卷十五，皮部論篇第五十六，經絡論篇第五十七，氣穴論篇第五十八，氣府論篇第五十九。
卷十六，骨空論篇第六十，水熱穴論篇第六十一。
卷十七，調經論篇第六十二。
卷十八，繆刺論篇第六十三，四時刺逆從論篇第六十四，標本病傳論篇第六十五。
卷十九，天元紀大論篇第六十六，五運行大論篇第六十七，六微旨大論篇第六十八。
卷二十，氣交變大論篇第六十九，五常政大論篇第七十。
卷二十一，六元正經大論篇第七十一，刺法論篇第七十二（遺篇），本病論篇第七十三（遺篇）。
卷二十二，至真要大論篇第七十四。
卷二十三，著至教論篇第七十五，示從容論篇第七十六，疏五過論篇第七十七，徵四失論篇第七十八。
卷二十四，陰陽類論篇第七十九，方盛衰論篇第八十，解精微論篇第八十一。
樞目錄
卷一、九針十二原第一，本輸第二，小針解第三，邪氣藏府病形第四
卷二、根結第五，壽夭剛柔第六，官針第七，本神第八，終始第九
卷三、經脈第十，經別第十一，經水第十二
卷四、經筋第十三，骨度第十四，五十營第十五，營氣第十六，脈度第十七營衛生會第十八，四時氣第十九
卷五、五邪第二十，寒熱病第二十一，癲狂第二十二，熱病第二十三，厥病第二十四病本第二十五，雜病第二十六，周痹第二十七，口問第二十八
卷六、師傳第二十九，決氣第三十，腸胃第三十一，平人絕谷第三十二，海論第三十三五亂第三十四，脹論第三十五，五癃津液別第三十六，五閱五使第三十七，逆順肥瘦第三十八血絡論第三十九，陰陽清濁第四十
卷七、陰陽繋日月第四十一，病傳第四十二，淫邪發夢第四十三，順氣一日分爲四時第四十四，外揣第四十五，五變第四十六，本藏第四十七
卷八、禁服第四十八，五色第四十九，論勇第五十，背俞第五十一，衛氣第五十二論痛第五十三，天年第五十四，逆順第五十五，五味第五十六
卷九、水脹第五十七，賊風第五十八，衛氣失常第五十九，玉版第六十，五禁第六十一動輸第六十二，五味論第六十三，陰陽二十五人第六十四
卷十、五音五味第六十五，百病始生第六十六，行鍼第六十七，上膈第六十八，憂恚無言第六十九寒熱第七十，邪客第七十一，通天第七十二
卷十一、官能第七十三，論疾診尺第七十四，刺節真邪第七十五，衛氣行第七十六，九宮八風第七十七
卷十二、九針論第七十八，歲露論第七十九，大惑論第八十，癰疽第八十一。
黃帝內經》基本理論精神包括：整體觀念、陰陽五行、藏象經絡、病因病機、診法治則、預防養生和運氣學說等等：
①“整體觀念”強調人體本身與自然界是一個整體，同時人體結構和各個部分都是彼此聯繫的。
②“陰陽五行”是用來說明事物之間對立統一關係的理論。
③“藏象經絡”是以研究人體五臟六腑、十二經脈、奇經八脈等生理功能、病理變化及相互關係爲主要內容的。
④“病因病機”闡述了各種致病因素作用於人體後是否發病以及疾病發生和變化的內在機理。
⑤“診法治則”是中醫認識和治療疾病的基本原則。
⑥“預防養生”系統地闡述了中醫的養生學說，是養生防病經驗的重要總結。
⑦“運氣學說”研究自然界氣候對人體生理、病理的影響，並以此爲依據，指導人們趨利避害。
歷代醫家用分類法對《黃帝內經》進行研究。其中分類最繁的是楊上善，分做18類；最簡的是沈又彭，分做4卷。各家的認識較爲一致的是髒象（包括經絡）、病機、診法和治則四大學說。這四大學說是《黃帝內經》理論體系的主要內容。
髒象學說
髒象學說是研究人體臟腑組織和經絡系統的生理功能、相互之間的聯繫以及在外的表象乃至與外環境的聯繫等等之學說。
髒象學說是以五臟六腑十二經脈爲物質基礎的。當然有關解剖學之內容還遠不止此，但更重要的還是通過大量的醫療實踐不斷認識、反覆論證而使此學說逐漸豐富起來的，最終達到了指導臨牀的高度。
《黃帝內經》充分認識到“有諸內必形諸外”的辯證法則，使髒象學說系統而完善。髒象學說主要包括臟腑、經絡和精氣神三部分。臟腑又由五臟、六腑和奇恆之腑組成。
五臟，即肝、心、脾、肺、腎。
六腑，即膽、胃、大腸、小腸、膀胱和三焦。
奇恆之腑也屬於腑，但又異於常。係指腦、髓、骨、脈、膽和女子胞。這裡邊膽即是大腑之一，又屬於奇恆之腑。
臟腑雖因形態功能之不同而有所分，但它們之間卻不是孤立的，而是相互合作、相互爲用的。
經絡系統可以分經脈、絡脈和腧穴三部分。經脈有正經十二：手太陰肺經、手陽明大腸經、足陽明胃經、足太陰脾經、手少陰心經、手太陽小腸經、足太陽膀胱經、足少陰腎經、手厥陰心包經、手少陽三焦經、足少陽膽經、足厥陰肝經。十二經脈首尾相聯如環無端，經氣流行其中周而復始。另有別於正經的奇經八脈：督脈、任脈、衝脈、帶脈、陰蹺脈、陽蹺脈、陰維脈、陽維脈。（注：“奇經八脈”一名始於《難經·二十七難》）
經脈之間相交通聯絡的稱絡脈。其小者爲孫絡不計其數；其大者有十五，稱十五絡脈。《靈樞·經脈》敘述的非常詳細。
腧穴爲經氣遊行出入之所，有如運輸，是以名之。《黃帝內經》言腧穴者，首見《素問·氣穴論》，再見於《素問·氣府論》，兩論皆言三百六十五穴。實際《氣穴論》載穴三百四十二，《氣府論》載穴三百八十六。