而就在商家軍和明軍在湖南進行搶佔比賽的時候，湖北地區的商家軍，也對清軍發動了反擊。
麻城失守之後，李定國率軍退進了大別山裡，這時商家軍在湖北的根據地也已經全部喪失，但清軍在達到頂峰之後，立刻開始迅速的跌落下來，首先是盛京被商家軍突得手，接着長江被商家軍封鎖，切斷了清軍的南北聯繫，隨後就是多爾袞下令，從南方撤軍去救援遼東。清軍也再沒有力量向商家軍發動進攻了。因此李巖、李定國等人躲在大別山裡，也得到了十分難得的修整時間。
不過在清軍對湖北地區的第四次征剿戰鬥中，商家軍也付出了十分慘重的損失，第六軍損失的兵力接近一半，加上傷員的人數，在剛剛退進大別山時，可以戰鬥人員竟是剩下一萬六千多人，各部隊中，以第九師的傷亡最大，全師只剩下不足四千人，由其是十四團，只剩下二個連，三百多人。同時隨商家軍一起退進大別山裡躲藏起來的，還有約二萬多百姓，其中還有二千多民兵。
好在是商家軍早已經作好了準備，在大別山裡儲備了大量的糧食物資，生活還可以維持下去，而且清軍也沒有對大別山發動進攻，人心也還比較穩定，同時利用信鴿，一直和杭州保持着聯繫。因此對外界發生的一切事情，李巖、李定國等人都十分清楚。
在知道突襲盛京取得成功之後，李巖、李定國等人也都心中大定，知道最艱難的時刻己經熬過去了，現在就可以在大別山裡耐心的等待着時局的變化，同時也在抓緊時間修整，恢復。首先是把兩千民兵全部編成正式部隊，並且又積極動員一起躲進大別山裡的百姓參軍。
因爲這些隨商家軍一起躲進大別山裡的百姓都是對商家軍最衷心擁護，最信任的百姓，而且人人都仇恨清軍，因此在商家軍的動員之下，幾乎所有的適齡青壯年都加入了商家軍，準備等着商督師派來援軍之後，大家一起打出大別山，去向清軍報仇。結果一下子就有近五千多人加入了商家軍。而李定國也抓緊時間，對他們進行基本的訓練。同時又派出大量的偵察兵，出山去打探清軍的動向。
隨後外界的消息也都陸續的傳到大別山裡，李巖、李定國等人也得知商家軍發動了收復南京的戰役，毎一次得勝的消息傳來，都會極大的激發士兵們的情緒，新兵的訓練也更爲努力積極，傷員爲陸續傷愈歸隊，老兵們更是毎天擦拳磨掌，準備打出大別山去。
終於等到商家軍收復南京的消息傳來，整個大別山裡也是一片歡騰，李巖、李定國也下令在大別山裡的所有官兵和百姓都熱烈祝賀了一番。
而這時出山去打探消息的偵察兵也都陸續回來報告，清軍確實已經開始向北方撤軍，這時在黃州府的駐軍不足兩萬，而且大部份都駐守在黃州，留在黃安、麻城、羅田這三個縣，都只有二三千人的清軍駐守。因此李巖、李定國也認爲，殺出大別山，向清軍展開反擊的時機，己經到了。
經過了近一個月的修整時間，第六軍的兵力已經恢復到了二萬二千人左右，各師旅的俱體兵力爲：第九師五千二百人，十八師七千五百人，三旅五千三百人，二十二旅三千八百人。一共擁有火槍一萬八千多支，各種小型火熗二百餘門，彈藥基本充足，只是新兵基本都沒有軍服，還是一般百姓的服裝。
就在十一月二十曰，商家軍終於再次從大別山裡殺了出來，第一個目標就是麻城縣。李定國出動九師、十八師、三旅，同計一萬八千左右的兵力，向麻城縣發動進攻。
因爲李本深投降，清軍對商家軍的戰略戰術計劃都十分清楚，因此對商家軍有可能發動反撲也所準備，麻城縣駐守的清軍有三千多人，守備也十分小心。
但戰鬥的勝負並不是小心就能夠改變得了的，由於長江被封鎖，清軍對江南的戰事進展也知道得不是很極時，因此對商家軍發動反攻的時間也無從而知，而且人都是有一定惰性的，不可能時時刻刻都保持着高度的警惕，經過了近一個月的小心戒備，商家軍一直都毫無動靜，清軍多少也都有一些放鬆的情緒。
同時爲了達到突襲的效果，李定國也將進攻的時間定在晚上入更以後。
