西班牙駐臺灣基隆的守將名叫波特里澳，他本來滿心歡喜的到碼頭來迎接西班牙遠征軍的副司令官，但萬萬沒有想到，回敬他的，卻是黑洞洞的槍口。
其實這根本就是一場毫無懸念的戰鬥，甚致都不能稱爲戰鬥了。因爲波特里澳毫無防備，只能在碼頭邊上策手就擒。商家軍兵不血刃，甚致連槍都沒有放一聲，就佔領了碼頭，然後留下一部份士兵守衛碼頭，商毅和亞莉桑德拉立刻指揮着軍隊，直撲基隆城。不過在這個時候，基隆還叫做雞籠。
商家軍在雞籠城下，同樣沒有遇到什麼抵抗。因爲波特里澳出奇的配合，叫開了雞籠城的城門，也免去了一場攻城戰鬥，儘管商家軍也爲此準備了十門火炮，其中還有兩門是重型火炮。
這到不是波特里澳想投靠商毅，而是因爲儘管這只是商家軍的先頭部隊，但人數也達到了一千六百多人，而且全副武裝，武器精良，還有十門火炮。而西班牙在雞籠城裡的守軍一共才二百多人，加上土著兵也才四百多人, 也沒有重型火炮。波特里澳也明白，雞籠城裡的西班牙軍也根本就不可能是商家軍的對手，負隅頑抗只有死路一條，同時商毅也向他保證，只要放下武器投降，將保證西班牙人的人生安全，因此波特里澳也別無選擇。
商家軍十分順利的開進了雞籠城，解除了西班牙軍隊和土著軍隊的武裝，控制他們的行動，並佔領了全城。到了黃昏時分，後續的大隊船隊也到達了雞籠港，同時也佔領了雞籠港外的社寮島（基隆和平島）。而波特里澳見了,也更加慶興自己的選擇，以這樣一支兵力，就算是攻佔全臺灣，也不會費太多的力氣，那是自己這一個小小的雞籠城能夠阻擋得了。
當天晚上，商家軍就在雞籠城外駐紮，商毅則毫不客全的住進了波特里澳在雞籠城裡的府邸裡。
這個時代的臺灣纔剛剛開始開發，本身的生產還十分落後，土著基本都還停留在原始社會的生活水平。像樣的城市沒有幾個，雞籠城實際還不如浙江的一個普通小縣城。所謂的城牆，也不過就是個土圍小。不過經過了顏思齊和鄭芝龍二代的幾次大規模移民之後，先後有數萬明朝百姓移遷到臺灣，也初步帶動了臺灣的生產發展。在雞籠城裡，就有一千餘名漢族百姓居住，另外還有一千多當地的土著。
商毅招見了幾名百姓中比較有威望的老人，聲明自己是代表大明朝廷，來收復臺灣，讓他們不要害怕，各安生產。並出重賞尋代嚮導。
雖然這些居民對商毅的說法也是半信半疑，但商家軍進城之後，軍紀嚴明，包括亞莉桑徳拉的西班牙僱傭軍在內，確實也對城裡的居民都是秋毫無犯，而且還幫居民們做事，和以住西班牙軍隊的行爲確實是大相庭徑，再加上畢竟是同根同源，本能也要親近一些，而且大明朝廷在華人心目中，還是有一定的威信力，因此也就慢慢放鬆了戒備之心。同時也有人應徵，充當嚮導。
西班牙人是在1628年開始在臺灣駐軍，他們就是在雞籠港登陸，並在臺灣北部先後建立了聖地亞哥城（臺北縣三貉角）、至薩爾瓦多城（基隆和平島）、聖多明哥城（淡水）等三城。因爲雞籠正好位於這三城形成的三角形中間，因此西班牙人也稱雞籠爲“至聖三位一體城”。 在1634年西班牙軍對出兵攻佔了噶瑪蘭（宜蘭），將臺灣的東北部全部化規爲自己的勢力範圍，建立起殖民統治。
現在雞籠、社寮島都被商家軍佔領，而在第二天一早，商毅就下令，分兵三路，在嚮導的帶領下，還帶上了幾名西班牙軍的軍官，向西班牙人的另外兩座聖城：聖地亞哥城和聖多明哥城，以及噶瑪蘭發動進攻。全面奪取西班牙軍在臺灣的地盤。
西班牙軍在臺灣的駐軍最多時達到一千五百餘人，但在1638年因爲菲律賓總督科奎拉征伐摩洛族，需要兵源，因也從臺灣調走大部駐軍。這時全臺守軍不足七百，只能集中兵力來守衛雞籠和噶瑪蘭兩地，聖多明哥城幾乎己經完全放棄，聖地亞哥城的守軍也只有一百多人。只有在噶瑪蘭到是還有二百四十多名守軍和五百多土著兵。
因此在商家軍的兵鋒所到，又有西班牙軍的軍官勸降，聖地亞哥城和聖多明哥城都開城納降，沒有暴發過一場戰鬥。只有駐守噶瑪蘭的西班牙軍卻拒絕了勸降，同時也對商家軍的危脅：破城之後，所有西班牙士兵一率槍決。不屑一顧。堅決要與商家軍一戰。
