神農部族炎帝姜榆罔（即炎帝），天生火靈之身，擁有隨心所欲控制火焰和熱量的能力；有熊部族黃帝姬軒轅，是劍仙廣成子的門人，曾跟廣成子一起暢遊天下，學道練劍，實力非凡。兩人皆具雄才大略，有一統大荒的雄心，在逐漸吞併周圍的小部落，擴大勢力之後，神農部族和有熊部族終於不可避免地開始正面衝突。兩族實力相當，互相攻伐多次，都沒有結果，於是兩人不約而同向仙界衆神求助。
適逢天帝爲了苦思對付妖魔之策，閉關未理政事，素來不服天帝的火神祝融竟然違犯天帝不準參與凡間爭鬥的禁令，將自己的離火神兵借給了炎帝。而因共工之敗，對祝融早有不滿的雷神雨師也藉此機會，採首山之銅，爲黃帝鑄就了天下第一神兵——軒轅劍，劍身一面刻日月星辰，一面刻山川草木。劍柄一面書農耕畜養之術，一面書四海一統之策，乃是一統天下之用的王道之劍。
得到神兵的兩人率領軍隊，在阪泉展開決戰。炎黃二帝在九天之上，以神兵進行驚天動地的對決，最終王道之劍勝過了五金之精，離火神兵斷爲兩截，散於人間，消失無蹤。而炎帝軍則大敗，被黃帝趕到南方偏遠的九黎之地，苟延殘喘，姬軒轅成爲了人間界中原大荒的統治者。
炎黃之戰雖以黃帝之勝宣告結束，但帶來的禍害卻遠未有人能夠預料。離火神兵與軒轅劍的對，帶來巨大能量衝擊，不僅對人間界造成巨大損害，毀滅了地上無數人的家園，而且在西蜀之地，巴山之上劈開一個巨大裂口。被稱爲“萬魔淵”的裂口因天地元氣異變而成爲連接妖魔界的通路。藉由此處，妖魔不需要通過太古銅門就可以來往於人間妖魔兩界，一時間，妖魔又大有蠢蠢欲動之勢。黃帝之師廣成子見萬魔淵魔氣沖天，不忍人間生靈塗炭，於是舍全身法力，將自己肉身和佩劍化爲鎖妖塔，沉入萬魔淵中，封住了裂口。
萬魔淵雖被廣成子以犧牲自己的方式所封印，但因充斥其間的天地元氣太過雜亂，仙界已無法將其修補。修煉出關的天帝對此結果大爲震怒，將祝融打下人間界，經七世輪迴，纔可重回仙界，並下令關閉人間界與仙界的通路，嚴禁衆仙神與人隨意進行接觸，從此人神完全隔絕。然而世間的之亂還並未走到終結之地。
遷居九黎的炎帝部族，逐漸和當地苗民融合，繁衍發展，並衍生出以火爲尊的荒火教。荒火教起初只是作爲一種信仰在苗民之間傳播。但在蚩尤的帶領**之下，修習武技術法，招攬高人異士，逐漸成爲擁有強大力量的組織。蚩尤本是炎帝后裔，傳說天生神力，武技高超，有萬夫莫敵之能，他一直對炎帝之敗耿耿於懷，認爲黃帝勝得並非光明正大，神農部族應積蓄力量，再圖中原。但炎帝已失去逐鹿大荒的雄心，並認爲黃帝是天選中之人，不願再興起刀兵，給人間帶來動盪。。
蚩尤屢次進言都被炎帝所拒，心生怨咎，怨氣直衝到妖魔界，被魔帝所察覺。魔帝利用蚩尤心中怨咎，允諾給予蚩尤打倒黃帝的力量，誘使蚩尤墮入了魔道。魔化的蚩尤心中只有打倒黃帝，奪取大荒的執念，不顧一切。炎帝心繫天下，於是遊走四方，遍嘗百草。一路上，衆多受到炎帝救助的百姓組成冰心堂，一邊研習神農醫術，救治百姓，一邊也在尋找解除幽都之氣的方法。炎帝遍嘗百草，身中劇毒，而蚩尤、刑天、雨師和風伯已經組織了妖魔軍隊，意圖推翻炎帝，奪取大荒統治權。放逐炎帝，取得神農部族的統治權，率領荒火教衆和神農部族軍隊，發動了對黃帝的戰爭。