商家軍己經在麻城住了大半年的時間，對麻城的城防、地形都十分熟悉了，因此在夜幕的掩護下，擔任突擊隊的一個團也潛伏在離麻城城牆只有六十餘步的地方，而付責炸開城門任務的爆破組也悄悄的摸到了城門邊，在城門上貼好了炸藥包，然後點燃了引線。
雖然引線的火光引起了守夜清軍的注意，但也爲時已晚，只聽“轟”的一聲巨響，兩扇城門被炸得七零八落，而突擊隊立刻向城門發動了衝鋒，在清軍還沒來得及堵住城門的時候，衝過了城門，殺入縣城裡。
儘管麻城縣裡的守軍都被爆炸聲驚醒，紛紛從牀上爬起來戰鬥，向商家軍的士兵都是在大別山裡憋了近一個月的時間，而且對清軍都充滿了仇恨，人人心裡都窩着一口火，因此作戰都異常勇敢兇狠，而清軍本來就對商家軍心懷恐候，在心裡上己先輸了一頭，而且又傖促應戰，準備不足，根本就不是對手，不一會兒就被殺得屍橫遍地，剩餘的士兵立刻向城外逃跑，有些逃不了的清兵都扔下武器，舉手投降。
但這時商家軍的士兵們都己經殺紅了眼，對投降的清兵也不放過，那怕是對跪在自己面前的清兵，照樣就是一刺刀下去，然後一腳給踢開，奔向下一個目標。結果到了天明後統計戰果，這一戰一共殺了清軍一千八百三十七人，但居然破天慌的一個俘虜都沒有抓到。
李定國對士兵的行爲本來頗爲生氣，但看到麻城縣現在的樣子之後，也把氣火轉化爲對清軍的憤怒上。
商家軍在麻城裡駐紮的時候，縣城裡差不多有七百多戶人家，近四千人口，而這時縣城裡的人家竟是剩下二百八十三戶，一千四百七十三人。但其中大部份都是被清軍從城外村莊裡強令搬進縣城裡來的，真正縣城裡的老住戶，還不足五十戶。
而其餘的在縣城裡的百姓，除了少部份隨商家軍一起躲進了大別山裡，剩下的全部都被清軍殺死，而且據他們所說，在縣城外的村子幾乎全部都被清軍催毀，有不少村莊是整村整村都被清軍殺死，而他們這些人之所以能夠活下來，並不是清軍大發善心，而是需要收屍的人手。因此許多的村莊都堆起了幾座大墳頭，全村的人都埋在一起。
因此在麻城縣裡倖存的百姓見商家軍重新打回來了，不少人也都激動得哭了起來。但同樣也有一些人還心存疑惑，不知道這一次商家軍這次打回來，還會不會再走了。
李定國當然也看得出百姓們的想法，因此也向百姓當衆宣佈，這一次商家軍打回來，就絕不會再走了，而且一定要把清軍全部消滅乾淨。聽了李定國的話之後，百姓們這才都放心了不少。
二天以後，李巖等其他人員也帶領着百姓繼續從大別山裡出來，住進了縣城裡，並且把百姓們都安置在縣城裡，或者是在縣城周邊的空村裡。不過看到縣城裡的悽慘荒廢景像之後，李巖也唏噓不已，而麻城縣是如此，也由此可見其他的地方，恐怕也都是一樣的情形，以前總是聽說過清軍如何殘暴好殺，而現在總算是親眼所見了。
而再進一步想一想，要不是商家軍一直堅守在江浙地區，恐怕還會有更多的地方遭到清軍的塗炭吧，但江浙以外的地區，可就不好說了。不過現在收復了南京，清軍在南方的日子，也應該到頭了。因此幾個人一面在麻城駐軍，準備下一步的戰鬥，一面也將公文發回杭州。
商家軍殺出大別山，一夜之間復奪了麻城縣的消息，也被從麻城縣逃出來的清兵帶到了黃州。駐守黃州的貝子尚善也不禁大吃一驚，也知道蟄伏了近一個月的商家軍開始向清軍反擊，這絕不是一個偶然現像，估計南京這時恐怕己經難保了。
而且尚善也不清楚商家軍現在湖北還有多少兵力，不過商家軍既然敢重新奪回麻城，也說明他們還是保存着相當的兵力，至少也不會低於一萬人，有可能還會更多。而商家軍的戰鬥力他可是十分清楚的，在正常的情況下，一萬商家軍，至少可以頂三萬淸軍，而現在黃州城裡只有一萬守軍，實在是不保險，因此尚善也立刻下令，命駐守黃安、羅田兩縣的清軍立刻撤回黃州駐守。同時又派人向駐守武昌的勒克德渾告急，請他速發援軍來救援黃州。