在朱媺娖辯認太子之後的第二天，商毅就帶着朱媺娖返回杭州。
這時清軍中路的豫親王多鐸己率領二十萬大軍南下，先鋒人馬己經攻佔了鳳陽府西北的亳州，而因爲劉良佐和黃得功都率軍回援南京，整個鳳陽府的防守都十分空虛，因此留守揚州的史可法心裡也十分着急，己經連續向南京發回告急文書，請求給江北增加援兵。同時也寫信給商毅，請他儘快了結南京的事情，渡江北上，來揚州主持軍務。
現在己經是三月底了，商毅也知道軍情火急，因此一回到杭州之後，就立刻開始着手佈置備戰清軍的工作。
這時商家軍在杭州地區的三個師的武器也全都配齊，因此商毅決定，將第三師全部調往江北，參與江北的防禦，第四師留在江南，保衛浙江地，並且又下令把駐守臺灣的第七團也抽調兩營回來，和第四師一起，組成後備部隊。而現在商家軍又擴編了兩個散團，使散團的數量達到了四個。商毅決定將其中的三個團合併成爲商家軍第五師，也派到江北，不過這個師的武器缺口很大，目前只能裝配一個團，因此暫時只做爲江北的後勤部隊。
同時在杭州繼續擴招人馬，徵調民兵入伍，爭取再成立三到四個團，如果達不到正式士兵的標準，就編成預備團，那怕還不能過江打仗，但也能留守浙江，保衛地方安全。
而在海軍方面，第二、三分艦隊進入長江，暫時駐守在南京的金川門外，防止清軍過江，並隨時沿岸支援。第一分分艦隊駐守長江口，在必要的時候，可以沿海岸襲擊清軍的後方。其佘二支分艦隊仍然駐守在杭州灣待命。
這時亞莉桑德拉也從海上回來，得知了這段時間裡在江北、浙江、南京發生的一糸列事情之後，又是新鮮又是奇怪，同時也後悔，這麼有趣的事情，居然沒有讓自己趕上。不過她一回來就馬上有活幹了，商毅把外籍僱傭兵團和西班牙步兵僱傭兵團合併，都交給她指揮，這次也要跟自己一起過江作戰，這兩支外籍僱傭兵團相加，大約有一千五百多人。他們歸降商毅已後，其本沒有參加什麼大戰，而這一次也都清楚，是打大仗的時候了，因此也一個個擦拳摩掌，準備大顯身手。
這一次迎戰清軍，商毅一共調動了三個師、一個騎兵旅、一個偵察團和外籍僱傭兵團過江參戰，共計出動的兵力達到四萬三千多人，這也是商家軍成立之後，一次最大兵力的會戰了。
同時商毅也正式提出了商家軍的四句口號：“驅逐清虜，恢復中華，誓死報國，護境安民。”
這四句口號也是商毅精心挑選的，前兩句還是盜版了後世國父的口號。乍一看並沒有什麼問題，每一句話在大義上都說得過去。但商毅耍了一個小花招，就是用“中華”兩個字來代替了明朝。其實自從商家軍成立之後，商毅就一直儘可能不用明朝的字眼，而是用“中國”、“中華”、“華夏”一類的泛指來代替，一方面讓別人挑不出什麼毛病來，另一方面也是在商家軍中淡化明朝的觀念。
而在政務方面，商毅也下令，對全浙江實行軍事管治，對糧食、藥材、鹽、布、綿花等戰略物資都由政府掌控調備。船隻、車輛也要服從政府的調配，各交通道路都要優先讓軍需運輸隊伍通行。同時還徵調十五萬民夫，保障後勤運輸工作，當然但商毅也要求有關部門，一定要做好對徵調的補償工作。
這時林之洋的木工廠這時也己經開工，在宋應星的帶領下，經過中西工匠的合力工作，生產出了一批十分實用的四輪馬車。經過測試比較之後，和二輪馬車相比，四輪馬車不僅行駛的便平穩，而且載重量也大多得，牛馬牲口最多可以多拉一倍的貨物，因此可以大大提高運輸效率。商毅也立刻定購了一百輛四輪馬車。
不過四輪馬車對道路的要求非常高，現在的官道只能算免強可用，因此對道路的修築工程，也要加快進度了。好在淮安一戰中抓獲的一萬二千多名俘虜這時也都己經押送到了浙江，己經參加到修路的工程來，施工進程也大大的提高了一截。而且修建道路，也不僅僅只是爲了這次戰鬥，在戰爭結束以後，對促進浙江地區的經濟生活進一步發展，同樣也是十分有益的。
