邊疆上的實力，主動將其擴張停止在了貝加爾湖以西的地帶。
兩國在哈薩克及漠北草原一帶，偶有衝突，但總體上由於順朝對沙皇俄國採取了較爲優待的貿易政策，雙方基本上沒有產生過千人規模以上的武裝衝突。