就在清廷爲了是否與商毅議和而展開議論的時候, 南京政府也在反覆權衡比較，下一步的軍事行動，應該在那一邊。
送走了鄭成功之後，商毅連續收到了北方的軍情，中華軍在豫北戰場 、開封戰場連續獲勝，己經取得了中原大戰的徹底勝利。雖然說南京政府的軍民各界對這個結果己經早就預料到了，但得到了最後確認，還引起了一番歡慶，到了這個時候，誰都不會懷疑，南京政府奪取天下，只是時間的問題了。
戰鬥勝利，當然是好事，但後續的事情也有一大堆，首先是統計各項相關的數字，就是一件非常複雜的工事。在中國古代，一項不重視數據統計，打了勝仗之後，到底取得了多少戰果，基本都只是一個大概數字，但在商靛的堅持要求下，纔開始重視起數據的收集和統計，在每一次戰鬥之後，都會統計殲滅、俘虜、投降、起義的敵軍人數，更會詳細計算自己的陣亡、受傷，傷治不愈、傷愈歸隊、傷愈離伍等等數字，還包括出動的勞伇、消耗的糧食、彈藥、物資、繳獲的戰利品等等。
因此中華軍歷次的戰鬥之後取得的戰果都是一目瞭然，這一次自然也不例外。而這次中原大戰的規模巨大，雙方參戰的人員、民役、所需的武器、糧食、彈藥、物資，以及殲滅、俘虜、投降、起義的敵軍人數，繳獲的戰利品的數字都十分龐大，統計起來，也是一個巨大的工作。
而且統計數據只是工作之一，被中華軍佔領的新地區的行政機構設立，官員的委任，還有軍隊向新任的地方官員移交行政權力，和留守地方的軍隊等等，也都是非常複雜而繁鎖的事情。
同時最重要的，還是下一步的軍事計劃，和前線軍隊的安排佈置。
前線部隊的後勤供應，彈藥、糧食、物資的補充，由其是現在己經進入到了冬季，北方天寒地凍，部隊的棉衣供應也成爲重中之重。雖然說南京政府爲了這次戰鬥，確實積累了充足的物資，但在佔領了河南省之後，中華軍的補濟線也拉長了一倍有餘，再加上天氣因素，也給中華軍的後勤供應運輸帶來了很大的困難。
中原地區雖然被中華軍佔領，但由於戰亂，造成了大量百姓流離顛沛，佔領的地區也並沒有完全穩定下來。而其中有一部份己經有向流寇、盜賊轉化的趨勢，加上一小部份零星失散的清兵，也經常打劫、偷襲爲生，如果不盡力加以制止，也有可能會引發大規模動亂。
另外還有在這次中原大戰中所抓的近二十餘萬的俘虜，也需要解決。否則就是這二十多萬人吃飯，也是一個大問題。
因此統戰部也決定，各路部隊暫時停止進軍，就地駐紮休整，由湖廣軍區駐紮洛陽、懷慶、汝州、南陽；淮南軍區撤回兩個軍回淮南駐守，其餘兵力駐紮開封、歸德、彰德、衛輝等地；山東軍區返回山東濟南、東昌、大名、廣平等地。南京軍區的兩個軍則都撤回南京駐守，等冬季過後，新年來臨，再聽統戰部的決定。而在駐守期間，軍隊有責任配合地方政府，維護地方治安，打擊匪盜賊冦，以及零星的清兵。
而在南京政府內部，絕大部份的官員和軍人也都主張，開春之後應該繼續進軍，攻取北京，將清廷趕出關外，當然也有一部份官員甚致主張，把清廷趕出關外都不能算完，而是一直要打到遼東，收復整個建州地區，徹底消滅清廷，纔算是大功告成。
當然主張繼續向北進軍，一方面是出於對清廷的憎恨，畢竟這個政權己經危險明朝三十餘年了，另一方面也是因爲南京的官員都清楚，商毅己經做出承諾，只有收復了北京，纔會正式稱帝建國，許多官員也有些迫不急待的想當開國員勳了。
但就在這時，南方也連續傳來戰報，南京政府的南方邊境，也開始吃緊了。
首先是湖南省受到了三路夾擊，四川的吳三桂出動了十萬人馬，分兵兩路，一路人馬甴馬寶率領，從重慶府出兵，經由黔江，攻入施州衛，己經奪取了川湖邊境的五個都司；而另一路人馬由夏國相率領，從貴州銅仁府出兵，進攻辰州府，這時己經攻取了五司寨和鎮溪所兩地，先鋒人馬己經到達了沅水邊。而在廣西的永曆朝廷，也由督師何騰蛟出動八萬人馬，甴桂林府出擊，進攻永州府，先鋒兵力己經攻佔了東安、寧新兩個縣。
