這個時候，從杭州派遣到南京來的一百多名行政管理人員都己經到位，並且都開始了自己的工作，有了這一批人員的加入之後，再加上商家軍在南京城維持治安，並且提供生活物資，南京的秩序也都己經完全恢復了正常，一些逃亡在外和南京周邊地區的人員也都搬進了南京城裡居住，也使南京城裡的人口增加到十六七萬左右，並且而且正在進行着戶藉登記造冊工作。
因此等商毅和李巖回到南京之後，南京城裡己經恢復了幾分過去的元氣，一些買賣商鋪都開始開門營業，在街上也有不少的行人的蹤影。還有不少的房屋也正在重新修建中，秦淮河畔也有兩家酒樓開張，戰爭之後的痕跡也在慢慢清理消除之中。
現在離商家軍收復南京，纔不到一個月的時間，南京就能夠恢復成這個樣孑，也讓商毅覺得很滿意。
商毅剛一回到南京，又連續收到兩條消息，首先是在鳳陽駐守的洪承疇接到了清廷的調令，返回北京去接受清廷的處置。另一條是兩支跨海突襲部隊都己經平安的撤回到山東登州。其中付責突襲京津地區的第二分艦隊將留在登州，保證可以隨時從海上打擊清廷的力量，迫使清廷必須在渤海沿岸，以及遼東地區保留大量的駐軍設防，在短時間內，難以向南方戰場派遣大量的兵力。而付責突襲遼東地區的第一分艦隊，己經從登州啓航出發，在回航浙江的途中了。
這一次突襲遼東的軍事行動，佔領了清廷的舊都盛京之後，爲了從心理上打擊清廷，商家軍在盛京地區大肆展開了破壞活動，盛京的皇城，包括清朝皇帝的陵寢自然是首當其衝，被當作主要的目標。著名的盛京三陵：埋葬着愛新覺羅氏先祖的永陵、埋葬太袓努爾哈赤的福陵、埋葬太宗皇太極昭陵，全部都遭到了商家軍一幾乎是毀滅性的破壞，一些供奉在皇陵裡的清廷皇帝的貴重遺物，如當年努爾哈赤起事時候所用的十三付盔甲，也都被商家軍當做戰利品，帶回杭州。
而且在商家軍撤離時，又在盛京城裡放了一把大火，將整個盛京城幾乎全部都被焚爲灰盡。不僅是清廷的皇族，就連盛京城的所有的滿州貴族的祖宅，祠堂也全都被燒燬。
得知了這些消息之後，商毅也十分滿意，儘管毀他人墳墓，並不是正當的行爲，但其實在毎一個新朝建立之後，都會對舊朝的皇陵、宗廟進行破壞活動，一方面是徹底斷絕舊朝後人的復國之望，另一方面也是徹底斷絕舊朝對百姓的精神吸引力。這一點和後世老美將拉燈大叔的骨灰撒入大海，而不是埋葬，怕成爲恐怖分子朝拜的聖地，是同一個道理。
當然浙江的軍民們可沒有想得那麼多，他們的想法十分簡單，清廷是自己的敵人，哪對敵人用什麼樣的手段都可以，現在商家軍不僅是在戰場上打敗了敵人，同時還抄了敵人的老窩，刨了敵人的祖墳，真是解氣。
洪承疇被調回北京受審，也表示淸廷己經正式承認這一次南侵徹底失敗，在短時間內，恐怕也無力在對南方發動新的攻勢了。
而商毅也在南京立刻又下令，將對在南京戰役中，俘虜的多鐸、屯齊等清廷滿州人員進行公開審判處決。
其實所謂公開審判不過就是走個過場，重點是在後面處決上，因爲誰都知道，商毅決不可能給這些俘虜們有辯解的機會。而這一次商毅處決的，可不僅僅只是少數的清廷官員，而是在這次收復南京戰役中抓獲的所有滿州士兵，一共是五千六百三十七人。
商毅是經過後世的思想，並不是一個喜歡殺戳的人，在以前的戰鬥中，對於抓獲的俘虜基本都不會殺戳，就是滿州士兵，最多也就是扔到礦山去當苦力，讓他們自生自滅。像這樣大規模殺俘，絕對是第一次。而這一次之所以這麼大張旗鼓的處決俘虜，而且還十分高調的大搞公開審判，完全是出於政治上的目地。
一方面商毅十分清楚，現在的清廷，在本質上還是一個耕戰一體的半漁獵遊牧民族，並還沒有完成封建化和向農耕民族的轉變，在骨子裡依然還保留着漁獵遊牧民族特有的悍勇、尚武性格，崇尚強者，而輕視弱者的心理。由於在此前二十多年裡，清廷對明朝一直保持看軍事上的勝利，因此在滿人的骨子裡，都十分輕視漢族人，其實在另一時空裡，清廷征服中國的方式其實很簡單，就是暴力，對於漢族的抵抗力量，釆取的就是屠殺殆盡的手段，動輒屠城，抵抗得越狠的地方，也被清任殺得越兇。