行政工作的另一個重點是加強宣傳工作，爭取能夠把整個南方的力量全部都發動起來，由其是民間的力量。事實證明，每當中國到了危急的時刻，老百姓其實都比官府靠得住。中國的老百姓如果暴發出來，力量是無窮的。能夠蠃得最後勝利的人，往往都是能夠比較充份調動民間力量的人。
在另一時空的南明時期，幾場抵抗清軍較爲有效，令清軍遭受比較大的損失的戰鬥，如江陰、嘉定之戰，都是守城的官員充份調動了當地百姓的力量，軍民齊心，協力死守的結果。這也就是淸軍攻打揚州這樣的大城只用了二三天時間，而在江陰這個小縣城卻足足花了八十三天時間才攻破的原因。
商毅是認真學習過太祖人民戰爭理論的人，當然希望能夠把老百姓的這股力量全都發展出來，那麼宣傳動負工作自然就是重點了。
現在［杭州時報］己經成爲江南地區頗有影響力的報紙，發行己經覆蓋了浙江、南直隸、江西、福建、山東五個省的範圍。由其是這次進南京辯認太子，［杭州時報］也進行了追蹤報導，並由詳細記錄了整個事件的全部過程，甚致於朝廷發佈的邸報還要詳細、還要快速。因此也迅速在南京打開了售路渠道。現在［杭州時報］每期的發行量己經超過了萬份，其中在南京發行就達到了三千份。
而且現在李鬆晨己經完全領會了這份報紙的作用和發展方向，並且按照商毅的意圖，在報導這一事件的同時，還發表分柝和評論文章，對東林黨的行爲也隱隱提出了的批評，同時加強了讀者對這一事情的理解和認識。可以說商毅能從南京這個漩渦中脫身而出，［杭州時報］也是功不可末。
那麼現在［杭州時報］的重點自然就轉移到抵抗清軍的戰事上來，由其是對浙江以外的地區，［杭州時報］將承擔主要的宣傳工作，主要的內容爲四個部份：極時報導戰爭的進行情況，加強整個南方的危機意識；呼籲整個南方團結一致，抵抗清軍；揭露清軍的暴行，進一步惡魔化清軍的形像，打消人們的投降思想；突出商家軍的戰績和功勞，樹立商家軍的正面光輝形像。
在浙江內部，則是全省動員，主要是以學校的學生爲主，以標語，遊行、口號等多種形式，在毎一個地區進行宣傳抵抗清軍的內容。
同時在這一段時間裡，陳圓圓也按照商毅的要求，組建了一個文藝團，排了十餘場戲，也在杭州、嘉興、紹興、湖州等大城市裡演出，宣傳抗清。這一次也將隨商毅一起來揚州，進行演出。
就在商毅佈置的時候，南京朝廷也以皇帝朱由崧的名議，正式下詔，號招整個南方齊心協力、停止黨爭、停止內戰、團結一致，抵抗清軍入侵。並且也有人來到杭州，帶來馬士英的密信，表示願意聯合李自成的大順軍，爲他們提供糧餉，抵擋阿濟格的人馬。請商毅幫助聯繫李自成。
商毅接見了來人之後，也頗覺欣慰，看來玄皇教到是比東林黨強不少，沒有枉費自己的一片苦心。因此也立刻找來李巖，請他派人出面去和李自成聯絡，勸說李自成暫時和明朝聯手。
李巖得知以後，也十分激動，雖然李自成進北京之後，對李巖有些猜忌，但不管怎麼說，李自成對自己還是有知遇之恩的，因此現在李巖在商毅手下做得十分順心，而且也把商毅視爲心中的明主，但對李自成還有幾分故主之情，每次聽到李自成兵敗的消息，李岩心裡也不好過。而這一次能夠在舊主的危難之中，幫李自成一把，李巖自然十分願意。而且他知道是商毅促成的這個結果之後，也對商毅更是感激。
如果依着李巖，就想自己親自跑一趟湖廣，但馬上就被商毅攔住，因爲現在戰事緊急，而浙江的事務衆多，李巖可是一個有用的，根本走不開，因此請李巖另選人去。其實商毅是擔心李自成會對李巖不利，李自成或許可以算是個英雄，但決不是一個心胸開闊的人，在另一時空裡就因爲猜忌而殊殺了李巖，商毅可不敢讓李巖去冒這個險。
不過商毅的理由也十分充份，現李巖也是商毅手下的重用官員，任務重大，這一去一回，少說也有二十天，那走得了泥？因此李巖也決定，派自已的弟弟李牟出面，去勸說李自成，和明朝聯手抗清。
所有的事情都安排好了，商毅也帶領人馬，出發渡江。