中華軍的湖廣軍區雖然有五個軍的兵力，但兩個軍參與中原大戰，一個軍駐守南陽，一個軍駐守湖北，在湖南只有一個軍駐守，兵力只有二萬五千餘人，因此在永曆朝廷的三路進攻之下，也確實有些兵力不足，雖然中華軍對南明朝廷的進攻有所預料，但還是連連失地。
在江西省南部，廣東永安朝廷的尚可喜也出動了七萬人馬，進攻贛州、南安二府，不過中華軍的江西軍區對此早有準備，在贛州府、南安府都佈下了足夠的兵力駐守，因此永安軍在南安府連攻了數日，都攻城不下，而在贛州龍南縣，中華軍乘永安軍未到，就出城迎擊，結果將進攻贛州的永安軍殺得大敗，人馬退回南雄府。
江西的局面到是還穩得住，但江西軍區只有三個軍的編制，其中一個軍還要駐守浙江，因此只能派出一個師去增援湖南。
在南京政府的南方邊境，只有浙江省暫時還沒有受到攻擊。這是因爲在褔建的紹武朝廷內部，正在發生內戰，紹武朝廷的大將金聲桓和尚之信合軍六萬餘衆，正在進攻鄭成功的地盤，這時己經攻下了彰州，接着又在進攻泉州，一但聯軍再攻下了泉州，紹武朝廷也就可以騰出手來，進攻浙江，因此在浙江駐守的一個軍也不能輕易調動。
但那怕就是浙江暫時還能倖免，但現在南京政府的南方邊境面臨着三個勢力，總兵力達到二十五萬左右的軍事攻擊，而守衛的兵力只有三個軍，約八萬多人。雖然說中華軍的戰鬥力很強，既使是八萬對二十五萬，勝負的比率也能超過五成以上，而且現在中華軍是全面防守，因此單以兵力來說，並不算差。但中華軍需要防守的戰線太長，這就顯得兵力有些捉襟見肘。
因此在這種情況下，在南京政府內部，對下一步的軍事計劃安排，也形成了先北後南，和先南後北兩種觀點，，
持先北後南觀點的人佔到多數，理由是，現在清廷元氣大傷，正是一股作氣，大舉進軍北低，收復北京的時候，如果在這個時候給清廷以喘息之機，說不定又會生出一些其他的變故來。而南明的進攻，並不足爲慮，只要在邊境上再增加一到兩個軍的兵力，就足以守住目前的南方邊境了。等坆佔了北京之後，再回頭來對付南明，統一天下，也指曰可待了。
當然持這種觀點的人並不全是從軍事方面來考慮，更多的是從政治角度，因爲從大名議上來說，南京政府並不是正統，只有儘快攻取北京，商毅登基稱帝，對於南京政府來說，像徵意義重大，才能在大名份上佔得先機。而且放棄清廷，轉向南方，也會給人以不顧抗清大業，只爲自己爭奪權勢的印像，對於一向保持着良好形像的中華軍，也是一種破壞，而另外也有相當一部份官員則是希望商毅儘快稱帝，也好早一天當上開國元勳，封候加爵。
但在統戰部內部，持兩種觀點的人員卻是大至相當的，持先南後北觀點的人則認爲，現在清廷己經被中華軍重創，沒有二十年的時間，是難以恢復，也可以暫時放鬆一點，雖然說中華軍收復北京的難度並不大，但南明各朝總是在自已的背後搗亂，也很頭疼，因此不如暫時停止北方的軍事行動，而把目標轉向南方，先掃平南明各朝，然後再全力對付北方。而且以南明的實力，滅掉南眀各朝，幾乎是易如反掌。如果但心清廷趁機從北方進攻，可以在北方佈置少量兵力，就足以擋住清軍的攻勢了。
另外從政治方面來說，中華軍早己經佔領了南京，在政治領域上，己經處於領先南明各朝的優勢，再收復北京也不過是錦上添花，政治影響力雖然能夠擴大，但也十分有限，事實上現在商毅離稱帝其實也就差一步，明白事的人早就做出了自己的選擇。而拒死理的人，死也不會悔改。而三個南明朝廷都是甴明朝的藩室建立，還有相當的影響力，能夠鼓動一些人心，這一點就算商毅稱了帝，也改變不了。
而且這次是三個南明朝廷首先背約，在中原大戰還在進行的時候就出兵進攻南京政府的南方邊境，完全就是隻爲自己私利，破壞抗清大業，不顧大局的行爲，南京政府完全可以緊緊抓住這一點，在道義上壓制住三個南明朝廷，藉此機會把目標轉向南方，把不能完成北伐的責任推到三個南明朝廷身上，先平滅掉這三個南眀朝廷，從而也徹底斷絕了一些人對明朝的幻想，也未償不可。
同時也有一種折中的觀點，就是同時出兵，兩線作戰。