於是商家軍又等了一天，才向噶瑪蘭發動進攻，結果在商家軍的十門火炮的轟擊下，不到一個時辰，噶瑪蘭的土圍城牆即土崩瓦解，而守衛噶瑪蘭的西班牙軍和土著兵也被打得死傷慘重。這才知道雙方的實力相差太遠了，只好也投降。整個戰鬥只用了不到半天時間。
而至此，西班牙人在臺灣的勢力也全部都被商家軍接收。離商家軍踏上臺灣的土地，僅僅只有三天時間。
隨後商毅下令，通知商家軍管轄地區內的各華人，當地土著，到雞籠城來參加會議。
臺灣土著在後世統稱爲高山族，實際可以細分爲泰雅、賽夏、布農、鄒族、魯凱、排灣、卑南、阿美、達悟-邵族等十餘個族羣。臺灣土著是以社爲居住單位，大體相當於村、寨一類。一個社少則一千餘人，多則有五六千人。
在臺灣東北倍圍繞雞籠和淡水一帶，可大體劃分爲三個區域：淡水河流域、雞籠東北角一帶以及蘭陽平原。基本上相當於後世的新北市、臺北市、基隆市、桃園縣、宜蘭縣等地，總面積約爲二千七百多平方公里。根據西班牙人的資料，在淡水河流域的土著人主要有武勝灣社、基馬遜社、圭柔社、八里坌社、北投社、裡族社等；雞籠東北角的土著人主要有三貂社、金包里社等社；位於東部沿海的蘭陽平原上則分佈着哆囉滿社、葛瑪蘭等社。總計人口約有四萬佘人。另外在這些區域內定居的華人也超過了七千。形成了十餘個大小華人羣落。
經過了十幾年的共同生活之後，華人與臺灣的土著基本能夠相處融合，一來目前臺灣還是地廣人稀，土地並不緊張，土著以漁獵爲生，而華人從事耕作，雙方並沒有太多利害沖突，相反還能夠互補。而另一方面也是因爲中國人的性格溫和，凡事以和貴，習慣於靠自己的勞動來換取財畗，而不像歐州人那麼野蠻兇殘，掠奪成性。而且華人還經常與土著交換商品，用糧食、鹽、糖一類物品換取獸皮，金、銀礦產等物，因此一般土著對漢人都比較友好，而且也非常倚重他們。
幾天之後，附近二十多土著村社以及九個華人村子裡的頭領人等都聚集到雞籠城，在露天集會一起。
商毅首先向衆人着重申明，臺灣自古以來，就是中國的土地，不容外人侵佔。並且又表明，自己是大明的浙江總系，代表大明朝廷，進駐臺灣，驅逐西班牙人。而且從此以後，將在臺灣長期駐軍，保衛中國的領土。
這番話對土著的觸動並不算太大，但來的幾十名華人的代表卻都頗爲興奮，畢竟是受自己祖國軍隊的保護，誰心裡也都踏實一些。而且有些人對商家軍還有些耳聞，知道一些商家軍的事蹟, 因此也更爲安心了。
而接着商毅又下令，將俘虜的噶瑪蘭抵抗的西班牙士兵一百一十七人和土著兵二百四十一人都押上來，當衆宣佈他們的罪行：侵佔中國的土地，頑固抵抗，西班牙士兵爲主犯，全部都執行槍決，而土著兵爲從犯，罰做苦力十年。而且當場衆人的面，馬上就進行槍決。
幾輪槍決之後，一百一十七名西班牙士兵全都倒地身亡，也在場給所有人都帶來了不小的震動，既高興但又害怕，因爲西班牙人對自己勢力內的華人及土著完全就是以武力征服，而且對他們壓迫得十分厲害，毎個村社都要向他們交納大量物品，並且還要派出大量人力，幫助西班牙人進行建城，修路，建碼頭等等工作。因此華人和土著對西班牙人都十分痛恨，看到商家軍處決西班牙人，自然都很高興，至少也覺的是出了一口氣。
但他們也都清楚西班牙人的武力，他們仗着有先進的武器，過去往往一百名士兵就能打敗一個村社。但就是這樣一支軍隊卻被商家軍徹底打敗，而且商家軍也使用西班牙軍同樣的武器，由其是那些土著看了，心裡也不免有些害怕起來。
好在商毅隨後又馬上說明，保證商家軍不會向西班牙人那樣，壓迫衆人。同時又宣佈，廢除西班人制定的一切進供、稅收。並且希望華人和土著人能夠各安生業，和平相處，公平交易。但必須服從商家軍的命令，和用人差遣，當然商家軍會提供相應的報酬。同時也告訴衆人，以後如果有反抗商家軍統治的，不尊守商家軍的命令，那就和這些西班牙士兵、土著兵是同樣下場。