地方的行政機構就這樣先決定下來，接下來是對杭州的行政機構進行一些調整，現在杭州行政部下面共有九個部門，分別教育司，財政司，仲栽司，農田司，工建司、商務司；另外還有直接對商毅付責的審計司、文書司和宣傳司。也屬於行政部管轄。
這九個部門，差不多也涵蓋了一個政府除了軍事以外的基本行政部門，但現在商毅的管轄區內，和明朝相比，也出現了一些明顯不同的地方。
首先是手工業方面，由於商毅制定的政策基本都含有扶持手工業發展的內容，因此在浙江地的手工業發展十分迅速，註冊的工廠己經超過了一百五十家，其中超也五百人規模的中大型工廠有二十八家，而超過千人規模的工廠，有十二家，另外註冊的以家庭爲單位的手工作坊，己經超過了二千家，這還不算那些半農半手工的家庭。而且產業包括紡織、絲綢、造船、木作、印刷、機械、治鹽等等。
現在浙江地區完全依靠做工維持生存的人口，己經有十萬以上。所謂的資本主義萌芽，已經得到了長足的發展，而工人階級這樣一個全新的階級，也正在逐漸形成中。現在對工廠、手工作坊的管理，還屬於商務司。
還有就是對外貿易和交流，對外貿易自不必說，己經成爲浙江地區的最重要財政收入來源，而且隨着對外貿易的擴大，對外的交流也隨之擴大，現在己經有荷蘭、英國、葡萄牙三個國家在浙江地區開設了半官方的商館，另外至少還有十個國家的商人經常來往杭州經商，因此商毅纔打算在杭州專門建立一個外商的聚集區，對外商、包括外籍人員進行統一管理。現在這些事情也全都甩給商務司在管理。
當然這些也還都是屬於商業範圍內，由商務司來管，也說得過去，但隨着商毅勢力的發展，不管是否宣佈自立，早晚都會對外建立官方的來往，如果還是由商務司來付責這些事情，就形得有些不倫不類了。
另外由於商家軍是一支以使用火器爲主的軍隊，加上商毅應用了一些新技術，使浙江地區的開礦、冶金水平和規模也都有了長足的發展，不僅開設了一家大型的冶鋼廠，同時還需要大量進口各種金屬礦產，這也是浙江地區的主要進口物資，因此現在開礦、冶金也成爲一個速度發展的產業。目前開礦和冶金事務還是歸屬於工建司管理。
和冶金、開礦道理相同的是紡織業，現在的浙江出口的商品中，紡織產品佔了相當大的比重，包括絲綢、刺繡、綿布、生絲、紗等等商品，而浙江地區的工廠、手工作業也有一半以上都與紡織業有關，因此紡織業也成立浙江地區的第一大支柱產業。而所有紡織業都屬商業部管理，顯然有些不合適了。
在這種情況下，現有的這九個部門顯然是己經無法滿足於發展的需要，因此商毅也決定，增設工業司、對外貿易交流司、礦產冶金司、紡織司這四個部門。
工業司付責管理各工廠、手工作坊的生產事務；礦產冶金付責管理開礦、冶金等事務；紡織司付責與整個紡織行業有關的各種事務，而對外司則分爲兩塊，一塊付責對務貿易，另一塊付責對外交流來往，因爲現在對外主要還是貿易來往，商毅暫時還用不着一個外交部，等以後條件成熟之後，再進行分離。
但凡事有利就有弊，部門分得細了，雖然可以使管理更方便，更專業，也更直接，但也出現了一些新的問題，不少事情需要幾個部門同時管理，比如一個鍊鋼廠，因爲這既是工廠，又有商業行爲，首先要在工業司和商業司註冊，同時鍊鋼又屬於冶金行業，因此又要經過礦產冶金司批准，如果要進口礦石，側還要通過對外貿易交流司，再加上完稅需要的財政司，建廠房又需要通過工建司，因此前前後後一共要和六七個部門打交道。
一個絲綢廠也是一樣，雖然不用和礦產冶金司打交通，但又多了一個農業司，因爲織造絲綢要種桑養蠶。雖然不像後世那樣，一件事情要跑十幾個部門蓋章，但也比過去要麻煩得多了。因此商毅的這個提議也遭到了一些人的反對和質疑，也有人認爲可以只成立工業司、對外貿易交流司這兩個部門，而礦產冶金司、紡織司則可以先掛在商業或工業司下面，先觀望一段時間再說。