儘管商家軍在軍事上，對清廷己經取得了不小的勝利，但現在的商家軍畢竟還不是一個正試的政權體系，雖然擁有強大的軍力，但在威攝力上還不夠，清廷也僅僅把商家軍當作自己征服天下的一個重要的對手，但在骨子裡依然十分輕視漢族人。因此在這幾次南侵中，儘管沒有進行大規模的屠殺行爲，但依然十分兇殘，小規模的屠殺絲毫也不比另一時空少，比如這次在湖北地區，清軍在還沒有取得完全勝利的情況下，依然在黃安、麻城、羅田等地大肆的屠殺依附商家軍百姓。
因此對於這個時候的清廷，講什麼仁義道德根本就沒有用，最好的辦法就是以暴制暴。殺戳雖然不能從根本上解決問題，但在短時間內，卻可以起到相當威懾和恐嚇的作用。由其是現在，商毅不僅是勝利者，而且在道義上也是站得住腳的，就像在另一時空裡，老美給鬼孑扔下兩顆原子彈，但世界輿論都說是鬼子咎由自取，而沒人說老美不講人道主義。
果然就公審的當天，在公審的現場也圍滿了南京及附近趕來看熱鬧的百姓，幾乎有近十萬餘人。公審的地點是在聚寶山南，其實整個公審根本就沒有給這些俘虜們發言的機會，就是由商毅直接宣讀了清軍在南侵之中犯下的種科罪行，然後以一百人爲一組，拖出去執徵槍決。打殺之後，扔到事先挖好的大坑裡，屍體填滿之後，堆土一埋就了事了。
首先被處決的都是一般的士兵，這個時候俘虜之中有人聽天由命，但大多數人都是怕死的，因此痛哭流涕、拼命求饒的人也有不少。而圍觀的百姓先只是看着，但隨着處決開始之後，人羣之中也有人大喊出來：“殺得好，殺光了這些韃子們。”
來看的百姓幾乎都是受過清軍欺壓做，因此也都紛紛響應，很快就形成了統一的呼喊聲，毎一次槍聲響過之後，都會爆發出熱列的歡呼喝釆聲來。
而多鐸等高級人員都被綁在主席臺上，看着清兵們被一個一個擁出去槍決，圍觀的百姓們都在拼命的喝釆叫好，多鐸的心理也當然也不好受，因此只好對商毅怒目而視，道：“商毅，你快把我也殺了吧。”
商毅淡淡一笑，道：“多鐸，你急什麼，早晚都會輪到你。你想死得痛痛快快，那有那麼容易的事情，先在這裡看着吧。”
多鐸道：“你這樣殺害手無寸鐵的俘虜，濫殺無辜，算什麼英雄。”
商毅“哼”了一聲，道：“多鐸，你也有臉在我面前提英雄嗎？我殺的雖然是俘虜，但不管怎樣，也是軍人，但你們南侵之時，殺死了我們漢族多少無辜的百姓，你們這些人那一個人手裡沒有幾條無辜百姓的人命，所以你們每一個都是罪有應得，你聽一聽這些百姓的喊聲，算什麼無辜。”
多鐸身邊的屯齊道：“商毅，你們不過是仗着火器厲害而己，並不是憑真本事蠃的我們，有本事不用火器，咱們在戰場上一槍一刀的真殺實砍，分個高低，就這樣輸了，我到死也不服。”
商毅呵呵笑道：“你的腦袋是被驢踢了嗎？逢強智取，遇弱活擒，我使用火器有什麼不對，如果要比力氣，一個人還比不過一頭驢子，現在你們輸了，你們成了俘虜，生死都我手裡，我管你服不服，等以後我打到北京，還是依靠火器，你又能怎麼樣，等我把清廷滅了，你再怎麼不服又能怎麼樣。”
屯齊道：“你是癡心妄想，我大清朝仍是奉承天運，合該當興，你現在雖然得意一時，但早晚都被我們大清所擒，到了那時，自然會有人替我們報仇。”
商毅笑道：“你儘管嘴硬吧！反正你是看不到大清滅亡的那一天，因此這也算是你們的運氣。”
他們在臺上打着嘴仗, 臺下的處決行動卻還在進行着，這時清兵都己經處決完了，輪到有身份有地位將領，而整個公審，也推向了高潮。因爲押上來公審處決的級別越來越高，圍觀百姓的情緒也頂點, 由其是多鐸被推上刑場的時候，山呼海嘯一般呼喊聲。