進城之後，在黃宗羲的建議下，黃宗羲和王夫之找了一間酒樓，要個一個雅座單間，對酌飲酒。
喝了幾杯之後，黃宗羲才神色凝重的對王夫之道：“而農，我想商軍門不過只是一省巡撫，又無朝廷法令許可，還建立軍校，雖然是爲了培養人材，但終不妥當，更不用說公然開辦兵工廠，建造火器軍需，我看以是有越職專權之嫌，你即爲商軍門的左右臂膀，還是要勸告一二爲好。”
王夫之卻若無其事，搖了搖頭，道：“太沖兄，凡做大事者，不可拘泥於小節。何況現在正是亂世，只可事急從權，又豈能凡事循規蹈矩。我們商家軍過去所以戰無不勝，全仗有火器犀利，士兵訓練有素，若不如此，我們商家軍又何以抵抗滿清嗎？雖有越職專權之嫌，這次我們商家軍在山東爲朝廷守住青州、萊州、登州三府之地，亦足可相抵，難到太沖兄以爲，尊規守矩要比擊敗滿清更爲重要嗎？”
黃宗羲呆了半響，也只好道：“訓練士卒，培育人材，尚有可說，但商軍門若是需要火器，大可向朝廷索要，又何必硬要自己建一座兵工廠呢？何況這座兵工廠的規模，不用我說，而農也該看得出來，也未免太大了一點，只爲守衛山東一地，有必要弄得如此規模嗎？終非爲人臣者應做的。”
王夫之也嘆了一口氣，道：“太沖兄，你是在南京任職的人，也應該看得出來，如今的南京朝廷是個什麼樣子，別說是像朝廷請賜火器，恐怕就連撥調些軍器錢糧，也做不到吧。但此番在山東大勝清軍，未費朝廷一兵一卒，一錢一糧，試問除了我們商家軍之外，還有誰能夠做的到。若是曰後滿清軍隊大舉南下，能夠抵禦清軍者，除了我們商家軍之外，又其誰者？又何苦爲了一座兵工廠，而糾纏不清呢？”
黃宗羲張了張嘴，終於還是沒能說出一句話來。
王夫之又道：“太沖兄，你心裡想的什麼我知道，越職專權之事，並非商軍門一人的行爲，湖廣左良玉、江北四鎮，那一個又不是如此，太沖兄爲何獨怪商軍門一人。何況商軍門自成名至今，累有大功於朝廷，而並無有失臣體的舉動，如今不過是爲了抵抗北虜，而事急從權，又豈可無端精忌。何況……”王夫之頓了一頓，也正色道：“何況大明的江山社稷興亡，在於朝廷的徳行，正是因爲朝廷失徳，才致使天下大亂，太沖兄既在南京爲官，當勸朝廷勤修徳行，皇上克己復禮，大明始有中興之望，而非是猜忌提防大臣，此仍是捨本取末，自毀長城之舉也。”
黃宗羲呆了半響，搖了搖頭，又苦笑了一聲，到底還是說不出一句話來。其實黃宗羲心裡也十分淸楚，整個南京朝廷，根本就是爛泥扶不上牆，而皇帝朱由崧，甚至連劉阿斗都不如，至少劉禪還知道把朝政大權全都交給諸葛亮去處理，等諸葛亮死了以後，纔開始信寵黃浩這樣的奸邪之輩。當然在黃宗羲的心裡，諸葛亮就是指的東林黨，而黃浩的角色，自然是由馬士英來扮演了。而至於朱由崧爲什麼要信任黃浩而不信任諸葛亮的原因，卻被黃宗羲直接無視掉了。
其實王夫之也是十分精明的人，他投靠商毅也有一年的時間了，自然也能看得見，商毅的一些做法確實並不符合爲臣之道，而且商毅對南京朝廷，也只是表面恭順而己，實際是我行我素，完全就是割據一方的做派。但王夫之心裡也清楚，這要怪也只能怪南京朝廷太不整作，太不爭氣了。要想指望在南京朝廷的領導下抵抗清軍，那是癡人說夢, 還不如讓商毅一個人甩開南京朝廷獨幹, 說不定還有幾分把握。
王夫之的思想雖然也維護明朝的正統地位，但他畢竟和黃宗羲的正統東林出身不一樣，只有一個舉人的功名，在投靠商毅之前，跟本就是一個平頭百姓，因此在思維方式也和黃宗羲首先站到朝廷的立場去想不一樣。凡事先考慮大局，而不是朝廷的感覺和忌諱。
何況商毅做事情雖然亳無顧忌朝廷，但在大面上對南京朝廷還是十分恭順的，只要不是像上一次王維如那樣來和他爭奪浙江的權利，商毅對待南京來的詔書、聖旨什麼的，還是完全按照禮儀來辦，比起左良玉或是江北四鎮那樣飛揚拔扈，己經算是好了許多，因此也讓王夫之爲自己的決定找到了一些理由。而商家軍在山東取得的勝利，也堅定了王夫之的想法。讓商毅當一個割據的藩鎮，也總要比徹底亡國好吧。
另外在王夫之的潛意識裡，只要不是讓滿清佔領天下，就算是明朝的滅亡，也並不是什麼不能接受的事情，只不過和歷史上任何一次改朝換代的鼎革一樣罷了。說白了就明朝滅了只是亡國，而讓滿清在中原坐穩了江山，那就是滅漢人的天下了。