不過商毅也知道，世界上不存在絕對完美無缺的制度，隨着生產社會化，分工會越來越細，而管理也會越來越細，這也是大勢所趨，想拒絕這種發展趨勢是不可能的，只能從提高各部門的辦事效率上着手解決。因此也不厭其煩，向衆人反覆說明增設這些部門的道理。
但儘管如此，在最後投票的時候，還是隻通了成立工業司、對外貿易交流司這兩個部門，而礦產冶金司、紡織司則被否決掉。
當然如果商毅一定要硬行，也可以利用自己的威信影響，強行通過成立這兩個部門，但從維護投票制度的角度出發，也就順應衆人的意見，收回了自己的方案，並且立刻拿出一個備選方案，即變冶金司、紡織司爲冶金所、紡織所，冶金所將歸屬在工業部下，而紡織所則歸屬在商業司下。
這一點到是得到衆人的同意，因爲衆人也都清楚，從現在的發展情況來看，冶金業和紡織業也確實需要有專門的組織來進行管理，這一點在過去的明朝也是一樣。因此也得到了通過。
當然這些事情，並不是在一天通過，而是經過了三天的時間，進行了無數的討論、爭辯，說明解釋，總算是對商毅集團下一步的發展，以及行政組織結構都制定了一個明確的目標。
而在會議的最後，商毅也正式宣佈，在以後的主要行政決策時候，都用這種無記名投票的方式來解決，做爲一種正式的決策制度保留下來。
同時商毅也制定出無記名投票的暫行制度：
一、投票方式爲無記名投票，內容包括“同意”“ 反對”“棄權”三種，任何決意都必須超過半數的有效“同意”票，才能夠獲得通過。而某些重大決策，則需要超過七成有效“同意”票，才能夠獲得通過。
二、參與投票的人由目前成立的十一個部門主事，再加上屬於行政司的周士奇、王夫之、李巖、以及商毅或葉瑤瑱，一共是固定十五人，另外在某些重大決策方面，還有可能邀請一到兩名相關人員參與。而商毅或葉瑤瑱則允許投出兩張票。這是他們唯一的特權。
三、進行投票的提案，可以由投票人提出，也可以由非投票人提出，首先可以進行討論，由提案人說明提案理由，並回答其他投票人的相關詢問，直到無人提問時，才進行投票決策。
四、在目前階段投票僅限於行政事務，統戰部的決策將由統戰部來制定，不在投票決定的範圍以內，行政部必須無條件服從。
五、某一決策，連續經過三個方案都無法通過的時候，商毅或葉瑤瑱有權力直接決定選擇其中方案之一或是新方案，無需再進行投票。
在以前的時候，雖然毎一次開會決議時，商毅都會盡力征求每一個人的意見，但最終的決定權，仍然在商毅一個人的手上，從理論上說，就算是所有的人都反對，但只要是商毅堅決要求執行，還是能夠最終通過。只不過商毅基本沒有做得這麼極端。
而現在隨着自己的勢力擴大，國家體系己經漸成雛形，商毅也要開始考慮未來的國家制度。因此從這時開始，首先引入投票決策制度，實際少數服從多數，以羣策羣力代替獨策的原則，是建立自己的國家制度的第一步。
當然在目前的情況下，不可能完全以羣策代替獨策，由其是在戰爭的時候，個人獨策要比羣策更有效率，也更有用，就是這個道理，總不能說仗怎麼打，由大家來投票決定，因此商毅在制定投票決策的暫行制度中，也給自己和統戰部，留出了很大的一塊特權出來。
不過衆官員對這五點暫行方案都沒有任何疑義，都認爲這種無記名投票決策的方法很不錯，一來是可以減少了許多扯皮拉筋的事情，另外也說明商毅的開明態度和胸襟，並不是一個喜歡獨攬大權，任何事情都獨斷專行的人。畢竟沒有人希望自己事奉這樣一名君主。
而且對商毅擁有兩票的特權，以及後兩條權利，衆人也沒有任何反對的態度，一來是現在確實還是戰亂時期，一切都是優先考慮戰爭，而在這方面，十個庸將加在一起，也敵不一個名將，行政部的官員也顯然沒有專業的武將在行。二來這個時代的中國人還沒有什麼民主概念，皇帝說了算是天經地義的事，官員只有建議、勸告的義務，誰也不能當皇帝的家，能夠分到有一點決策權力就己經很滿足了。