黃帝救下被蚩尤放逐的炎帝，並和炎帝一起迎戰蚩尤。但蚩尤軍隊不僅由剽悍善戰的苗民組成，更有妖魔的存在，雖然萬魔淵被封，法力高強的妖魔無法通過，但低級妖魔反倒可以來到人間，魔帝派遣五方八部妖魔衆加入蚩尤的軍隊，幫助蚩尤作戰。八部妖魔衆使用邪法做起漫天大霧，黃帝軍隊目不能視物，在霧中方向難辯，戰鬥異常艱辛。五方妖魔衆中的魑魅魍魎也是黃帝軍隊首次得見，魑魅人面獸身，有四足，會發出怪音，聞者渾身發軟，無法動彈。魍魎黑裡透紅，樣子像個小娃娃，也會發出怪音，聞者心智喪失，爲魍魎所操縱。黃帝軍隊無法抵敵，大敗而逃。
人間界不過數年又發生戰亂，驚動了仙界，天帝察覺到魔帝陰謀，但因妖魔界並未大舉進入人間，仙界也無法公然派遣仙神幫助黃帝作戰。於是天帝傳仙籙予黃帝，指示黃帝尋找人間奇人異士。黃帝依仙籙指引，在大荒西方的流沙國中尋到智者風后，又在兇犁之丘以三拜之禮請到將才應龍。得風后與應龍之助，黃帝重整軍勢，再和蚩尤作戰。
風后採大荒極北出產黑色磁石，以之製成名爲“指南車”的器具，指南車無論在任何地點，車頭玄旗小人始終指向北方，黃帝軍隊使用指南車，在大霧中也能辨別方向，破去了八部妖魔衆的邪術。風后又以牛羊之角爲號進行吹奏，其聲如同龍吟一般，送入衆人耳中，令人精神振奮，魑魅魍魎邪音再無法奏效，五方妖魔衆也被擊退。同時，應龍也指揮軍隊，成功擊退荒火教部衆，蚩尤軍節節敗退。
不利軍勢令蚩尤大怒，心中魔性再度加強，而他的“魔識”也因此甦醒，原來蚩尤本身便是隨混沌一起成形的上古妖魔，只不知什麼原因流落到人間，轉世爲人。魔帝不知何故洞悉了這個秘密，於是誘使蚩尤墮入魔道，重新成爲妖魔之身，在人間掀起大亂。魔識甦醒的蚩尤現出自己妖魔真身——巨大化的牛首人身怪，吞雲吐霧，飛沙走石，並將跟隨自己的荒火教部衆全數妖魔化，大舉屠戮黃帝軍隊，黃帝再次慘敗。
上古妖魔出現在人間界令仙界無比震驚，天帝派遣九天玄女下凡，贈予神兵昆吾劍。黃帝手下有應龍、女魃兩員大將。黃帝還得到了九天玄女傳授的三卷天書和風后傳授的八陣圖，大將應龍用八陣圖訓練士兵，建立了天機營；女魃用三卷天書教授弟子，建立了雲麓仙居。黃帝與蚩尤之戰，本是人間界的爭鬥，但因蚩尤妖魔之身，實則是仙界與妖魔界借人間勢力之戰，因此又被稱爲神魔之戰。
涿鹿一戰，以苗人荒火教教衆與黃帝部下的天機勇士死傷無數，血流成河，天爲之悲，降大雨三日不止。戰勢萬變，蚩尤、刑天驅異獸進逼黃帝大軍，太虛弟子抵擋不住。萬般無奈，諸弟子呼喚出邪影，瞬間逆轉戰局。沒有想到的是，邪影失控，反噬主體，失去理智的太虛弟子無論敵我，見人就殺。臨陣折殺了黃帝大將力牧。黃帝大爲惱怒，遂將太虛功過相抵，而之後的歷代帝王均畏懼太虛，始終不敢委以大任。
炎黃和蚩尤之戰終以炎黃的勝利而終結，蚩尤被殺死，其魂魄被分散封印於大荒各地。雨師和風伯帶領殘餘的妖魔部隊逃入幽都。刑天被斬首後卻屹立不到，還舞動着巨斧和盾牌進行抵抗。蚩尤身軀雖滅，一腔怨氣卻直衝天地之間，動搖鎖妖塔根基，震開太古銅門黃土封印，整個天地爲之動盪，其靈魂則連仙界也無法湮滅，只得將其鎮.壓在劍仙廣成子佩劍玉清劍化成的鎖妖塔底，更命劍仙傳人—弈劍聽雨閣衆弟子好生防備，蚩尤的靈魂在鎖妖塔底每日詛咒天地，等待復仇的時機。
神魔之戰後，九黎苗衆再不與中原往來相通，而參與此戰的荒火教更是和天機營結下了不解的夙仇。不久黃帝應劫飛昇而去，繼任帝君治國無方，天下再陷動.亂之局，各部族勢力紛起，紛爭不休，皆想成爲大荒人間界統治者。妖魔界魔帝和衆妖，則試圖衝破萬魔淵和太古銅門，再度前往人間。