黃宗羲不是不明白王夫之的意思，他現也確實無法來用私造軍器的罪名來指責商毅，相反商家軍也確實是整個南方唯一一支有能力和清軍作戰的軍隊，而且從一定程度上來說，商家軍其實和東林還是同一條戰線。但不知怎麼，黃宗羲總覺得心裡沉甸甸的，怎麼也放不下來。
第二天黃宗羲就向商毅告辭，回到了南京。雖然在朝堂上，黃宗羲並未說什麼，只到在晚上和吳甡、錢謙益私下交談時，才全盤托出。
但吳甡、錢謙益對此都沒有說什麼，因爲兩人心裡都明白，東林現在還能在南京朝廷中佔有一席之地，有一大部份原因就是因爲靠商毅的軍事力量在背後支撐着。如果沒有商毅，馬士英早就把東林全都整走了。
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南京城外，秦淮河畔，醉杏樓。玄皇教的一干主要人員聚集一堂，正在商議大事。
就在馬士英宣告擁立朱由崧爲帝之後，南京朝廷分成了東林黨、馬黨兩派，互不相讓，而玄皇教主馬上就立刻意識到，這是一個大好機會，兩黨現在都需要幫手，自己正好可以藉機正式走到前臺來。因此也以隱士的身份，和兩派接融。
不過玄皇教首先找的，還是東林黨，畢竟東林黨的名聲要比馬士英要好得多。只可惜東林黨的臭脾氣一點也沒變，對玄皇教根本不鳥一眼，因此玄皇教只好又去找馬士英。
這時馬士英雖然獲得了首席擁立之功，但卻把自己徹底推到了東林的對立面，現在正是四面楚歌，到處樹敵的時候，急需要有人幫忙，而玄皇教主的見識、談吐、氣度也確實與一般人不同，雙方接觸幾次，玄皇教主也動用玄皇教的力量，幫馬士英解決了一些難題，因此馬士英還以爲自巳真的遇到高人了，也對玄皇教主敬如上賓，對他敬如師長一般。
在馬士英假做請辭，盧九徳哭諫朱由崧，引阮大鋮入朝爲幫手，排擠姜日廣、高弘圖等事情中，都是玄皇教在背後策劃的結果。雖然還有吳甡和錢謙益兩人暫時還動不了，但也使馬士英在南京朝廷中勢力大增，朝政盡出其手，因此也對玄皇教主更加信奉，幾乎是言聽計從。而玄皇教在暗中也不動聲色的，在一些重要而又不起眼的位置上，安插了一批自己的人手。
玄皇教主首先道：“夕顏的事情安排好沒有？”
明石姬道：“回稟教主，己經安排好了，準備就在九月選秀的時候，安排夕顏進宮，而且現在宮裡也爲她打點好了一切，相信進宮以後，以夕顏的姿色和手段，一定能夠牢牢的控制住朱由崧，那麼以後這整個南京，也就是我們聖教的天下了。”
玄皇教主點了點頭，道：“很好，當初蘇州失敗以後，我並沒有責罰夕顏，就是爲今天準備的，你們現在明白了吧。”
其他人也一起施禮，道：“教主高明，我等不及。”
玄皇教主哈哈一笑，道：“最近還有什麼消息？”
師長老道：“教主，根據北京發回來的消息，滿清的皇帝，巳經啓程入關，預計九冃就會到達北京。而且多爾袞也在北京準備佈置，讓滿清皇帝在北京繼位登基的大典。”
玄皇教主點了點頭，道：“看來商毅說的沒有錯，滿清的目標是我們大明的江山，確實無意和我們議和，依我看最遲明年，恐怕就會出兵南下了，我們也該儘早做好準備纔是。”
傅長老道：“抵抗滿清又談佝容易呢？我們連朝廷都沒有控制住，手裡沒有一兵一將，而且屬下以爲馬士英其人，並不可信任。”
玄皇教主道：“夕顏進宮之後，我們就可以控制朝廷，那時有沒有馬士英，己經無關緊要了，到是軍隊是個難題，就算現在開始組建佈置，恐怕也來不及了。”
明石姬道：“教主，依我看來，還是要借用商毅的力量。現在整個南方，恐怕只有商毅能夠和滿清相抗衡。”
師長老道：“能夠借用商毅的力量當然是好，但上次教主親自出馬，也沒有說動商毅，怎樣才能讓商毅聽我們的呢？”
玄皇教主笑道：“這到也不難，商毅也決不會坐視清軍南下渡過長江，因此清軍攻來之時，只要我們對他做出一些支持讓步，他必會奮起應戰，這樣一來我們就可以讓商毅和淸軍拼個兩俱傷，正好從中漁利，那時天下就盡在我們的掌握之中了。”
師長長也點了點頭，道：“教主的此計確實高明，大事必成。”
玄皇教主哈哈大笑道：“我教自靖難之後，己經隱姓埋名，忍辱偷生二百三十餘年，現在終於快等到振眉吐氣的那一天了。”